骨髄異形成症候群のデシタビン療法に対する応答に対するDNMTおよびHDAC遺伝子SNPの臨床的関連性

この研究には、デシタビンで治療するために選択された MDS 患者の中から被験者のインフォームド コンセント フォームに署名した患者 (パート I) に加えて、ヒストリカル コントロールとして追加の 140 人の MDS 患者が含まれます (パート II)。 約 68 人の患者が、以下の包含および除外基準を満たすパート I 研究に含まれます。

デシタビン療法を開始する前に、MDS患者で末梢血からのDNAの前向き収集が行われます。 DNMT または HDAC 遺伝子 SNP に従って、デシタビン療法の有効性を次のパラメーターの観点から評価します。 ）または部分奏効（PR）、または CR または PR を達成するためのデシタビン投与の必要性、および 3）MDS の再発または進行までの時間。

ジェノタイピングは、製造元の指示に従って、Sequenom® iPLEX platform™ を使用して行われます (www.sequenom.com; Sequenom Inc、カリフォルニア州サンディエゴ、米国）。 全血サンプルは、ヘルシンキの宣言に従って取得されます。 Puregene DNA精製キット（Gentra Systems Inc、ミネアポリス、ミネソタ州、米国）を使用してDNAを抽出します。 SNP の検出は、Sequenom チップベースのマトリックス支援レーザー脱離/イオン化飛行時間型 (MALDI-TOF) 質量分析プラットフォームを使用して、以前に増幅されたゲノム DNA から生成されたプライマー伸長産物の分析によって実行されます。 マルチプレックス SNP アッセイは、SpectroDesigner ソフトウェア (Sequenom) を使用して設計されます。 各ウェルに 2.5 ng の DNA を含む 96 ウェル プレートを、Sequenom の仕様に従って PCR により増幅します。 PCR 産物に取り込まれなかったヌクレオチドは、エビのアルカリホスファターゼを使用して不活性化されます。 対立遺伝子識別反応は、伸長プライマー、DNAポリメラーゼ、およびデオキシヌクレオチド三リン酸とジデオキシヌクレオチド三リン酸のカクテル混合物を各ウェルに加えることによって行われます。 ＭａｓｓＥｘｔｅｎｄ ｃｌｅａｎ ｒｅｓｉｎ（Ｓｅｑｕｅｎｏｍ）を混合物に添加して、ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ分析を妨害する可能性のある余分な塩を除去する。 次に、プライマー伸長産物を洗浄し、SpectroChip にスポットします。 遺伝子型は、各サンプルのアリコートを 384 SpectroChip (Sequenom) にスポットし、その後 MALDI-TOF 質量分析計で読み取ることによって決定されます。

すべての統計検定は、特に明記しない限り、有意水準を 0.05 に設定して両側検定を行います。 統計データは、SAS バージョン 9.1 (SAS Institute、Cary NC、USA) を使用して取得されます。 以下は、研究のエンドポイントです。

1. 主要評価項目の評価データ

   • 応答率: 応答率が取得され、その信頼区間が推定され、カイ 2 乗検定によって評価されます。 最終的な評価に影響を与える可能性のある主要なエンドポイントを制御する必要がある場合は、層別分析 (Cochran-Mantel-Haenzel など) が行われます。 すべての被験者の特徴的なエンドポイントを制御する必要がある場合は、ロジスティック回帰モデルが分析に使用されます。

2. 副次評価項目の評価データ

   • 全生存：カプラン・マイヤー法により、登録日から死亡までの生存を評価します。
   • 無増悪生存期間: : MDS から AML への進行およびあらゆる原因による死亡の時間。 無増悪生存期間は、カプラン・マイヤー法によって分析されます。