Nowe techniki genomowe i zarządzanie wielolekooporną gruźlicą (GENO-MDR)

Nieinterwencyjne badanie monocentryczne dotyczące oceny wiarygodności i trafności testu diagnostycznego opartego na kolekcji biologicznej szczepów M. tuberculosis MDR otrzymanej w NRC-MyRMA. Badanie będzie dotyczyć wszystkich szczepów i próbek wielolekoopornego M. tuberculosis wykrytych we Francji. Wszystkie te szczepy są wysyłane do NRC-MyRMA (Krajowe Centrum Referencyjne ds. Mykobakterii i oporności na leki przeciwgruźlicze) w celu przeprowadzenia testów wrażliwości na leki (DST) na leki przeciwgruźlicze pierwszego i drugiego rzutu, zgodnie z krajowymi wytycznymi.

Obecnie diagnostyka genotypowa i fenotypowa oporności na antybiotyki jest przeprowadzana po otrzymaniu szczepu M. tuberculosis MDR w CNR-MyRMA, odpowiednio za pomocą technik sekwencji PCR i komercyjnych zestawów oraz fenotypowego antybiogramu metodą odniesienia zwaną proporcjami. W przypadku próbki od razu możliwa jest tylko diagnoza genotypowa, diagnoza fenotypowa może być przeprowadzona tylko ze szczepu, więc badacze muszą czekać na uzyskanie pozytywnej hodowli.

Oprócz tej obecnej strategii zostaną wdrożone dwie innowacyjne strategie oparte na sekwencjonowaniu pełnego genomu szczepów (WGS i Deepplex-MycTB). Analizy te nie będą wymagały dodatkowych próbek pacjenta.

Czułości i specyficzności oraz pole pod krzywą ROC różnych testów, w odniesieniu do każdego oporu, zostaną obliczone, a ich przedział ufności zostanie oszacowany metodą bootstrap. Porównanie czułości, specyficzności i obszarów pod krzywą między różnymi technikami zostanie przeprowadzone za pomocą testu Gaussa opartego na metodzie bootstrap. Zgodność między różnymi testami będzie mierzona przez obliczenie kappa Cohena. Przedział ufności Kappa zostanie oszacowany metodą bootstrap. Kappa między każdą metodą genotypową a metodą fenotypową zostanie porównane za pomocą testu Gaussa opartego na metodzie ładowania początkowego.

Porównanie czasów podania wyników zostanie przeprowadzone za pomocą testu porównawczego symetrii rzędów względem wartości mediany (test Manna Whithneya Wilcoxona.

Generalnie zmienne ilościowe będą opisywane klasycznymi miarami pozycji (średnia, mediana, 1. i 3. kwartyl, minimum i maksimum) oraz miarami dyspersji (odchylenie standardowe). Zmienne jakościowe zostaną opisane w wartościach bezwzględnych i procentowych.

Stopień istotności statystycznej:

Poziom istotności dla testów zostanie ustalony na alfa 0,05.

Oprogramowanie:

Wszystkie analizy będą wykonywane w URC na oprogramowaniu SAS lub oprogramowaniu R w ich najnowszej wersji dostępnej w momencie ich wykonywania.