Nouvelles techniques génomiques et prise en charge de la tuberculose multirésistante (GENO-MDR)

Etude monocentrique non interventionnelle portant sur l'évaluation de la fiabilité et de la validité d'un test diagnostique basé sur une collection biologique de souches de M. tuberculosis MDR reçue au NRC-MyRMA. L'étude portera sur l'ensemble des souches et échantillons de M. tuberculosis multirésistant détectés en France. Ces souches sont toutes envoyées au NRC-MyRMA (Centre National de Référence des Mycobactéries et de la résistance aux antituberculeux) pour des tests de sensibilité aux médicaments (DST) aux antituberculeux de première et deuxième ligne conformément aux directives nationales.

Actuellement, un diagnostic génotypique et phénotypique de la résistance aux antibiotiques est réalisé dès réception d'une souche de M. tuberculosis MDR au CNR-MyRMA, respectivement par des techniques de PCR-séquence et des kits commerciaux et par antibiogramme phénotypique par la méthode de référence dite des proportions. Dans le cas d'un prélèvement, seul le diagnostic génotypique est immédiatement réalisable, la réalisation du diagnostic phénotypique ne pouvant se faire qu'à partir d'une souche, les investigateurs doivent donc attendre l'obtention d'une culture positive.

En plus de cette stratégie actuelle, deux stratégies innovantes basées sur le séquençage du génome complet des souches (WGS et Deeplex-MycTB) seront mises en œuvre. Ces analyses ne nécessiteront pas d'échantillons supplémentaires du patient.

Les sensibilités et spécificités et l'aire sous la courbe ROC des différents tests, vis-à-vis de chaque résistance, seront calculées et leur intervalle de confiance sera estimé par bootstrap. La comparaison des sensibilités, spécificités et aires sous la courbe entre les différentes techniques sera réalisée par un test gaussien basé sur un bootstrap. La concordance entre les différents tests sera mesurée par le calcul d'un kappa de Cohen. Un intervalle de confiance Kappa sera estimé par bootstrap. Le Kappa entre chaque méthode génotypique et la méthode phénotypique sera comparé par un test gaussien basé sur un bootstrap.

La comparaison des temps de report des résultats se fera par un test de comparaison de la symétrie des lignes par rapport à la valeur médiane (test de Mann Whithney Wilcoxon.

De manière générale, les variables quantitatives seront décrites par les mesures classiques de position (moyenne, médiane, 1er et 3ème quartile, minimum et maximum) et de dispersion (écart-type). Les variables qualitatives seront décrites en termes de valeur absolue et de pourcentage.

Degré de signification statistique :

Le niveau de signification des tests sera fixé pour un alpha de 0,05.

Logiciel:

Toutes les analyses seront faites à l'URC sur le logiciel SAS ou le logiciel R dans leur dernière version disponible au moment de leur réalisation.