Klinisk relevans af DNMT- og HDAC-gen-SNP om respons på decitabinterapi for myelodysplastisk syndrom

Denne undersøgelse vil omfatte de patienter, der underskrev emnet informeret samtykkeformular blandt de patienter med MDS, som blev valgt til at blive behandlet med Decitabine (del I), plus yderligere 140 MDS-patienter som en historisk kontrol (del II). Cirka 68 patienter vil blive inkluderet, som opfylder følgende inklusions- og eksklusionskriterier i del I undersøgelsen.

Prospektiv indsamling af DNA fra perifert blod vil blive udført hos patienter med MDS før påbegyndelse af decitabinbehandling. Vi vil evaluere effektiviteten af ​​decitabinbehandling i henhold til DNMT- eller HDAC-gen-SNP'erne i form af følgende parametre: 1) hæmatolotisk respons (HR) eller forbedring (HI), eller krav om decitabin-dosis for at opnå HR eller HI, 2) komplet (CR) ) eller delvis respons (PR), eller krav om decitabin-dosis for at opnå CR eller PR, og 3) tid til tilbagefald eller progression af MDS.

Genotyping vil blive foretaget ved hjælp af Sequenom® iPLEX platform™ i henhold til producentens instruktioner (www.sequenom.com; Sequenom Inc, San Diego, CA, USA). Der vil blive udtaget fuldblodsprøver i henhold til Helsinki-deklarationen. DNA vil blive ekstraheret ved hjælp af Puregene DNA-oprensningskittet (Gentra Systems Inc, Minneapolis, MN, USA). Påvisningen af ​​SNP'er vil blive udført ved analyse af primerforlængelseprodukter genereret fra tidligere amplificeret genomisk DNA ved hjælp af en Sequenom-chip-baseret matrix-assisteret laserdesorption / ioniseringstid-of-flight (MALDI-TOF) massespektrometri platform. Multiplex SNP-assays vil blive designet ved hjælp af SpectroDesigner-software (Sequenom). Seksoghalvfems brøndsplader indeholdende 2,5 ng DNA i hver brønd vil blive amplificeret ved PCR efter specifikationerne for Sequenom. Ikke-inkorporerede nukleotider i PCR-produktet vil blive deaktiveret ved brug af alkalisk phosphatase fra rejer. Allel-diskriminationsreaktioner vil blive udført ved at tilføje forlængelsesprimerne(r), DNA-polymerase og en cocktailblanding af deoxynukleotidtriphosphater og di-deoxynukleotidtriphosphater til hver brønd. MassExtend ren harpiks (Sequenom) vil blive tilsat til blandingen for at fjerne uvedkommende salte, der kan interferere med MALDI-TOF-analyse. Primer-forlængerprodukterne vil derefter blive renset og plettet på en SpectroChip. Genotyper vil blive bestemt ved at spotte en aliquot af hver prøve på en 384 SpectroChip (Sequenom), som efterfølgende aflæses af MALDI-TOF massespektrometeret.

Alle statistiske test vil være tosidede med signifikansniveauet sat til 0,05, medmindre andet er angivet. De statistiske data vil blive indhentet ved hjælp af en SAS version 9.1 (SAS Institute, Cary NC, USA). Følgende er endepunkterne for undersøgelsen.

1. Evalueringsdata for primært endepunkt

   • Responsrate: En responsrate vil blive opnået og dens konfidensinterval estimeret til at blive evalueret gennem chi-square test. Hvis de vigtigste endepunkter, som kan påvirke den endelige evaluering, skal kontrolleres, vil der blive udført stratificeret analyse (Cochran-Mantel-Haenzel, etc.). Hvis alle forsøgspersonernes karakteristiske endepunkter skal kontrolleres, vil den logistiske regressionsmodel blive brugt til analyse.

2. Sekundære effektpunktsevalueringsdata

   • Samlet overlevelse: overlevelse vil blive evalueret fra registreringsdagen til døden gennem Kaplan-Meier metoden.
   • Progressionsfri overlevelse: : Tidspunktet for progression fra MDS til AML og død af enhver årsag. Progressionsfri overlevelse vil blive analyseret ved hjælp af Kaplan-Meier metode.