Nuevas Técnicas Genómicas y Manejo de la Tuberculosis Multirresistente (GENO-MDR)

Estudio monocéntrico no intervencionista sobre la evaluación de la fiabilidad y validez de una prueba diagnóstica basada en una colección biológica de cepas MDR de M. tuberculosis recibidas en el NRC-MyRMA. El estudio se aplicará a todas las cepas y muestras de M. tuberculosis multirresistente detectadas en Francia. Todas estas cepas se envían a NRC-MyRMA (Centro Nacional de Referencia para Micobacterias y resistencia a medicamentos antituberculosos) para pruebas de susceptibilidad a medicamentos (DST) a medicamentos antituberculosos de primera y segunda línea de acuerdo con las pautas nacionales.

Actualmente, el diagnóstico genotípico y fenotípico de resistencia antibiótica se realiza al recibir una cepa de M. tuberculosis MDR en el CNR-MyRMA, respectivamente por técnicas de PCR-secuencia y kits comerciales y por antibiograma fenotípico por el método de referencia denominado proporciones. En el caso de una muestra, solo el diagnóstico genotípico es inmediatamente factible, la realización del diagnóstico fenotípico solo puede realizarse a partir de una cepa, por lo que los investigadores deben esperar a que se obtenga un cultivo positivo.

Además de esta estrategia actual, se implementarán dos estrategias innovadoras basadas en la secuenciación del genoma completo de las cepas (WGS y Deeplex-MycTB). Estos análisis no requerirán muestras de un paciente adicional.

Se calcularán las sensibilidades y especificidades y el área bajo la curva ROC de los diferentes ensayos, con respecto a cada resistencia, y se estimará su intervalo de confianza por bootstrap. La comparación de las sensibilidades, especificidades y áreas bajo la curva entre las distintas técnicas se realizará mediante un test gaussiano basado en bootstrap. La concordancia entre las diferentes pruebas se medirá calculando un kappa de Cohen. Se estimará un intervalo de confianza Kappa mediante bootstrap. El Kappa entre cada método genotípico y el método fenotípico se comparará mediante una prueba de Gauss basada en un bootstrap.

La comparación de los tiempos de reporte de resultados se hará mediante una prueba de comparación de la simetría de las filas con respecto al valor de la mediana (prueba de Mann Whithney Wilcoxon.

En general, las variables cuantitativas estarán descritas por las clásicas medidas de posición (media, mediana, 1er y 3er cuartil, mínimo y máximo) y medidas de dispersión (desviación estándar). Las variables cualitativas se describirán en términos de valor absoluto y porcentaje.

Grado de significación estadística:

El nivel de significación de las pruebas se fijará en un alfa de 0,05.

Software:

Todos los análisis se realizarán en la URC sobre software SAS o software R en su última versión disponible en el momento de su realización.