Radiogénomique dans les cancers des voies aérodigestives

Il s'agit d'une étude prospective et les chercheurs utilisent les échantillons pathologiques de routine pour le séquençage de nouvelle génération (NGS), l'instabilité des microsatellites (MSI) et les colorations immunohistochimiques.

Examens pathologiques incluant PD-L1, statut EGFR, ALK et ROS-1.

NGS (séquençage de nouvelle génération) : l'ADN total a été extrait du sang veineux périphérique EDTA et des échantillons de tumeur inclus en paraffine avec le kit QIAamp® DNA Blood Mini et le kit QIAamp DNA FFPE Tissue (QIAGEN GmbH, Hilden, Allemagne), respectivement. Pour la séquence complète de l'exome d'ADN, brièvement, l'ADN tumoral et sanguin a été soniqué par le sonicateur Covaris M220 (Life Technologies Europe, Gand, Belgique), puis ligaturé à l'adaptateur pour une amplification supplémentaire (Illumina® TruSeq Exome Library Prep, USA). Toute la préparation de la bibliothèque a été effectuée dans le Cancer Translational Core Facility de l'Université médicale de Taipei. Après la préparation de la bibliothèque, tous les échantillons ont été séquencés à l'aide du système NextSeq500 conformément aux instructions du fabricant (Illumina, San Diego, États-Unis). Après les performances de séquençage, la qualité du fichier de lecture (fastq) a été évaluée par FastQC, puis cartographiée en utilisant le Hg19 humain comme référence. Les fichiers Bam ont été utilisés comme entrée pour l'algorithme Varscan afin d'identifier les mutations germinales et somatiques. Les variants annotés et filtrés ont été vérifiés manuellement à l'aide de l'IGV (Integrative Genomics Viewer), puis confirmés par la séquence Sanger.

Pour calculer le TMB (Total Mutation Charge) par mégabase, le nombre total de mutations comptabilisées est divisé par la taille de la région codante du territoire ciblé.

Pour calculer MATH (hétérogénéité tumorale allèle mutante), les chercheurs obtiendront d'abord le MAF (la fraction d'ADN qui montre l'allèle muté à un locus génique) de chaque spécimen de tumeur. La distribution MAF sera utilisée pour calculer la médiane (centre de distribution) et le MD (écart médian) des MAF dans une tumeur. Le MD est déterminé en obtenant les différences absolues de tous les MAF à partir du MAF médian. Ensuite, la médiane des différences absolues est multipliée par un facteur de 1,4826 pour obtenir la DM. La valeur MATH est calculée comme le rapport en pourcentage de la DM à la médiane : MATH = (MD/médiane)×100.

MSI (instabilité microsatellite) Réaction en chaîne par polymérase d'instabilité microsatellite (MSI-PCR) Le test MSI-PCR a été réalisé par le Cancer Translational Core Facility de l'Université médicale de Taipei à l'aide du kit d'analyse Promega MSI (Promega). L'analyse MSI consiste en cinq marqueurs mononucléotidiques presque monomorphes (BAT-25, BAT-26, NR-21, NR-24 et MONO-27) pour la détermination du MSI. L'analyse MSI a été effectuée selon les instructions du fabricant (Promega). Les produits ont été analysés par électrophorèse capillaire et les enquêteurs ont interprété l'instabilité des microsatellites à 2 ou plus des 5 locus mononucléotidiques comme MSI-haut, l'instabilité des microsatellites à un seul locus mononucléotidique comme MSI-bas, et aucune instabilité à aucun des loci comme microsatellite stable ( MSS).

Les caractéristiques de l'image de FDG PET que les enquêteurs ont extraites sont les suivantes :

Les paramètres d'image traditionnels incluent le SUVmax, le volume métabolique de la tumeur (MTV) et la glycolyse totale de la lésion (TLG) de la tumeur primitive. Les paramètres FDG PET traditionnels ont été calculés à l'aide d'un logiciel commercialisé (PBAS, PMOD 4.0). La radiomique (analyse de texture) sera calculée uniquement pour la TEP au FDG avant traitement. Les matrices d'analyse radiomique comprennent l'analyse d'histogramme, la matrice de cooccurrence de niveau de gris (GLCM)、la matrice de cooccurrence de codage des caractéristiques de texture (TFCCM)、la matrice de longueur d'exécution de niveau de gris (GLRLM)、la matrice de zone de taille de niveau de gris (GLSZM ) 、 Matrice de différence de tons de gris de voisinage (NGTDM) 、 Matrice de codage des caractéristiques de texture (TFCM) 、 Matrice de cooccurrence de codage des caractéristiques de texture (TFCCM) et Matrice de dépendance du niveau de gris voisin (NGLD).