Novas técnicas genômicas e manejo da tuberculose multirresistente (GENO-MDR)

Estudo monocêntrico não intervencional sobre a avaliação da confiabilidade e validade de um teste diagnóstico baseado em uma coleção biológica de cepas MDR de M. tuberculosis recebidas no NRC-MyRMA. O estudo se aplicará a todas as cepas e amostras de M. tuberculosis multirresistente detectadas na França. Essas cepas são todas enviadas ao NRC-MyRMA (Centro Nacional de Referência para Micobactérias e Resistência a Medicamentos Antituberculose) para Teste de Suscetibilidade a Medicamentos (DST) para medicamentos antituberculose de primeira e segunda linha, de acordo com as diretrizes nacionais.

Atualmente, o diagnóstico genotípico e fenotípico de resistência a antibióticos é realizado mediante o recebimento de uma cepa de M. tuberculosis MDR no CNR-MyRMA, respectivamente por técnicas de PCR-sequência e kits comerciais e por antibiograma fenotípico pelo método de referência denominado proporções. No caso de uma amostra, apenas o diagnóstico genotípico é imediatamente viável, a realização do diagnóstico fenotípico só pode ser realizada a partir de uma estirpe, pelo que os investigadores devem aguardar a obtenção de uma cultura positiva.

Além desta estratégia atual, serão implementadas duas estratégias inovadoras baseadas no sequenciamento do genoma completo das cepas (WGS e Deeplex-MycTB). Essas análises não exigirão amostras adicionais do paciente.

As sensibilidades e especificidades e a área sob a curva ROC dos diferentes testes, em relação a cada resistência, serão calculadas e seus intervalos de confiança serão estimados por bootstrap. A comparação das sensibilidades, especificidades e áreas sob a curva entre as diferentes técnicas será realizada por um teste gaussiano baseado em bootstrap. A concordância entre os diferentes testes será medida pelo cálculo de um Cohen kappa. Um intervalo de confiança Kappa será estimado por bootstrap. O Kappa entre cada método genotípico e o método fenotípico será comparado por um teste Gaussiano baseado em bootstrap.

A comparação dos tempos de reporte dos resultados será feita por um teste de comparação da simetria das linhas em relação ao valor da mediana (teste de Mann Whitney Wilcoxon.

Em geral, as variáveis ​​quantitativas serão descritas pelas medidas clássicas de posição (média, mediana, 1º e 3º quartil, mínimo e máximo) e medidas de dispersão (desvio padrão). As variáveis ​​qualitativas serão descritas em termos de valor absoluto e percentual.

Grau de significância estatística:

O nível de significância para os testes será estabelecido para um alfa de 0,05.

Programas:

Todas as análises serão feitas no URC no software SAS ou software R em sua última versão disponível no momento em que forem realizadas.