Radiogenomikk i kreft i fordøyelseskanalen

Dette er en prospektiv studie og etterforskerne bruker de rutinemessige patologiske prøvene for neste generasjons sekvensering (NGS), mikrosatellitt-instabilitet (MSI) og immunhistokjemiske farginger.

Patologiske undersøkelser inkludert PD-L1, EGFR-status, ALK og ROS-1.

NGS (Next Generation Sequencing): Totalt DNA ble ekstrahert fra EDTA-perifert veneblod og parafininnstøpte tumorprøver med henholdsvis QIAamp® DNA Blood Mini Kit og QIAamp DNA FFPE Tissue Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Tyskland). For hele DNA-eksomsekvensen, kort fortalt, ble tumor- og blod-DNA sonikert av Covaris M220-sonicator (Life Technologies Europe, Gent, Belgia) og deretter ligert til adapter for videre amplifikasjon (Illumina® TruSeq Exome Library Prep, USA). All forberedelse av biblioteket ble utført i Cancer Translational Core Facility ved Taipei Medical University. Etter biblioteksforberedelse ble alle prøvene sekvensert ved bruk av NextSeq500-systemet i henhold til produsentens instruksjoner (Illumina, San Diego, USA). Etter sekvenseringsytelse ble kvaliteten på lesefilen (fastq) vurdert av FastQC og deretter kartlagt med human Hg19 som referanse. Bam-filer ble brukt som input for Varscan-algoritmen for å identifisere kimlinje- og somatiske mutasjoner. Varianter annotert og filtrert ble manuelt sjekket ved hjelp av IGV (Integrative Genomics Viewer), deretter bekreftet av Sanger-sekvensen.

For å beregne TMB (total mutasjonsbyrde) per megabase, deles det totale antallet mutasjoner som telles på størrelsen på den kodende regionen til det målrettede territoriet.

For å beregne MATH (mutant-allel-tumorheterogenitet), vil etterforskerne først skaffe MAF (fraksjonen av DNA som viser det muterte allelet på et gen-lokus) for hver tumorprøve. MAF-fordelingen vil bli brukt til å beregne medianen (distribusjonssenter) og MD (medianavvik) for MAF i en svulst. MD bestemmes ved å oppnå de absolutte forskjellene for alle MAF-er fra median MAF. Deretter multipliseres medianen av de absolutte forskjellene med en faktor på 1,4826 for å oppnå MD. MATH-verdien beregnes som prosentforholdet mellom MD og medianen: MATH = (MD/median)×100.

MSI (mikrosatellitt-ustabilitet) Mikrosatellitt-ustabilitet polymerasekjedereaksjon (MSI-PCR) MSI-PCR-testing ble utført av Cancer Translational Core Facility ved Taipei Medical University ved bruk av Promega MSI-analysesett (Promega). MSI-analysen består av fem nesten monomorfe mononukleotidmarkører (BAT-25, BAT-26, NR-21, NR-24 og MONO-27) for MSI-bestemmelse. MSI-analyse ble utført i henhold til produsentens anvisninger (Promega). Produktene ble analysert ved kapillærelektroforese, og etterforskerne tolket mikrosatellitt-ustabilitet ved 2 eller flere av de 5 mononukleotidlokiene som MSI-høy, mikrosatellitt-ustabilitet ved et enkelt mononukleotidlokus som MSI-lav, og ingen ustabilitet ved noen av lociene som mikrosatellittstabile ( MSS).

Bildetrekkene til FDG PET etterforskerne hentet ut som følger:

De tradisjonelle bildeparametrene inkluderer SUVmax, metabolsk tumorvolum (MTV) og total lesjonsglykolyse (TLG) av primærtumoren. De tradisjonelle FDG PET-parametrene ble beregnet ved bruk av kommersialisert programvare (PBAS, PMOD 4.0). Radiomiks (teksturanalyse) vil kun beregnes for forbehandling FDG PET. Matrisene for radiomisk analyse inkluderer histogramanalyse, Gray-level co-currence matrise (GLCM)、texture feature coding co-currence matrise (TFCCM)、grå-nivå run-length matrise (GRLLM)、 grå-nivå størrelse sone matrise (GLSZM) )、ghborhood gråtone forskjellsmatrise (NGTDM)、Texture Feature Coding Matrix (TFCM)、Texture Feature Coding Co-Currence Matrix (TFCCM) og Neighboring Gray Level Dependence Matrix (NGLD).