Радиогеномика при раке аэропищеварительного тракта

Это проспективное исследование, и исследователи используют обычные патологические образцы для секвенирования нового поколения (NGS), микросателлитной нестабильности (MSI) и иммуногистохимического окрашивания.

Патологические исследования, включая PD-L1, статус EGFR, ALK и ROS-1.

NGS (секвенирование следующего поколения): тотальную ДНК экстрагировали из периферической венозной крови с ЭДТА и образцов опухолей, залитых парафином, с помощью набора QIAamp® DNA Blood Mini Kit и набора QIAamp DNA FFPE Tissue Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Germany) соответственно. Вкратце, для последовательности полного экзома ДНК ДНК опухоли и крови обрабатывали ультразвуком с помощью ультразвукового аппарата Covaris M220 (Life Technologies Europe, Гент, Бельгия), а затем лигировали с адаптером для дальнейшей амплификации (Illumina® TruSeq Exome Library Prep, USA). Вся подготовка библиотеки была выполнена в Центре трансляционных исследований рака Тайбэйского медицинского университета. После подготовки библиотеки все образцы секвенировали с помощью системы NextSeq500 в соответствии с инструкциями производителя (Illumina, Сан-Диего, США). После выполнения секвенирования качество файла чтения (fastq) оценивали с помощью FastQC, а затем картировали с использованием человеческого Hg19 в качестве эталона. Файлы Bam использовались в качестве входных данных для алгоритма Varscan для выявления зародышевых и соматических мутаций. Аннотированные и отфильтрованные варианты были проверены вручную с использованием IGV (Integrative Genomics Viewer), а затем подтверждены последовательностью Сэнгера.

Чтобы рассчитать TMB (общую нагрузку мутаций) на мегабазу, общее количество подсчитанных мутаций делится на размер кодирующей области целевой территории.

Чтобы рассчитать MATH (мутантно-аллельная гетерогенность опухоли), исследователи сначала получат MAF (фракция ДНК, которая показывает мутантный аллель в генетическом локусе) каждого образца опухоли. Распределение MAF будет использоваться для расчета медианы (центра распределения) и MD (среднего отклонения) MAF в опухоли. MD определяется путем получения абсолютных отличий всех MAF от медианы MAF. Затем медиана абсолютных разностей умножается на коэффициент 1,4826 для получения MD. Значение MATH рассчитывается как процентное отношение MD к медиане: MATH = (MD/медиана)×100.

MSI (микросателлитная нестабильность) Полимеразная цепная реакция на микросателлитную нестабильность (MSI-PCR) Тестирование MSI-PCR проводилось Центром трансляционных исследований рака Тайбэйского медицинского университета с использованием набора для анализа MSI Promega (Promega). Анализ MSI состоит из пяти почти мономорфных мононуклеотидных маркеров (BAT-25, BAT-26, NR-21, NR-24 и MONO-27) для определения MSI. Анализ MSI проводили в соответствии с указаниями производителя (Promega). Продукты анализировали с помощью капиллярного электрофореза, и исследователи интерпретировали микросателлитную нестабильность в 2 или более из 5 мононуклеотидных локусов как MSI-высокую, микросателлитную нестабильность в одном мононуклеотидном локусе как MSI-низкую, а отсутствие нестабильности ни в одном из локусов - как микросателлитную стабильность. МСС).

Особенности изображения FDG PET исследователи извлекли следующим образом:

Традиционные параметры изображения включают SUVmax, метаболический объем опухоли (MTV) и общий гликолиз поражения (TLG) первичной опухоли. Традиционные параметры ФДГ-ПЭТ рассчитывали с использованием коммерческого программного обеспечения (PBAS, PMOD 4.0). Радиомика (анализ текстуры) будет рассчитываться только для ПЭТ с ФДГ перед обработкой. Матрицы радиомного анализа включают гистограммный анализ, матрицу совпадения в оттенках серого (GLCM), матрицу совпадения кодирования текстурных признаков (TFCCM), матрицу длин серий в оттенках серого (GLRLM), матрицу зон размеров в оттенках серого (GLSZM). ) 、 Матрица разности оттенков серого по соседству (NGTDM) 、 Матрица кодирования признаков текстуры (TFCM) 、 Матрица совпадения кодирования признаков текстуры (TFCM) и матрица зависимости соседнего уровня серого (NGLD).