Nieuwe genomische technieken en beheer van multiresistente tuberculose (GENO-MDR)

Niet-interventionele monocentrische studie naar de evaluatie van de betrouwbaarheid en validiteit van een diagnostische test op basis van een biologische verzameling van M. tuberculosis MDR-stammen ontvangen bij het NRC-MyRMA. De studie zal van toepassing zijn op alle stammen en monsters van multiresistente M. tuberculosis die in Frankrijk zijn gedetecteerd. Deze stammen worden allemaal verzonden naar NRC-MyRMA (Nationaal Referentiecentrum voor Mycobacteriën en resistentie tegen tuberculosemedicijnen) voor Drug Susceptibility Tests (DST) op eerste- en tweedelijns antituberculosemedicijnen in overeenstemming met de nationale richtlijnen.

Momenteel wordt een genotypische en fenotypische diagnose van antibioticaresistentie uitgevoerd na ontvangst van een stam van M. tuberculosis MDR bij CNR-MyRMA, respectievelijk door PCR-sequentietechnieken en commerciële kits en door fenotypisch antibiogram door de referentiemethode genaamd proporties. In het geval van een monster is alleen de genotypische diagnose onmiddellijk mogelijk, de realisatie van de fenotypische diagnose kan alleen worden uitgevoerd vanaf een stam, dus de onderzoekers moeten wachten op het verkrijgen van een positieve kweek.

Naast deze huidige strategie zullen twee innovatieve strategieën worden geïmplementeerd, gebaseerd op de sequentiebepaling van het volledige genoom van de stammen (WGS en Deeplex-MycTB). Voor deze analyses zijn geen extra patiëntmonsters nodig.

De gevoeligheden en specificiteiten en het gebied onder de ROC-curve van de verschillende tests, met betrekking tot elke weerstand, zullen worden berekend en hun betrouwbaarheidsinterval zal worden geschat door bootstrap. De vergelijking van de gevoeligheden, specificiteiten en gebieden onder de curve tussen de verschillende technieken zal worden uitgevoerd door middel van een Gaussiaanse test op basis van een bootstrap. De overeenkomst tussen de verschillende tests wordt gemeten door een Cohen kappa te berekenen. Een Kappa-betrouwbaarheidsinterval wordt geschat door bootstrap. De Kappa tussen elke genotypische methode en de fenotypische methode zal worden vergeleken door een Gaussiaanse test op basis van een bootstrap.

De vergelijking van de rapportagetijden van de resultaten zal worden gedaan door een vergelijkingstest van de symmetrie van de rijen ten opzichte van de mediaanwaarde (Mann Whithney Wilcoxon-test.

Over het algemeen zullen de kwantitatieve variabelen worden beschreven door de klassieke positiemetingen (gemiddelde, mediaan, 1e en 3e kwartiel, minimum en maximum) en spreidingsmetingen (standaarddeviatie). Kwalitatieve variabelen worden beschreven in termen van absolute waarde en percentage.

Mate van statistische significantie:

Het significantieniveau voor de toetsen wordt gesteld op een alfa van 0,05.

Software:

Alle analyses worden uitgevoerd bij de URC op SAS-software of R-software in de nieuwste versie die beschikbaar is op het moment dat ze worden uitgevoerd.