Nové genomické techniky a léčba multirezistentní tuberkulózy (GENO-MDR)
Vliv nových genomických nástrojů na léčbu pacientů s multirezistentní tuberkulózou
Přehled studie
Postavení
Podmínky
Detailní popis
Neintervenční monocentrická studie o hodnocení spolehlivosti a validity diagnostického testu založeného na biologické sbírce MDR kmenů M. tuberculosis přijatých na NRC-MyRMA. Studie se bude vztahovat na všechny kmeny a vzorky multirezistentní M. tuberculosis zjištěné ve Francii. Všechny tyto kmeny jsou zasílány do NRC-MyRMA (Národní referenční centrum pro mykobakteria a rezistenci k antituberkulózním lékům) pro testování citlivosti na léky (DST) na léky první a druhé linie proti tuberkulóze v souladu s národními směrnicemi.
V současné době se provádí genotypová a fenotypová diagnostika antibiotické rezistence po příjmu kmene M. tuberculosis MDR na CNR-MyRMA, respektive pomocí PCR-sekvenčních technik a komerčních kitů a pomocí fenotypového antibiogramu referenční metodou nazývanou proporce. V případě vzorku je okamžitě proveditelná pouze genotypová diagnóza, realizaci fenotypové diagnózy lze provést pouze z kmene, takže vyšetřovatelé musí počkat na získání pozitivní kultury.
Kromě této současné strategie budou implementovány dvě inovativní strategie založené na sekvenování kompletního genomu kmenů (WGS a Deeplex-MycTB). Tyto analýzy nebudou vyžadovat další vzorky pacienta.
Vypočítají se citlivosti a specificity a plocha pod křivkou ROC různých testů s ohledem na každý odpor a jejich interval spolehlivosti se odhadne pomocí bootstrapu. Porovnání citlivostí, specifičnosti a ploch pod křivkou mezi různými technikami bude provedeno Gaussovým testem založeným na bootstrapu. Shoda mezi různými testy bude měřena výpočtem Cohen kappa. Kappa interval spolehlivosti bude odhadnut pomocí bootstrapu. Kappa mezi každou genotypovou metodou a fenotypovou metodou bude porovnána pomocí Gaussova testu založeného na bootstrapu.
Porovnání časů hlášení výsledků bude provedeno srovnávacím testem symetrie řádků s ohledem na střední hodnotu (Mann Whithney Wilcoxonův test.
Obecně budou kvantitativní proměnné popsány klasickými měřeními polohy (průměr, medián, 1. a 3. kvartil, minimum a maximum) a rozptylovými měřeními (směrodatná odchylka). Kvalitativní proměnné budou popsány z hlediska absolutní hodnoty a procenta.
Stupeň statistické významnosti:
Hladina významnosti pro testy bude nastavena na alfa 0,05.
Software:
Všechny analýzy budou provedeny v URC na softwaru SAS nebo softwaru R v nejnovější verzi dostupné v době jejich provádění.
Typ studie
Zápis (Očekávaný)
Kontakty a umístění
Studijní kontakt
- Jméno: Alexandra AUBRY, Pr
- Telefonní číslo: 01 42 16 20 70
- E-mail: alexandra.aubry@aphp.fr
Studijní místa
-
-
-
Paris, Francie, 75013
- Nábor
- Pitié Salpêtrière hospital
-
Kontakt:
- Alexandra AUBRY, Pr
- Telefonní číslo: 01 42 16 20 70
- E-mail: alexandra.aubry@aphp.fr
-
Kontakt:
- Wladimir SOUGAKOFF, Dr
- Telefonní číslo: 01 42 16 20 70
- E-mail: wladimir.sougakoff@sorbonne-universite.fr
-
-
Kritéria účasti
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
Přijímá zdravé dobrovolníky
Pohlaví způsobilá ke studiu
Metoda odběru vzorků
Studijní populace
Popis
Kritéria pro zařazení:
- věk ≥ 18 let;
- pacient s bakteriologicky prokázanou tuberkulózou v důsledku kmene multirezistence (tj. rezistentní na rifampin a isoniazid)
- pacient informován o studii a nebyl proti účasti ve výzkumu
Kritéria vyloučení:
- pacient s non MDR tuberkulózou;
- Nemožnost provedení fenotypového antibiogramu (absence bakteriální kultury, kontaminovaná kultura)
Studijní plán
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
Kohorty a intervence
Skupina / kohorta |
|---|
|
Kohorta
Pacienti s diagnózou MDR-TB
|
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Citlivost pro detekci bedaquilinové rezistence
Časové okno: Na závěr zápis
|
Citlivost strategií založených na WGS bude porovnána s fenotypovou strategií pro detekci rezistence na bedachilin
|
Na závěr zápis
|
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Výkony (termín pro získání výsledků, senzitivita, specificita) k identifikaci druhů v rámci tuberkulózního komplexu a k diagnostice rezistence na antituberkulotika
Časové okno: Na závěr zápis
|
Porovnání výkonů (termín pro získání výsledků, senzitivita, specificita) strategií WGS a Deeplex-MycTB v porovnání s výkony fenotypové referenční metody, k identifikaci druhů v rámci tuberkulózního komplexu a k diagnostice rezistence na antituberkulotika z bakteriálních kultur a přímo z pozitivních vzorků při mikroskopickém vyšetření
|
Na závěr zápis
|
|
Počet dní proti tuberkulóze
Časové okno: Na závěr zápis
|
Porovnání počtu dnů proti tuberkulóze, které by byly předepsány nadbytkem nebo omylem, mezi datem, kdy jsou k dispozici výsledky testování genotypové citlivosti na léky, a přijetím vzorku nebo kmene pro každou ze strategií, a datem, kdy jsou k dispozici konečné výsledky citlivosti na léky (tj.
ty získané fenotypovou metodou, která je referenční metodou)
|
Na závěr zápis
|
|
Výkony (citlivost, specifičnost) strategie WGS pomocí různých kanálů
Časové okno: Na závěr zápis
|
Senzitivita a specifičnost výsledků WGS analyzovaných s různým potrubím ((BioNumerics, TB-Profiler, PhyResSe) a také vlastním potrubím CNR-MyrMA) bude porovnána s výsledkem testování citlivosti na léčivo fenotypové metody, která je referenční metoda
|
Na závěr zápis
|
|
Počet laboratorních procedur
Časové okno: Na závěr zápis
|
Počet laboratorních postupů provedených pro strategie WGS a Deeplex-MycTB ve srovnání s počtem postupů provedených pro současnou genotypovou strategii používanou na CNR-MyrMA
|
Na závěr zápis
|
|
Náklady na osobní čas a laboratorní postupy
Časové okno: Na závěr zápis
|
Náklady na osobní čas (lékařský i nelékařský) a laboratorní postupy požadované pro strategie WGS a Deeplex-MycTB ve srovnání s náklady na osobní čas a laboratorní postupy požadované pro genotypové metody používané v CNR-MyrMA
|
Na závěr zápis
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Vyšetřovatelé
- Vrchní vyšetřovatel: Alexandra AUBRY, Pr, Pitié Salpêtrière Hospital AP-HP
Termíny studijních záznamů
Hlavní termíny studia
Začátek studia (AKTUÁLNÍ)
Primární dokončení (OČEKÁVANÝ)
Dokončení studie (OČEKÁVANÝ)
Termíny zápisu do studia
První předloženo
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
První zveřejněno (AKTUÁLNÍ)
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (AKTUÁLNÍ)
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
Naposledy ověřeno
Více informací
Termíny související s touto studií
Klíčová slova
Další relevantní podmínky MeSH
Další identifikační čísla studie
- APHP190613
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .