Radiogenomiikka Aeroodigestive Tract Cancersissa

Tämä on prospektiivinen tutkimus, ja tutkijat käyttävät rutiininomaisia ​​patologisia näytteitä seuraavan sukupolven sekvensointiin (NGS), mikrosatelliittien epävakauteen (MSI) ja immunohistokemiallisiin värjäyksiin.

Patologiset tutkimukset mukaan lukien PD-L1, EGFR-status, ALK ja ROS-1.

NGS (Next Generation Sequencing): Kokonais-DNA uutettiin EDTA-perifeerisestä laskimoverestä ja parafiiniin upotetuista kasvainnäytteistä QIAamp® DNA Blood Mini Kit - ja QIAamp DNA FFPE Tissue Kit -pakkauksella (QIAGEN GmbH, Hilden, Saksa), vastaavasti. DNA:n koko eksomisekvenssiä varten lyhyesti, kasvain- ja veren DNA sonikoitiin Covaris M220 -sonikaattorilla (Life Technologies Europe, Gent, Belgia) ja ligoitiin sitten adapteriin lisämonistusta varten (Illumina® TruSeq Exome Library Prep, USA). Kaikki kirjaston valmistelu suoritettiin Taipein lääketieteellisen yliopiston Cancer Translational Core Facilityssä. Kirjaston valmistelun jälkeen kaikki näytteet sekvensoitiin käyttäen NextSeq500-järjestelmää valmistajan ohjeiden mukaisesti (Illumina, San Diego, USA). Sekvensoinnin jälkeen lukutiedoston laatu (fastq) arvioitiin FastQC:llä ja kartoitettiin sitten käyttämällä ihmisen Hg19:ää vertailuna. Bam-tiedostoja käytettiin syötteenä Varscan-algoritmille ituradan ja somaattisten mutaatioiden tunnistamiseksi. Annotoidut ja suodatetut variantit tarkistettiin manuaalisesti käyttämällä IGV:tä (Integrative Genomics Viewer) ja vahvistettiin sitten Sanger-sekvenssillä.

TMB:n (kokonaismutaatiotaakka) laskemiseksi megakantaa kohden laskettujen mutaatioiden kokonaismäärä jaetaan kohdealueen koodaavan alueen koolla.

MATH:n (mutanttialleelin kasvaimen heterogeenisyyden) laskemiseksi tutkijat hankkivat ensin kunkin kasvainnäytteen MAF:n (DNA-fraktio, joka osoittaa mutatoidun alleelin geenilokuksessa). MAF-jakaumaa käytetään MAF:ien mediaanin (jakaumakeskuksen) ja MD:n (mediaanipoikkeaman) laskemiseen kasvaimessa. MD määritetään saamalla kaikkien MAF:ien absoluuttiset erot mediaani-MAF:sta. Sitten absoluuttisten erojen mediaani kerrotaan kertoimella 1,4826 MD:n saamiseksi. MATH-arvo lasketaan MD:n prosentuaalisena suhteena mediaaniin: MATH = (MD/mediaani) × 100.

MSI (Microsatellite instability) Mikrosatelliittien epävakauden polymeraasiketjureaktio (MSI-PCR) MSI-PCR-testauksen suoritti Taipein lääketieteellisen yliopiston Cancer Translational Core Facility käyttäen Promega MSI -analyysipakkausta (Promega). MSI-analyysi koostuu viidestä lähes monomorfisesta mononukleotidimarkkerista (BAT-25, BAT-26, NR-21, NR-24 ja MONO-27) MSI-määritykseen. MSI-analyysi suoritettiin valmistajan ohjeiden mukaan (Promega). Tuotteet analysoitiin kapillaarielektroforeesilla, ja tutkijat tulkitsevat mikrosatelliitin epävakauden kahdessa tai useammassa viidestä mononukleotidilokuksesta MSI-korkeaksi, mikrosatelliitin epästabiiliuden yksittäisessä mononukleotidilokuksessa MSI-alhaiseksi ja ei epävakautta missään lokuksessa mikrosatelliittina. MSS).

FDG PET:n kuvaominaisuudet tutkijat poimivat seuraavasti:

Perinteisiä kuvaparametreja ovat SUVmax, metabolinen tuumoritilavuus (MTV) ja primaarisen kasvaimen kokonaisvaurion glykolyysi (TLG). Perinteiset FDG PET -parametrit laskettiin kaupallisilla ohjelmistoilla (PBAS, PMOD 4.0). Radiomiikka (tekstuurianalyysi) lasketaan vain esikäsittelylle FDG PET. Radioamisen analyysin matriiseja ovat histogrammianalyysi, harmaatason yhteisesiintymämatriisi (GLCM), pintakuviopiirteitä koodaava yhteisesiintymämatriisi (TFCCM), harmaatason run-length matriisi (GLRLM), harmaatason kokovyöhykematriisi (GLSZM). ), naapuruston harmaasävyerotusmatriisi (NGTDM), tekstuuriominaisuuksien koodausmatriisi (TFCM), tekstuuriominaisuuksien koodausmatriisi (TFCM) ja naapuriharmaatason riippuvuusmatriisi (NGLD).