Новые геномные методы и лечение туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью (GENO-MDR)

Неинтервенционное моноцентровое исследование по оценке надежности и валидности диагностического теста на основе биологической коллекции МЛУ-штаммов M.tuberculosis, полученной в NRC-MyRMA. Исследование будет применяться ко всем штаммам и образцам M.tuberculosis с множественной лекарственной устойчивостью, обнаруженным во Франции. Все эти штаммы направляются в NRC-MyRMA (Национальный референс-центр микобактерий и устойчивости к противотуберкулезным препаратам) для тестирования лекарственной чувствительности (ТЛЧ) к противотуберкулезным препаратам первого и второго ряда в соответствии с национальными рекомендациями.

В настоящее время генотипическую и фенотипическую диагностику антибиотикорезистентности проводят при поступлении штамма МЛУ M.tuberculosis в CNR-MyRMA, соответственно методами ПЦР-секвенирования и коммерческими наборами и по фенотипической антибиотикограмме методом сравнения, называемым пропорциями. В случае пробы сразу возможна только генотипическая диагностика, реализация фенотипической диагностики может быть осуществлена ​​только из штамма, поэтому исследователи должны дождаться получения положительной культуры.

В дополнение к этой текущей стратегии будут реализованы две инновационные стратегии, основанные на секвенировании полного генома штаммов (WGS и Deeplex-MycTB). Эти анализы не потребуют дополнительных образцов пациента.

Чувствительность и специфичность, а также площадь под ROC-кривой различных тестов по отношению к каждой резистентности будут рассчитываться, а их доверительный интервал будет оцениваться с помощью начальной загрузки. Сравнение чувствительности, специфичности и площади под кривой между различными методами будет проводиться с помощью критерия Гаусса, основанного на начальной загрузке. Согласие между различными тестами будет измеряться путем вычисления каппы Коэна. Доверительный интервал Каппа будет оцениваться с помощью начальной загрузки. Каппа между каждым генотипическим методом и фенотипическим методом будет сравниваться с помощью критерия Гаусса, основанного на начальной загрузке.

Сравнение времени сообщения результатов будет выполнено с помощью сравнительного теста симметрии строк по отношению к среднему значению (критерий Манна-Уитни-Уилкоксона.

В общем, количественные переменные будут описываться классическими измерениями положения (среднее, медиана, 1-й и 3-й квартиль, минимум и максимум) и мерами дисперсии (стандартное отклонение). Качественные переменные будут описаны с точки зрения абсолютного значения и процента.

Степень статистической значимости:

Уровень значимости для тестов будет установлен для альфа 0,05.

Программное обеспечение:

Все анализы будут выполняться в URC на программном обеспечении SAS или R в их последней версии, доступной на момент их выполнения.