Klinisk relevans av DNMT og HDAC Gene SNP på responsen på decitabinterapi for myelodysplastisk syndrom

Denne studien vil inkludere pasientene som signerte skjemaet for informert samtykke blant pasientene med MDS som ble valgt til å bli behandlet med Decitabine (del I), pluss ytterligere 140 MDS-pasienter som en historisk kontroll (del II). Omtrent 68 pasienter vil bli inkludert som tilfredsstiller følgende inklusjons- og eksklusjonskriterier i del I-studien.

Prospektiv innsamling av DNA fra perifert blod vil bli utført hos pasienter med MDS før oppstart av decitabinbehandling. Vi vil evaluere effekten av decitabinbehandling i henhold til DNMT- eller HDAC-gen-SNP-ene i form av følgende parametere: 1) hematolotisk respons (HR) eller forbedring (HI), eller krav om decitabin-dose for å oppnå HR eller HI, 2) komplett (CR) ) eller delvis respons (PR), eller krav om decitabin-dose for å oppnå CR eller PR, og 3) tid til tilbakefall eller progresjon av MDS.

Genotyping vil bli utført ved å bruke Sequenom® iPLEX platform™, i henhold til produsentens instruksjoner (www.sequenom.com; Sequenom Inc, San Diego, CA, USA). Fullblodsprøver vil bli tatt i henhold til Helsinki-deklarasjonen. DNA vil bli ekstrahert ved hjelp av Puregene DNA-rensesett (Gentra Systems Inc, Minneapolis, MN, USA). Påvisningen av SNP-er vil bli utført ved analyse av primerforlengelsesprodukter generert fra tidligere amplifisert genomisk DNA ved bruk av en Sequenom-brikkebasert matriseassistert laserdesorpsjon / ioniseringstid-of-flight (MALDI-TOF) massespektrometriplattform. Multiplex SNP-analyser vil bli designet ved hjelp av SpectroDesigner-programvare (Sequenom). Nittiseks brønns plater som inneholder 2,5 ng DNA i hver brønn vil bli amplifisert ved PCR etter spesifikasjonene til Sequenom. Ikke-inkorporerte nukleotider i PCR-produktet vil bli deaktivert ved bruk av alkalisk fosfatase fra reker. Alleldiskrimineringsreaksjoner vil bli utført ved å tilsette forlengelsesprimeren(e), DNA-polymerase og en cocktailblanding av deoksynukleotidtrifosfater og di-deoksynukleotidtrifosfater til hver brønn. MassExtend ren harpiks (Sequenom) vil bli tilsatt blandingen for å fjerne fremmede salter som kan forstyrre MALDI-TOF-analysen. Primerforlengelsesproduktene blir deretter renset og flekket på en SpectroChip. Genotyper vil bli bestemt ved å sette en alikvot av hver prøve på en 384 SpectroChip (Sequenom), som deretter leses av MALDI-TOF massespektrometer.

Alle statistiske tester vil være tosidige med signifikansnivået satt til 0,05 med mindre annet er oppgitt. De statistiske dataene vil bli innhentet ved bruk av en SAS versjon 9.1 (SAS Institute, Cary NC, USA). Følgende er endepunktene for studien.

1. Evalueringsdata for primær endepunkt

   • Responsrate: En responsrate vil bli oppnådd og dets konfidensintervall estimert til å bli evaluert gjennom kjikvadrattest. Hvis de viktigste endepunktene som kan påvirke den endelige evalueringen må kontrolleres, vil stratifisert analyse (Cochran-Mantel-Haenzel, etc.) bli utført. Dersom alle forsøkspersonenes karakteristiske endepunkter må kontrolleres, vil den logistiske regresjonsmodellen brukes til analyse.

2. Sekundære endepunktsevalueringsdata

   • Total overlevelse: overlevelse vil bli evaluert fra registreringsdagen til døden gjennom Kaplan-Meier-metoden.
   • Progresjonsfri overlevelse: : Tidspunktet for progresjon fra MDS til AML og død uansett årsak. Progresjonsfri overlevelse vil bli analysert gjennom Kaplan-Meier-metoden.