Radiogenomika a légzőszervi traktusrákban

Ez egy prospektív vizsgálat, és a kutatók a rutin patológiás mintákat használják következő generációs szekvenáláshoz (NGS), mikroszatellit instabilitáshoz (MSI) és immunhisztokémiai festéshez.

Patológiai vizsgálatok, beleértve a PD-L1-et, az EGFR állapotot, az ALK-t és a ROS-1-et.

NGS (Next Generation Sequencing): A teljes DNS-t EDTA-perifériás vénás vérből és paraffinba ágyazott tumormintákból vontuk ki a QIAamp® DNA Blood Mini Kit és QIAamp DNA FFPE Tissue Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Németország) segítségével. A teljes DNS-exómszekvencia esetében röviden a tumor és a vér DNS-ét Covaris M220 szonikátorral (Life Technologies Europe, Gent, Belgium) ultrahanggal kezeltük, majd további amplifikáció céljából adapterhez ligáltuk (Illumina® TruSeq Exome Library Prep, USA). Az összes könyvtár-előkészítést a Taipei Orvostudományi Egyetem Cancer Translational Core Facilityében végezték. A könyvtár előkészítése után az összes mintát NextSeq500 rendszerrel szekvenáltuk a gyártó utasításai szerint (Illumina, San Diego, USA). A szekvenálási teljesítmény után az olvasási fájl (fastq) minőségét FastQC-vel értékelték, majd referenciaként humán Hg19-et használva térképezték fel. Bam fájlokat használtak bemenetként a Varscan algoritmushoz a csíravonal és a szomatikus mutációk azonosításához. Az annotált és szűrt változatokat manuálisan ellenőriztük az IGV (Integrative Genomics Viewer) segítségével, majd Sanger szekvenciával megerősítették.

A TMB (teljes mutációs terhelés) megabázisonkénti kiszámításához a számlált mutációk teljes számát elosztjuk a megcélzott terület kódoló régiójának méretével.

A MATH (mutáns-allél tumor heterogenitás) kiszámításához a vizsgálók először minden tumormintából megkapják a MAF-ot (a DNS azon frakcióját, amely a mutált allélt egy génlókuszban mutatja). A MAF-eloszlást a MAF-ok mediánjának (eloszlási központja) és MD-jének (medián eltérésének) kiszámításához használják egy daganatban. Az MD-t úgy határozzuk meg, hogy megkapjuk az összes MAF abszolút különbségét a MAF mediánjától. Ezután az abszolút különbségek mediánját megszorozzuk 1,4826-os tényezővel, hogy megkapjuk az MD-t. A MATH értéket az MD és a medián százalékos arányaként számítjuk ki: MATH = (MD/medián)×100.

MSI (Microsatellite instabilitás) Mikroszatellit instabilitási polimeráz láncreakció (MSI-PCR) Az MSI-PCR vizsgálatot a Taipei Orvostudományi Egyetem Cancer Translational Core Facility végezte Promega MSI elemzőkészlettel (Promega). Az MSI analízis öt, csaknem monomorf mononukleotid markerből áll (BAT-25, BAT-26, NR-21, NR-24 és MONO-27) az MSI meghatározásához. Az MSI analízist a gyártó (Promega) utasításai szerint végeztük. A termékeket kapilláris elektroforézissel elemezték, és a kutatók az 5 mononukleotid lókusz közül kettőnél vagy többnél a mikroszatellit instabilitást magas MSI-értéknek, a mikroszatellit instabilitást egyetlen mononukleotid lókusznál alacsony MSI-értéknek, és egyik lókusznál sem instabilitást mikroszatellitnak minősítettek. MSS).

Az FDG PET képjellemzőit a nyomozók a következők szerint bontották ki:

A hagyományos képparaméterek közé tartozik az SUVmax, a metabolikus tumor térfogata (MTV) és az elsődleges daganat teljes lézió glikolízise (TLG). A hagyományos FDG PET paramétereket kereskedelmi forgalomba hozott szoftverrel (PBAS, PMOD 4.0) számítottuk ki. A radiomika (textúraelemzés) csak az FDG PET előkezelésére kerül kiszámításra. A radiomikus analízis mátrixai közé tartozik a hisztogram elemzés, a Gray-szintű együttes előfordulási mátrix (GLCM), a textúrajellemzőket kódoló ko-előfordulási mátrix (TFCM), a szürke szintű futáshosszúságú mátrix (GLRLM), a szürke szintű méretzóna mátrix (GLSZM). )), szomszédsági szürketónus-különbség mátrix (NGTDM), textúrajellemző-kódoló mátrix (TFCM), textúrajellemzők kódoló együttes előfordulási mátrixa (TFCM) és szomszédos szürkeszint-függőségi mátrix (NGLD).