Neue genomische Techniken und Management von multiresistenter Tuberkulose (GENO-MDR)
Auswirkungen neuer genomischer Werkzeuge auf die Behandlung von Patienten mit multiresistenter Tuberkulose
Studienübersicht
Status
Bedingungen
Detaillierte Beschreibung
Nicht-interventionelle monozentrische Studie zur Bewertung der Zuverlässigkeit und Validität eines diagnostischen Tests basierend auf einer biologischen Sammlung von M. tuberculosis-MDR-Stämmen, die beim NRC-MyRMA eingegangen sind. Die Studie gilt für alle Stämme und Proben von multiresistentem M. tuberculosis, die in Frankreich nachgewiesen wurden. Diese Stämme werden alle an das NRC-MyRMA (Nationales Referenzzentrum für Mykobakterien und Resistenz gegen Tuberkulose-Medikamente) für Arzneimittelempfindlichkeitstests (DST) für Anti-Tuberkulose-Medikamente der ersten und zweiten Wahl gemäß den nationalen Richtlinien gesendet.
Gegenwärtig wird eine genotypische und phänotypische Diagnose der Antibiotikaresistenz nach Erhalt eines Stamms von M. tuberculosis MDR bei CNR-MyRMA durchgeführt, jeweils durch PCR-Sequenztechniken und kommerzielle Kits und durch ein phänotypisches Antibiogramm durch die als Proportionen bezeichnete Referenzmethode. Im Fall einer Probe ist nur die genotypische Diagnose sofort möglich, die Durchführung der phänotypischen Diagnose kann nur von einem Stamm durchgeführt werden, so dass die Untersucher warten müssen, bis eine positive Kultur erhalten wird.
Zusätzlich zu dieser aktuellen Strategie werden zwei innovative Strategien implementiert, die auf der Sequenzierung des vollständigen Genoms der Stämme (WGS und Deeplex-MycTB) basieren. Diese Analysen erfordern keine zusätzlichen Patientenproben.
Die Sensitivitäten und Spezifitäten und die Fläche unter der ROC-Kurve der verschiedenen Tests werden in Bezug auf jede Resistenz berechnet und ihr Konfidenzintervall wird durch Bootstrap geschätzt. Der Vergleich der Sensitivitäten, Spezifitäten und Flächen unter der Kurve zwischen den verschiedenen Techniken wird durch einen Gauß-Test auf der Grundlage eines Bootstrap durchgeführt. Die Übereinstimmung zwischen den verschiedenen Tests wird durch Berechnung eines Cohen-Kappa gemessen. Ein Kappa-Konfidenzintervall wird durch Bootstrap geschätzt. Das Kappa zwischen jeder genotypischen Methode und der phänotypischen Methode wird durch einen Gaußschen Test basierend auf einem Bootstrap verglichen.
Der Vergleich der Ergebnismeldezeiten erfolgt durch einen Vergleichstest der Symmetrie der Zeilen zum Medianwert (Mann-Whithney-Wilcoxon-Test).
Im Allgemeinen werden die quantitativen Variablen durch die klassischen Positionsmaße (Mittelwert, Median, 1. und 3. Quartil, Minimum und Maximum) und Streuungsmaße (Standardabweichung) beschrieben. Qualitative Variablen werden als absoluter Wert und Prozentsatz beschrieben.
Grad der statistischen Signifikanz:
Das Signifikanzniveau für die Tests wird auf ein Alpha von 0,05 festgelegt.
Software:
Alle Analysen werden am URC auf SAS-Software oder R-Software in der zum Zeitpunkt ihrer Durchführung aktuellsten Version durchgeführt.
Studientyp
Einschreibung (Voraussichtlich)
Kontakte und Standorte
Studienkontakt
- Name: Alexandra AUBRY, Pr
- Telefonnummer: 01 42 16 20 70
- E-Mail: alexandra.aubry@aphp.fr
Studienorte
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Paris, Frankreich, 75013
- Rekrutierung
- Pitié Salpétrière Hospital
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Kontakt:
- Alexandra AUBRY, Pr
- Telefonnummer: 01 42 16 20 70
- E-Mail: alexandra.aubry@aphp.fr
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Kontakt:
- Wladimir SOUGAKOFF, Dr
- Telefonnummer: 01 42 16 20 70
- E-Mail: wladimir.sougakoff@sorbonne-universite.fr
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Teilnahmekriterien
Zulassungskriterien
Studienberechtigtes Alter
Akzeptiert gesunde Freiwillige
Studienberechtigte Geschlechter
Probenahmeverfahren
Studienpopulation
Beschreibung
Einschlusskriterien:
- Alter ≥ 18 Jahre;
- Patient mit bakteriologisch nachgewiesener Tuberkulose aufgrund eines multiresistenten Stamms (z. resistent gegen Rifampin und Isoniazid)
- Der Patient wurde über die Studie informiert und lehnte die Teilnahme an der Studie nicht ab
Ausschlusskriterien:
- Patient mit Nicht-MDR-Tuberkulose;
- Unmöglichkeit der Durchführung eines phänotypischen Antibiogramms (fehlende Bakterienkultur, kontaminierte Kultur)
Studienplan
Wie ist die Studie aufgebaut?
Designdetails
Kohorten und Interventionen
Gruppe / Kohorte |
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Kohorte
Patienten, bei denen MDR-TB diagnostiziert wurde
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Was misst die Studie?
Primäre Ergebnismessungen
Ergebnis Maßnahme |
Maßnahmenbeschreibung |
Zeitfenster |
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Sensitivität für den Nachweis einer Bedaquilin-Resistenz
Zeitfenster: Am Ende Einschreibung
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Die Sensitivität von WGS-basierten Strategien wird mit der phänotypischen Strategie zum Nachweis der Bedaquilin-Resistenz verglichen
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Am Ende Einschreibung
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Sekundäre Ergebnismessungen
Ergebnis Maßnahme |
Maßnahmenbeschreibung |
Zeitfenster |
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Leistungen (Fristen für den Erhalt von Ergebnissen, Sensitivität, Spezifität) zur Identifizierung der Arten innerhalb des Tuberkulosekomplexes und zur Diagnose von Resistenzen gegen Antituberkulose-Medikamente
Zeitfenster: Am Ende Einschreibung
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Vergleich der Leistungen (Fristen zum Erhalt von Ergebnissen, Sensitivität, Spezifität) von WGS- und Deeplex-MycTB-Strategien im Vergleich zu den Leistungen der phänotypischen Referenzmethode, um die Spezies innerhalb des Tuberkulose-Komplexes zu identifizieren und Resistenzen gegen Tuberkulose-Medikamente zu diagnostizieren Bakterienkulturen und direkt aus positiven Proben bei mikroskopischer Untersuchung
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Am Ende Einschreibung
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Anzahl der Anti-Tuberkulose-Tage
Zeitfenster: Am Ende Einschreibung
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Vergleich der Anzahl der Anti-Tuberkulose-Tage, die zu viel oder irrtümlich verschrieben worden wären, zwischen dem Datum, an dem die Ergebnisse der genotypischen Arzneimittelempfindlichkeitstests verfügbar sind, und dem Erhalt der Probe oder des Stamms für jede der Strategien, und dem Datum, an dem die Endgültige Ergebnisse zur Arzneimittelempfindlichkeit sind verfügbar (d. h.
diejenigen, die mit der phänotypischen Methode erhalten wurden, die die Referenzmethode ist)
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Am Ende Einschreibung
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Leistungen (Sensitivität, Spezifität) der WGS-Strategie durch Verwendung verschiedener Pipelines
Zeitfenster: Am Ende Einschreibung
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Die Sensitivität und Spezifität der WGS-Ergebnisse, die mit verschiedenen Pipelines ((BioNumerics, TB-Profiler, PhyResSe) sowie der CNR-MyrMA-eigenen Pipeline) analysiert wurden, werden mit dem Ergebnis der Arzneimittelempfindlichkeitsprüfung der phänotypischen Methode verglichen, die die Referenz darstellt Methode
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Am Ende Einschreibung
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Anzahl der Laborverfahren
Zeitfenster: Am Ende Einschreibung
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Anzahl der für WGS- und Deeplex-MycTB-Strategien durchgeführten Laborverfahren im Vergleich zur Anzahl der Verfahren, die für die aktuelle genotypische Strategie durchgeführt wurden, die bei CNR-MyrMA verwendet wird
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Am Ende Einschreibung
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Kosten für persönliche Zeit und Laborverfahren
Zeitfenster: Am Ende Einschreibung
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Kosten für persönliche Zeit (medizinisch und nicht-medizinisch) und Laborverfahren, die für WGS- und Deeplex-MycTB-Strategien erforderlich sind, im Vergleich zu Kosten für persönliche Zeit und Laborverfahren, die für die bei CNR-MyrMA verwendeten genotypischen Methoden erforderlich sind
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Am Ende Einschreibung
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Mitarbeiter und Ermittler
Ermittler
- Hauptermittler: Alexandra AUBRY, Pr, Pitié Salpêtrière Hospital AP-HP
Studienaufzeichnungsdaten
Haupttermine studieren
Studienbeginn (TATSÄCHLICH)
Primärer Abschluss (ERWARTET)
Studienabschluss (ERWARTET)
Studienanmeldedaten
Zuerst eingereicht
Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat
Zuerst gepostet (TATSÄCHLICH)
Studienaufzeichnungsaktualisierungen
Letztes Update gepostet (TATSÄCHLICH)
Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt
Zuletzt verifiziert
Mehr Informationen
Begriffe im Zusammenhang mit dieser Studie
Schlüsselwörter
Zusätzliche relevante MeSH-Bedingungen
Andere Studien-ID-Nummern
- APHP190613
Arzneimittel- und Geräteinformationen, Studienunterlagen
Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Arzneimittelprodukt
Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Geräteprodukt
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