호기소화관 암의 방사선유전학

이것은 전향적 연구이며 연구자들은 차세대 시퀀싱(NGS), 마이크로위성 불안정성(MSI) 및 면역조직화학적 염색을 위해 일상적인 병리학적 표본을 사용합니다.

PD-L1, EGFR 상태, ALK 및 ROS-1을 포함한 병리학적 검사.

NGS(Next Generation Sequencing): QIAamp® DNA Blood Mini Kit 및 QIAamp DNA FFPE Tissue Kit(QIAGEN GmbH, Hilden, Germany)를 사용하여 EDTA 말초 정맥혈 및 파라핀 포매 종양 표본에서 각각 총 DNA를 추출했습니다. DNA 전체 엑솜 서열의 경우 간단히 종양 및 혈액 DNA를 Covaris M220 초음파 처리기(Life Technologies Europe, Gent, Belgium)로 초음파 처리한 다음 추가 증폭을 위해 어댑터에 결찰했습니다(Illumina® TruSeq Exome Library Prep, USA). 모든 라이브러리 준비는 Taipei Medical University의 Cancer Translational Core Facility에서 수행되었습니다. 라이브러리 준비 후 모든 샘플은 제조업체의 지침(Illumina, San Diego, USA)에 따라 NextSeq500 시스템을 사용하여 시퀀싱되었습니다. 시퀀싱 성능 후 FastQC에서 읽기 파일(fastq)의 품질을 평가한 다음 인간 Hg19를 참조로 사용하여 매핑했습니다. Bam 파일은 생식계열 및 체세포 돌연변이를 식별하기 위해 Varscan 알고리즘의 입력으로 사용되었습니다. 주석이 추가되고 필터링된 변이체는 IGV(Integrative Genomics Viewer)를 사용하여 수동으로 확인한 다음 Sanger 시퀀스로 확인했습니다.

메가베이스당 TMB(총 돌연변이 부담)를 계산하기 위해 계산된 총 돌연변이 수를 대상 영역의 코딩 영역 크기로 나눕니다.

MATH(돌연변이-대립유전자 종양 이질성)를 계산하기 위해 조사관은 먼저 각 종양 표본의 MAF(유전자좌에서 돌연변이 대립유전자를 나타내는 DNA 분획)를 얻습니다. MAF 분포는 종양에서 MAF의 중앙값(분포 중심) 및 MD(중앙 편차)를 계산하는 데 사용됩니다. MD는 MAF 중앙값에서 모든 MAF의 절대차를 구하여 결정됩니다. 그런 다음 절대 차이의 중앙값에 1.4826의 계수를 곱하여 MD를 얻습니다. MATH 값은 중앙값에 대한 MD의 백분율 비율로 계산됩니다: MATH = (MD/중앙값)×100.

MSI (Microsatellite instability) Microsatellite instability polymerase chain reaction (MSI-PCR) Promega MSI 분석 키트(Promega)를 사용하여 Taipei Medical University의 Cancer Translational Core Facility에서 MSI-PCR 테스트를 수행했습니다. MSI 분석은 MSI 결정을 위한 5개의 거의 단일형 모노뉴클레오티드 마커(BAT-25, BAT-26, NR-21, NR-24 및 MONO-27)로 구성됩니다. MSI 분석은 제조업체의 지시(Promega)에 따라 수행되었습니다. 제품은 모세관 전기영동으로 분석되었으며 연구자들은 5개의 모노뉴클레오티드 유전자좌 중 2개 이상에서 미세부수체 불안정성을 MSI-높음으로, 단일 모노뉴클레오티드 유전자좌에서 미세부수체 불안정성을 MSI-낮음으로 해석했으며, 어떤 유전자좌에서도 불안정성이 없는 것을 미세위성 안정으로 해석했습니다. MSS).

조사자가 추출한 FDG PET의 이미지 특징은 다음과 같습니다.

전통적인 이미지 매개변수에는 SUVmax, 대사성 종양 부피(MTV) 및 원발 종양의 총 병변 해당작용(TLG)이 포함됩니다. 전통적인 FDG PET 매개변수는 상용화된 소프트웨어(PBAS, PMOD 4.0)를 사용하여 계산되었습니다. Radiomics(질감 분석)는 전처리 FDG PET에 대해서만 계산됩니다. 방사성 분석의 매트릭스에는 히스토그램 분석, GLCM(Gray-level co-occurrence matrix), TFCCM(texture feature coding co-occurrence matrix), GLRLM(gray-level run-length matrix), GLSZM(gray-level size zone matrix)이 포함됩니다. ), NGTDM(Neighborhood Gray-tone Difference Matrix), TFCM(Texture Feature Coding Matrix), TFCCM(Texture Feature Coding Co-Occurrence Matrix) 및 NGLD(Neighboring Gray Level Dependence Matrix).