Nuove tecniche genomiche e gestione della tubercolosi multiresistente (GENO-MDR)

Studio monocentrico non interventistico sulla valutazione dell'affidabilità e della validità di un test diagnostico basato su una raccolta biologica di ceppi MDR di M. tuberculosis pervenuti al NRC-MyRMA. Lo studio si applicherà a tutti i ceppi e campioni di M. tuberculosis multiresistente individuati in Francia. Questi ceppi vengono tutti inviati al NRC-MyRMA (Centro Nazionale di Riferimento per i Micobatteri e la resistenza ai farmaci antitubercolari) per il Test di Suscettibilità ai Farmaci (DST) ai farmaci antitubercolari di prima e seconda linea secondo le linee guida nazionali.

Attualmente, al ricevimento di un ceppo di M. tuberculosis MDR presso CNR-MyRMA, viene effettuata una diagnosi genotipica e fenotipica di resistenza agli antibiotici, rispettivamente mediante tecniche di PCR-sequence e kit commerciali e mediante antibiogramma fenotipico mediante il metodo di riferimento denominato proporzioni. Nel caso di un campione, solo la diagnosi genotipica è immediatamente fattibile, la realizzazione della diagnosi fenotipica può essere effettuata solo da un ceppo, quindi gli investigatori devono attendere l'ottenimento di una coltura positiva.

Oltre a questa strategia attuale, verranno implementate due strategie innovative basate sul sequenziamento del genoma completo dei ceppi (WGS e Deeplex-MycTB). Queste analisi non richiederanno ulteriori campioni del paziente.

Saranno calcolate le sensibilità e le specificità e l'area sotto la curva ROC dei diversi test, rispetto a ciascuna resistenza, e il loro intervallo di confidenza sarà stimato mediante bootstrap. Il confronto delle sensibilità, delle specificità e delle aree sotto la curva tra le diverse tecniche sarà effettuato mediante un test gaussiano basato su un bootstrap. L'accordo tra i diversi test sarà misurato calcolando un kappa di Cohen. Un intervallo di confidenza Kappa sarà stimato mediante bootstrap. Il Kappa tra ciascun metodo genotipico e il metodo fenotipico sarà confrontato mediante un test gaussiano basato su un bootstrap.

Il confronto dei tempi di refertazione dei risultati sarà effettuato mediante un test di confronto della simmetria delle file rispetto al valore mediano (test di Mann Whitney Wilcoxon.

In generale le variabili quantitative saranno descritte dalle classiche misure di posizione (media, mediana, 1° e 3° quartile, minimo e massimo) e di dispersione (deviazione standard). Le variabili qualitative saranno descritte in termini di valore assoluto e percentuale.

Grado di significatività statistica:

Il livello di significatività per i test sarà fissato per un alfa di 0,05.

Software:

Tutte le analisi saranno effettuate presso l'URC su software SAS o software R nella loro ultima versione disponibile al momento dell'esecuzione.