多剤耐性結核の新しいゲノム技術と管理 (GENO-MDR)
多剤耐性結核患者の管理に対する新しいゲノムツールの影響
調査の概要
状態
条件
詳細な説明
NRC-MyRMA で受け取った結核菌 MDR 菌株の生物学的コレクションに基づく診断テストの信頼性と有効性の評価に関する非介入のモノセントリック研究。 この研究は、フランスで検出された多剤耐性結核菌のすべての株とサンプルに適用されます。 これらの菌株はすべて、国のガイドラインに従って、第一選択および第二選択の抗結核薬に対する薬剤感受性試験 (DST) のために、NRC-MyRMA (マイコバクテリアおよび抗結核薬に対する耐性に関する国立リファレンス センター) に送られます。
現在、抗生物質耐性の遺伝子型および表現型の診断は、CNR-MyRMA で結核菌 MDR の菌株を受け取ったときに、それぞれ PCR シーケンス技術と市販のキットによって、およびプロポーションと呼ばれる参照方法による表現型のアンチバイオグラムによって行われています。 サンプルの場合、遺伝子型診断のみがすぐに実行可能であり、表現型診断の実現は株からのみ実行できるため、研究者は陽性培養が得られるまで待たなければなりません。
この現在の戦略に加えて、株の完全なゲノムの配列決定に基づく 2 つの革新的な戦略 (WGS および Deeplex-MycTB) が実装されます。 これらの分析では、追加の患者のサンプルは必要ありません。
それぞれの抵抗に関して、感度と特異性、およびさまざまなテストの ROC 曲線下の領域が計算され、それらの信頼区間がブートストラップによって推定されます。 異なる技術間の感度、特異性、および曲線下面積の比較は、ブートストラップに基づくガウス検定によって実行されます。 異なるテスト間の一致は、Cohen kappa を計算することによって測定されます。 カッパ信頼区間は、ブートストラップによって推定されます。 各遺伝子型法と表現型法の間のカッパは、ブートストラップに基づくガウス検定によって比較されます。
時間を報告する結果の比較は、中央値に関する行の対称性の比較検定 (マン ホイスニー ウィルコクソン検定) によって行われます。
一般に、量的変数は、古典的な位置測定値 (平均、中央値、第 1 および第 3 四分位数、最小値および最大値) および分散測定値 (標準偏差) によって記述されます。 質的変数は、絶対値とパーセンテージで説明されます。
統計的有意性の程度:
テストの有意水準は 0.05 のアルファに設定されます。
ソフトウェア：
すべての分析は、実行時に利用可能な最新バージョンの SAS ソフトウェアまたは R ソフトウェアの URC で行われます。
研究の種類
入学 (予想される)
連絡先と場所
研究連絡先
- 名前：Alexandra AUBRY, Pr
- 電話番号：01 42 16 20 70
- メール：alexandra.aubry@aphp.fr
研究場所
-
-
-
Paris、フランス、75013
- 募集
- Pitié Salpetrière Hospital
-
コンタクト：
- Alexandra AUBRY, Pr
- 電話番号：01 42 16 20 70
- メール：alexandra.aubry@aphp.fr
-
コンタクト：
- Wladimir SOUGAKOFF, Dr
- 電話番号：01 42 16 20 70
- メール：wladimir.sougakoff@sorbonne-universite.fr
-
-
参加基準
適格基準
就学可能な年齢
健康ボランティアの受け入れ
受講資格のある性別
サンプリング方法
調査対象母集団
説明
包含基準:
- 18歳以上
- 多剤耐性株による細菌学的に証明された結核患者（すなわち、 リファンピンおよびイソニアジドに耐性がある）
- 患者は研究について知らされ、研究への参加に反対していない
除外基準:
- 非多剤耐性結核患者;
- 表現型の抗生物質検査を実施できない (細菌培養の欠如、汚染された培養)
研究計画
研究はどのように設計されていますか？
デザインの詳細
コホートと介入
グループ/コホート |
|---|
|
コホート
MDR-TBと診断された患者
|
この研究は何を測定していますか？
主要な結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
|---|---|---|
|
ベダキリン耐性の検出感度
時間枠：入学式の最後に
|
WGS ベースの戦略の感度は、ベダキリンの耐性を検出するための表現型戦略と比較されます。
|
入学式の最後に
|
二次結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
|---|---|---|
|
結核複合体内の種を同定し、抗結核薬に対する耐性を診断するためのパフォーマンス（結果を得る期限、感度、特異性）
時間枠：入学式の最後に
|
WGS および Deeplex-MycTB 戦略のパフォーマンス (結果を取得する期限、感度、特異性) を表現型参照メソッドのパフォーマンスと比較し、結核複合体内の種を特定し、抗結核薬に対する耐性を診断します。細菌培養および顕微鏡検査で陽性サンプルから直接
|
入学式の最後に
|
|
抗結核日数
時間枠：入学式の最後に
|
遺伝子型薬剤感受性試験の結果が得られた日から各戦略の検体または菌株の受領日までの間に過剰または誤処方されたであろう抗結核日数の比較。薬剤感受性の最終結果が入手可能です（つまり、
レファレンス法である表現型法で得られたもの）
|
入学式の最後に
|
|
異なるパイプラインを使用した WGS 戦略のパフォーマンス (感度、特異性)
時間枠：入学式の最後に
|
異なるパイプライン ((BioNumerics、TB-Profiler、PhyResSe) および CNR-MyrMA 独自のパイプライン) で分析された WGS 結果の感度と特異性は、参照である表現型法の薬剤感受性試験結果と比較されます。方法
|
入学式の最後に
|
|
検査手順の数
時間枠：入学式の最後に
|
CNR-MyrMA で使用されている現在の遺伝子型戦略で実行された手順の数と比較した、WGS および Deeplex-MycTB 戦略で実行された検査手順の数
|
入学式の最後に
|
|
個人的な時間と検査手順の費用
時間枠：入学式の最後に
|
WGS および Deeplex-MycTB 戦略に必要な個人的な時間 (医療および非医療) および実験手順のコストと、CNR-MyrMA で使用される遺伝子型の方法に必要な個人的な時間および実験手順のコストとの比較
|
入学式の最後に
|
協力者と研究者
捜査官
- 主任研究者：Alexandra AUBRY, Pr、Pitié Salpêtrière Hospital AP-HP
研究記録日
主要日程の研究
研究開始 (実際)
一次修了 (予期された)
研究の完了 (予期された)
試験登録日
最初に提出
QC基準を満たした最初の提出物
最初の投稿 (実際)
学習記録の更新
投稿された最後の更新 (実際)
QC基準を満たした最後の更新が送信されました
最終確認日
詳しくは
この情報は、Web サイト clinicaltrials.gov から変更なしで直接取得したものです。研究の詳細を変更、削除、または更新するリクエストがある場合は、register@clinicaltrials.gov。 までご連絡ください。 clinicaltrials.gov に変更が加えられるとすぐに、ウェブサイトでも自動的に更新されます。