Nya genomiska tekniker och hantering av multiresistent tuberkulos (GENO-MDR)

Icke-interventionell monocentrisk studie om utvärdering av tillförlitligheten och giltigheten av ett diagnostiskt test baserat på en biologisk samling av M. tuberculosis MDR-stammar som tagits emot vid NRC-MyRMA. Studien kommer att gälla alla stammar och prover av multiresistent M. tuberculosis som upptäckts i Frankrike. Dessa stammar skickas alla till NRC-MyRMA (Nationellt referenscenter för mykobakterier och resistens mot anti-tuberkulosläkemedel) för läkemedelskänslighetstestning (DST) till första och andra linjens anti-tuberkulosläkemedel i enlighet med de nationella riktlinjerna.

För närvarande utförs en genotypisk och fenotypisk diagnos av antibiotikaresistens vid mottagande av en stam av M. tuberculosis MDR vid CNR-MyRMA, respektive med PCR-sekvenstekniker och kommersiella kit och genom fenotypiskt antibiogram med referensmetoden som kallas proportioner. När det gäller ett prov är endast den genotypiska diagnosen omedelbart genomförbar, förverkligandet av den fenotypiska diagnosen kan endast utföras från en stam, så utredarna måste vänta på att en positiv odling ska erhållas.

Utöver denna nuvarande strategi kommer två innovativa strategier baserade på sekvensering av hela genomet av stammarna (WGS och Deeplex-MycTB) att implementeras. Dessa analyser kommer inte att kräva ytterligare patientprover.

Sensitiviteterna och specificiteterna och arean under ROC-kurvan för de olika testerna, med avseende på varje motstånd, kommer att beräknas och deras konfidensintervall kommer att uppskattas med bootstrap. Jämförelsen av känslighet, specificitet och områden under kurvan mellan de olika teknikerna kommer att utföras med ett Gaussiskt test baserat på en bootstrap. Överensstämmelsen mellan de olika testerna kommer att mätas genom att beräkna en Cohen kappa. Ett Kappa-konfidensintervall kommer att uppskattas av bootstrap. Kappa mellan varje genotypisk metod och den fenotypiska metoden kommer att jämföras med ett Gaussiskt test baserat på en bootstrap.

Jämförelsen av resultatrapporteringstiderna kommer att göras genom ett jämförelsetest av radernas symmetri med avseende på medianvärdet (Mann Whithney Wilcoxon-test.

I allmänhet kommer de kvantitativa variablerna att beskrivas av de klassiska positionsmätningarna (medelvärde, median, 1:a och 3:e kvartilen, minimum och maximum) och spridningsmått (standardavvikelse). Kvalitativa variabler kommer att beskrivas i termer av absolut värde och procent.

Grad av statistisk signifikans:

Signifikansnivån för testerna kommer att sättas till ett alfa på 0,05.

Programvara:

Alla analyser kommer att göras på URC på SAS-mjukvara eller R-mjukvara i den senaste versionen tillgänglig vid den tidpunkt då de utförs.