Radiogenomica nei tumori del tratto aerodigestivo

Questo è uno studio prospettico e gli investigatori utilizzano i campioni patologici di routine per il sequenziamento di nuova generazione (NGS), l'instabilità dei microsatelliti (MSI) e le macchie immunoistochimiche.

Esami patologici tra cui PD-L1, stato EGFR, ALK e ROS-1.

NGS (Next Generation Sequencing): il DNA totale è stato estratto da sangue venoso periferico EDTA e campioni tumorali inclusi in paraffina rispettivamente con il kit QIAamp® DNA Blood Mini e il kit QIAamp DNA FFPE Tissue (QIAGEN GmbH, Hilden, Germania). Per la sequenza dell'intero esoma del DNA, brevemente, il DNA del tumore e del sangue sono stati sonicati dal sonicatore Covaris M220 (Life Technologies Europe, Gent, Belgio) e quindi legati all'adattatore per un'ulteriore amplificazione (Illumina® TruSeq Exome Library Prep, USA). Tutta la preparazione della libreria è stata eseguita presso la Cancer Translational Core Facility della Taipei Medical University. Dopo la preparazione della libreria, tutti i campioni sono stati sequenziati utilizzando il sistema NextSeq500 secondo le istruzioni del produttore (Illumina, San Diego, USA). Dopo le prestazioni di sequenziamento, la qualità del file di letture (fastq) è stata valutata da FastQC e quindi mappata utilizzando Hg19 umano come riferimento. I file Bam sono stati utilizzati come input per l'algoritmo Varscan per identificare le mutazioni germinali e somatiche. Le varianti annotate e filtrate sono state controllate manualmente utilizzando IGV (Integrative Genomics Viewer), quindi confermate dalla sequenza di Sanger.

Per calcolare il TMB (carico totale di mutazione) per megabase, il numero totale di mutazioni contate viene diviso per la dimensione della regione codificante del territorio target.

Per calcolare MATH (eterogeneità tumorale dell'allele mutante), gli investigatori otterranno prima il MAF (la frazione di DNA che mostra l'allele mutato in un locus genico) di ciascun campione di tumore. La distribuzione MAF verrà utilizzata per calcolare la mediana (centro di distribuzione) e la MD (deviazione mediana) dei MAF in un tumore. Il MD è determinato ottenendo le differenze assolute di tutti i MAF dal MAF mediano. Quindi la mediana delle differenze assolute viene moltiplicata per un fattore di 1,4826 per ottenere la MD. Il valore MATH è calcolato come rapporto percentuale tra MD e mediana: MATH = (MD/mediana)×100.

MSI (Instabilità dei microsatelliti) Instabilità dei microsatelliti reazione a catena della polimerasi (MSI-PCR) Il test MSI-PCR è stato eseguito dalla Cancer Translational Core Facility della Taipei Medical University utilizzando il kit di analisi Promega MSI (Promega). L'analisi MSI consiste di cinque marcatori mononucleotidici quasi monomorfici (BAT-25, BAT-26, NR-21, NR-24 e MONO-27) per la determinazione MSI. L'analisi MSI è stata eseguita secondo le indicazioni del produttore (Promega). I prodotti sono stati analizzati mediante elettroforesi capillare e i ricercatori hanno interpretato l'instabilità dei microsatelliti in 2 o più dei 5 loci mononucleotidici come MSI-alta, l'instabilità dei microsatelliti in un singolo locus mononucleotidico come MSI-bassa e nessuna instabilità in nessuno dei loci come microsatellite stabile. MSS).

Le caratteristiche dell'immagine di FDG PET che i ricercatori hanno estratto come segue:

I parametri tradizionali dell'immagine includono SUVmax, volume tumorale metabolico (MTV) e glicolisi totale della lesione (TLG) del tumore primario. I tradizionali parametri FDG PET sono stati calcolati utilizzando un software commercializzato (PBAS, PMOD 4.0). La radiomica (analisi della trama) sarà calcolata solo per il pre-trattamento FDG PET. Le matrici dell'analisi radiomica includono l'analisi dell'istogramma, la matrice di co-occorrenza a livello di grigio (GLCM), la matrice di co-occorrenza di codifica delle caratteristiche della trama (TFCCM), la matrice di run-length a livello di grigio (GLRLM) e la matrice di zona di dimensione del livello di grigio (GLSZM )、matrice di differenza dei toni di grigio di quartiere (NGTDM)、matrice di codifica delle caratteristiche di trama (TFCM)、matrice di co-occorrenza di codifica delle caratteristiche di trama (TFCCM) e matrice di dipendenza del livello di grigio adiacente (NGLD).