Nye genomiske teknikker og behandling av multiresistent tuberkulose (GENO-MDR)

Ikke-intervensjonell monosentrisk studie om evaluering av påliteligheten og validiteten til en diagnostisk test basert på en biologisk samling av M. tuberculosis MDR-stammer mottatt ved NRC-MyRMA. Studien vil gjelde alle stammer og prøver av multiresistent M. tuberculosis påvist i Frankrike. Disse stammene sendes alle til NRC-MyRMA (Nasjonalt referansesenter for mykobakterier og resistens mot anti-tuberkulosemedisiner) for Drug Susceptibility-testing (DST) til første og andre linje anti-tuberkulosemedisiner i samsvar med de nasjonale retningslinjene.

For tiden utføres en genotypisk og fenotypisk diagnose av antibiotikaresistens ved mottak av en stamme av M. tuberculosis MDR ved CNR-MyRMA, henholdsvis ved PCR-sekvensteknikker og kommersielle sett og ved fenotypisk antibiogram ved referansemetoden kalt proporsjoner. Når det gjelder en prøve, er bare den genotypiske diagnosen umiddelbart mulig, realiseringen av den fenotypiske diagnosen kan bare utføres fra en stamme, så etterforskerne må vente på at en positiv kultur skal oppnås.

I tillegg til denne nåværende strategien vil to innovative strategier basert på sekvensering av hele genomet til stammene (WGS og Deeplex-MycTB) implementeres. Disse analysene vil ikke kreve en ekstra pasients prøver.

Sensitivitetene og spesifisitetene og arealet under ROC-kurven til de forskjellige testene, med hensyn til hver motstand, vil bli beregnet og deres konfidensintervall vil bli estimert ved hjelp av bootstrap. Sammenligningen av sensitiviteter, spesifisiteter og arealer under kurven mellom de forskjellige teknikkene vil bli utført ved en Gaussisk test basert på en støvel. Overensstemmelsen mellom de forskjellige testene vil bli målt ved å beregne en Cohen kappa. Et Kappa-konfidensintervall vil bli estimert med bootstrap. Kappaen mellom hver genotypisk metode og den fenotypiske metoden vil bli sammenlignet med en Gaussisk test basert på en bootstrap.

Sammenligningen av resultatene rapporteringstidene vil bli gjort ved en sammenligningstest av symmetrien til radene med hensyn til medianverdien (Mann Whithney Wilcoxon test.

Generelt vil de kvantitative variablene beskrives ved de klassiske posisjonsmålingene (gjennomsnitt, median, 1. og 3. kvartil, minimum og maksimum) og spredningsmål (standardavvik). Kvalitative variabler vil bli beskrevet i form av absolutt verdi og prosent.

Grad av statistisk signifikans:

Signifikansnivået for testene vil bli satt til en alfa på 0,05.

Programvare:

Alle analyser vil bli gjort ved URC på SAS-programvare eller R-programvare i sin nyeste versjon tilgjengelig på tidspunktet de utføres.