Rilevanza clinica di DNMT e HDAC Gene SNP sulla risposta alla terapia con decitabina per la sindrome mielodisplastica

Questo studio includerà i pazienti che hanno firmato il modulo di consenso informato del soggetto tra i pazienti con MDS che sono stati scelti per essere trattati con Decitabina (Parte I), più altri 140 pazienti con MDS come controllo storico (Parte II). Saranno inclusi circa 68 pazienti che soddisfano i seguenti criteri di inclusione ed esclusione nello studio Parte I.

La raccolta prospettica di DNA dal sangue periferico verrà eseguita nei pazienti con MDS prima dell'inizio della terapia con decitabina. Valuteremo l'efficacia della terapia con decitabina secondo gli SNP del gene DNMT o HDAC in termini dei seguenti parametri: 1) risposta ematolotica (HR) o miglioramento (HI), o necessità di dose di decitabina per raggiungere HR o HI, 2) completamento (CR ) o risposta parziale (PR), o necessità di una dose di decitabina per ottenere CR o PR, e 3) tempo di recidiva o progressione della sindrome mielodisplastica.

La genotipizzazione verrà effettuata utilizzando la piattaforma Sequenom® iPLEX™, secondo le istruzioni del produttore (www.sequenom.com; Sequenom Inc, San Diego, CA, USA). I campioni di sangue intero saranno ottenuti secondo la dichiarazione di Helsinki. Il DNA sarà estratto utilizzando il kit di purificazione del DNA Puregene (Gentra Systems Inc, Minneapolis, MN, USA). Il rilevamento degli SNP sarà eseguito mediante l'analisi dei prodotti di estensione dei primer generati da DNA genomico precedentemente amplificato utilizzando una piattaforma di spettrometria di massa a tempo di volo (MALDI-TOF) basata su chip Sequenom con desorbimento laser assistito da matrice / ionizzazione. I saggi Multiplex SNP saranno progettati utilizzando il software SpectroDesigner (Sequenom). Piastre da novantasei pozzetti contenenti 2.5 ng di DNA in ciascun pozzetto saranno amplificate mediante PCR seguendo le specifiche di Sequenom. I nucleotidi non incorporati nel prodotto di PCR saranno disattivati ​​utilizzando la fosfatasi alcalina di gambero. Le reazioni di discriminazione degli alleli saranno condotte aggiungendo in ciascun pozzetto il/i primer di estensione, la DNA polimerasi e una miscela cocktail di deossinucleotide trifosfato e di-deossinucleotide trifosfato. La resina pulita MassExtend (Sequenom) verrà aggiunta alla miscela per rimuovere i sali estranei che potrebbero interferire con l'analisi MALDI-TOF. I prodotti di estensione del primer verranno quindi puliti e individuati su uno SpectroChip. I genotipi saranno determinati individuando un'aliquota di ciascun campione su un 384 SpectroChip (Sequenom), che viene successivamente letto dallo spettrometro di massa MALDI-TOF.

Tutti i test statistici saranno a due code con il livello di significatività impostato su 0,05 se non diversamente specificato. I dati statistici saranno ottenuti utilizzando una versione SAS 9.1 (SAS Institute, Cary NC, USA). Di seguito sono riportati gli endpoint dello studio.

1. Dati di valutazione dell'endpoint primario

   • Tasso di risposta: si otterrà un tasso di risposta e si valuterà il suo intervallo di confidenza mediante il test chi-quadrato. Se gli endpoint principali che possono influenzare la valutazione finale devono essere controllati, sarà condotta un'analisi stratificata (Cochran-Mantel-Haenzel, ecc.). Se tutti gli endpoint caratteristici dei soggetti devono essere controllati, il modello di regressione logistica verrà utilizzato per l'analisi.

2. Dati di valutazione dell'endpoint secondario

   • Sopravvivenza globale: la sopravvivenza sarà valutata dal giorno della registrazione al decesso attraverso il metodo Kaplan-Meier.
   • Sopravvivenza libera da progressione: : il tempo di progressione da MDS a AML e morte per qualsiasi causa. La sopravvivenza libera da progressione sarà analizzata attraverso il metodo Kaplan-Meier.