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新的基因组技术和耐多药结核病的管理 (GENO-MDR)

2022年3月28日更新者：Assistance Publique - Hôpitaux de Paris

新基因组工具对耐多药结核病患者管理的影响

在出现耐多药结核病 (MDR-TB) 病例的背景下，改善患者的管理至关重要。因此，评估能够诊断这些病例的创新策略的位置（例如 WGS 和 Deeplex-MycTB）在耐多药结核病患者的个性化护理和医学生物学程序合理化方面是一个主要问题。该项目参与了这些目标，因为研究人员将：(i) 评估诊断质量和不同创新策略的性能，以检测抗结核药物的耐药性，(ii) 评估这些策略在实施个性化治疗中的影响耐多药结核病患者的治疗，以及 (iii) 评估这些策略的总体成本。

研究概览

地位

招聘中

条件

耐多药结核病

详细说明

基于 NRC-MyRMA 收到的结核分枝杆菌 MDR 菌株的生物收集，评估诊断测试的可靠性和有效性的非干预性单中心研究。该研究将适用于在法国检测到的所有耐多药结核分枝杆菌菌株和样本。这些菌株全部送往NRC-MyRMA（国家分枝杆菌和抗结核药物耐药参考中心）按照国家指南对一线和二线抗结核药物进行药敏试验（DST）。

目前，在 CNR-MyRMA 收到 M. tuberculosis MDR 菌株后，分别通过 PCR 序列技术和商业试剂盒以及通过称为比例的参考方法通过表型抗菌谱进行抗生素耐药性的基因型和表型诊断。在样本的情况下，只有基因型诊断是立即可行的，表型诊断的实现只能从菌株中进行，因此研究人员必须等待获得阳性培养物。

除了当前的策略之外，还将实施基于菌株完整基因组测序的两项创新策略（WGS 和 Deeplex-MycTB）。这些分析不需要额外的患者样本。

将计算关于每个阻力的不同测试的灵敏度和特异性以及 ROC 曲线下的面积，并通过 bootstrap 估计它们的置信区间。不同技术之间的敏感性、特异性和曲线下面积的比较将通过基于引导程序的高斯检验来进行。不同测试之间的一致性将通过计算 Cohen kappa 来衡量。 Kappa 置信区间将由 bootstrap 估计。每个基因型方法和表型方法之间的 Kappa 将通过基于 bootstrap 的高斯检验进行比较。

结果报告时间的比较将通过行对称性相对于中值的比较测试来完成（Mann Whithney Wilcoxon 测试。

通常，定量变量将通过经典位置测量（平均值、中位数、第一和第三四分位数、最小值和最大值）和分散测量（标准差）来描述。定性变量将以绝对值和百分比来描述。

统计显着性程度：

检验的显着性水平将设置为 alpha 0.05。

软件：

所有分析都将在 URC 上使用执行时可用的最新版本的 SAS 软件或 R 软件进行。

研究类型

观察性的

注册 (预期的)

172

联系人和位置

本节提供了进行研究的人员的详细联系信息，以及有关进行该研究的地点的信息。

学习联系方式

姓名：Alexandra AUBRY, Pr
电话号码：01 42 16 20 70
邮箱：alexandra.aubry@aphp.fr

学习地点

法国
- - Paris、法国、75013
    - 招聘中
    - Pitié Salpetrière Hospital
    - 接触：
      
      Alexandra AUBRY, Pr
      
      电话号码：01 42 16 20 70
      
      邮箱：alexandra.aubry@aphp.fr
    - 接触：
      
      Wladimir SOUGAKOFF, Dr
      
      电话号码：01 42 16 20 70
      
      邮箱：wladimir.sougakoff@sorbonne-universite.fr

参与标准

研究人员寻找符合特定描述的人，称为资格标准。这些标准的一些例子是一个人的一般健康状况或先前的治疗。

资格标准

适合学习的年龄

18年及以上 (成人、OLDER_ADULT)

接受健康志愿者

不

有资格学习的性别

全部

取样方法

非概率样本

研究人群

在项目框架时间内在法国诊断出患有耐多药结核病的所有患者

描述

纳入标准：

年龄≥18岁；
由于多药耐药菌株（即对利福平和异烟肼耐药）
患者知晓该研究且不反对参与研究

排除标准：

非耐多药结核病患者；
不可能进行表型抗菌谱（没有细菌培养物，污染的培养物）

学习计划

本节提供研究计划的详细信息，包括研究的设计方式和研究的衡量标准。

研究是如何设计的？

设计细节

团体/队列数

队列和干预

团体/队列
队列诊断为耐多药结核病的患者

研究衡量的是什么？

主要结果指标

结果测量	措施说明	大体时间
检测贝达喹啉耐药性的灵敏度大体时间：最后报名	基于 WGS 的策略的敏感性将与检测贝达喹啉耐药性的表型策略进行比较	最后报名

次要结果测量

结果测量	措施说明	大体时间
性能（获得结果的最后期限、敏感性、特异性）以鉴定结核复合体中的物种，并诊断抗结核药物的耐药性大体时间：最后报名	比较 WGS 和 Deeplex-MycTB 策略的性能（获得结果的截止日期、灵敏度、特异性）与表型参考方法的性能，以鉴定结核病复合体中的物种，并诊断来自抗结核药物的耐药性细菌培养物和直接来自显微镜检查的阳性样品	最后报名
抗结核天数大体时间：最后报名	基因型药物敏感性测试结果可用日期和每个策略的样本或菌株接收日期之间的抗结核天数的比较最终药物敏感性结果可用（即以表型法为参考方法获得的那些）	最后报名
使用不同管道的 WGS 策略的性能（灵敏度、特异性）大体时间：最后报名	将不同流程（（BioNumerics、TB-Profiler、PhyResSe）以及CNR-MyrMA自有流程）分析的WGS结果的敏感性和特异性与表型方法的药敏试验结果进行比较，作为参考方法	最后报名
化验程序数大体时间：最后报名	与 CNR-MyrMA 使用的当前基因型策略执行的程序数相比，为 WGS 和 Deeplex-MycTB 策略执行的实验室程序数	最后报名
个人时间和实验室程序的成本大体时间：最后报名	WGS 和 Deeplex-MycTB 策略所需的个人时间（医疗和非医疗）和实验室程序成本与 CNR-MyrMA 使用的基因型方法所需的个人时间和实验室程序成本相比	最后报名

合作者和调查者

在这里您可以找到参与这项研究的人员和组织。

赞助

Assistance Publique - Hôpitaux de Paris

调查人员

首席研究员：Alexandra AUBRY, Pr、Pitié Salpêtrière Hospital AP-HP

研究记录日期

这些日期跟踪向 ClinicalTrials.gov 提交研究记录和摘要结果的进度。研究记录和报告的结果由国家医学图书馆 (NLM) 审查，以确保它们在发布到公共网站之前符合特定的质量控制标准。

研究主要日期

学习开始 (实际的)

2020年8月29日

初级完成 (预期的)

2022年9月1日

研究完成 (预期的)

2022年12月1日

研究注册日期

首次提交

2020年5月12日

首先提交符合 QC 标准的

2020年5月19日

首次发布 (实际的)

2020年5月21日

研究记录更新

最后更新发布 (实际的)

2022年3月29日

上次提交的符合 QC 标准的更新

2022年3月28日

最后验证

2022年3月1日