Uudet genomiset tekniikat ja monilääkeresistenssin tuberkuloosin hoito (GENO-MDR)

Ei-interventiivinen yksikeskinen tutkimus diagnostisen testin luotettavuuden ja validiteetin arvioimiseksi, joka perustuu NRC-MyRMA:ssa vastaanotettujen M. tuberculosis MDR -kantojen biologiseen kokoelmaan. Tutkimus koskee kaikkia Ranskassa havaittuja monilääkeresistenssin M. tuberculosis -kantoja ja näytteitä. Kaikki nämä kannat lähetetään NRC-MyRMA:lle (National Reference Center for Mycobacteria and Resistenss tuberkuloosilääkkeille) lääkeherkkyystestiä (DST) varten ensimmäisen ja toisen linjan tuberkuloosilääkkeille kansallisten ohjeiden mukaisesti.

Tällä hetkellä antibioottiresistenssin genotyyppi- ja fenotyyppidiagnoosi suoritetaan vastaanotettaessa M. tuberculosis MDR -kanta CNR-MyRMA:ssa, vastaavasti PCR-sekvenssitekniikoilla ja kaupallisilla pakkauksilla ja fenotyyppisellä antibiogrammilla referenssimenetelmällä, jota kutsutaan suhteiksi. Näytteen tapauksessa vain genotyyppidiagnoosi on välittömästi toteutettavissa, fenotyyppidiagnoosin toteuttaminen voidaan suorittaa vain kannasta, joten tutkijoiden on odotettava positiivisen viljelmän saamista.

Tämän nykyisen strategian lisäksi toteutetaan kaksi innovatiivista strategiaa, jotka perustuvat kantojen täydellisen genomin sekvensointiin (WGS ja Deeplex-MycTB). Nämä analyysit eivät vaadi ylimääräisiä potilasnäytteitä.

Eri testien herkkyydet ja spesifisyydet sekä ROC-käyrän alla oleva pinta-ala kunkin vastuksen osalta lasketaan ja niiden luottamusväli arvioidaan bootstrapin avulla. Herkkyyksien, spesifisyyksien ja käyrän alla olevien alueiden vertailu eri tekniikoiden välillä suoritetaan Gaussin testillä, joka perustuu bootstrapiin. Eri testien välinen sopivuus mitataan laskemalla Cohen-kappa. Bootstrap arvioi Kappa-luottamusvälin. Kunkin genotyyppimenetelmän ja fenotyyppisen menetelmän välistä kappaa verrataan Gaussin testillä, joka perustuu bootstrapiin.

Tulosten raportointiaikojen vertailu tehdään rivien symmetrian ja mediaaniarvon vertailutestillä (Mann Whithney Wilcoxonin testi.

Yleisesti ottaen kvantitatiiviset muuttujat kuvataan klassisilla sijaintimittauksilla (keskiarvo, mediaani, 1. ja 3. kvartiili, minimi ja maksimi) ja hajontamittauksilla (keskihajonta). Laadulliset muuttujat kuvataan absoluuttisina arvoina ja prosentteina.

Tilastollisen merkitsevyyden aste:

Testien merkitsevyystasoksi asetetaan alfa 0,05.

Ohjelmisto:

Kaikki analyysit tehdään URC:ssä SAS-ohjelmistolla tai R-ohjelmistolla niiden uusimmassa versiossa, joka on saatavilla niiden suoritushetkellä.