呼吸消化道癌症中的放射基因组学

这是一项前瞻性研究，研究人员使用常规病理标本进行下一代测序 (NGS)、微卫星不稳定性 (MSI) 和免疫组化染色。

病理检查包括PD-L1、EGFR状态、ALK和ROS-1。

NGS（下一代测序）：分别使用 QIAamp® DNA Blood Mini Kit 和 QIAamp DNA FFPE Tissue Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Germany) 从 EDTA 外周静脉血和石蜡包埋的肿瘤标本中提取总 DNA。 对于 DNA 全外显子组序列，简单地说，肿瘤和血液 DNA 通过 Covaris M220 超声仪（Life Technologies Europe，Gent，Belgium）进行超声处理，然后连接到适配器以进一步扩增（Illumina® TruSeq Exome Library Prep，USA）。 所有文库制备均在台北医学大学癌症转化核心设施中进行。 文库制备后，根据制造商的说明（Illumina，圣地亚哥，美国）使用 NextSeq500 系统对所有样品进行测序。 测序性能后，读取文件 (fastq) 的质量由 FastQC 评估，然后使用人类 Hg19 作为参考进行映射。 Bam 文件用作 Varscan 算法的输入，以识别种系和体细胞突变。 使用 IGV（Integrative Genomics Viewer）手动检查注释和过滤的变体，然后通过 Sanger 序列确认。

要计算每兆碱基的 TMB（总突变负担），计算的突变总数除以目标区域编码区域的大小。

为了计算 MATH（突变等位基因肿瘤异质性），研究人员将首先获得每个肿瘤标本的 MAF（在基因位点显示突变等位基因的 DNA 部分）。 MAF 分布将用于计算肿瘤中 MAF 的中值（分布中心）和 MD（中值偏差）。 MD 是通过获得所有 MAF 与 MAF 中值的绝对差来确定的。 然后将绝对差的中位数乘以系数 1.4826 以获得 MD。 MATH 值计算为 MD 与中值的百分比：MATH =（MD/中值）×100。

MSI(Microsatellite instability)微卫星不稳定性聚合酶链反应(MSI-PCR) MSI-PCR测试由台北医学大学癌症转化核心设施使用Promega MSI分析试剂盒(Promega)进行。 MSI 分析由五个近乎单态的单核苷酸标记（BAT-25、BAT-26、NR-21、NR-24 和 MONO-27）组成，用于 MSI 测定。 MSI 分析是根据制造商的说明 (Promega) 进行的。 通过毛细管电泳分析产物，研究人员将 5 个单核苷酸位点中 2 个或更多位点的微卫星不稳定性解释为 MSI 高，将单个单核苷酸位点的微卫星不稳定性解释为 MSI 低，并且在任何位点没有不稳定性为微卫星稳定（管理系统）。

研究者提取的FDG PET图像特征如下：

传统的图像参数包括原发肿瘤的SUVmax、代谢肿瘤体积（MTV）和总病灶糖酵解（TLG）。 使用商业化软件（PBAS，PMOD 4.0）计算传统的 FDG PET 参数。 放射组学（纹理分析）将仅针对治疗前的 FDG PET 进行计算。 放射组学分析矩阵包括直方图分析、灰度共生矩阵（GLCM）、纹理特征编码共生矩阵（TFCCM）、灰度游程矩阵（GLRLM）、灰度大小区域矩阵（GLSZM） )、邻域灰度差矩阵(NGTDM)、纹理特征编码矩阵(TFCM)、纹理特征编码共现矩阵(TFCCM)和邻域灰度依赖矩阵(NGLD)。