Relevância clínica do SNP do gene DNMT e HDAC na resposta à terapia com decitabina para síndrome mielodisplásica

Este estudo incluirá os pacientes que assinaram o termo de consentimento livre e esclarecido entre os pacientes com SMD que foram escolhidos para serem tratados com Decitabina (Parte I), mais 140 pacientes com SMD adicionais como um controle histórico (Parte II). Serão incluídos aproximadamente 68 pacientes que satisfaçam os seguintes critérios de inclusão e exclusão no estudo da Parte I.

A coleta prospectiva de DNA do sangue periférico será realizada nos pacientes com SMD antes do início da terapia com decitabina. Avaliaremos a eficácia da terapia com decitabina de acordo com os SNPs do gene DNMT ou HDAC em termos dos seguintes parâmetros: 1) resposta hematolótica (HR) ou melhora (HI), ou necessidade de dose de decitabina para atingir HR ou HI, 2) completa (CR ) ou resposta parcial (PR), ou exigência de dose de decitabina para atingir CR ou PR, e 3) tempo para recaída ou progressão de SMD.

A genotipagem será realizada utilizando a plataforma Sequenom® iPLEX™, de acordo com as instruções do fabricante (www.sequenom.com; Sequenom Inc, San Diego, CA, EUA). As amostras de sangue total serão obtidas de acordo com a declaração de Helsinque. O DNA será extraído usando o Puregene DNA Purification Kit (Gentra Systems Inc, Minneapolis, MN, EUA). A detecção de SNPs será realizada pela análise de produtos de extensão de primers gerados a partir de DNA genômico previamente amplificado usando uma plataforma de espectrometria de massa baseada em chip Sequenom de dessorção/ionização assistida por laser (MALDI-TOF). Ensaios Multiplex SNP serão projetados usando o software SpectroDesigner (Sequenom). Placas de 96 poços contendo 2,5 ng de DNA em cada poço serão amplificadas por PCR seguindo as especificações da Sequenom. Os nucleotídeos não incorporados no produto de PCR serão desativados usando a fosfatase alcalina de camarão. As reações de discriminação de alelos serão conduzidas pela adição do(s) iniciador(es) de extensão, DNA polimerase e uma mistura de coquetel de desoxinucleotídeos trifosfatos e di-desoxinucleotídeos trifosfatos a cada poço. A resina limpa MassExtend (Sequenom) será adicionada à mistura para remover sais estranhos que possam interferir na análise MALDI-TOF. Os produtos de extensão do primer serão então limpos e colocados em um SpectroChip. Os genótipos serão determinados colocando uma alíquota de cada amostra em um 384 SpectroChip (Sequenom), que é posteriormente lido pelo espectrômetro de massas MALDI-TOF.

Todos os testes estatísticos serão bilaterais com o nível de significância definido como 0,05, salvo indicação em contrário. Os dados estatísticos serão obtidos usando um SAS versão 9.1 (SAS Institute, Cary NC, EUA). A seguir estão os pontos finais para o estudo.

1. Dados de avaliação do endpoint primário

   • Taxa de resposta: Será obtida uma taxa de resposta e seu intervalo de confiança estimado para ser avaliado através do teste qui-quadrado. Se os principais parâmetros que podem influenciar a avaliação final devem ser controlados, a análise estratificada (Cochran-Mantel-Haenzel, etc.) será realizada. Se todos os endpoints característicos dos sujeitos devem ser controlados, o modelo de regressão logística será usado para análise.

2. Dados de avaliação de endpoint secundário

   • Sobrevida global: a sobrevida será avaliada desde o dia do registro até o óbito pelo método de Kaplan-Meier.
   • Sobrevida livre de progressão: : O tempo de progressão de MDS para AML e morte por qualquer causa. A sobrevida livre de progressão será analisada pelo método de Kaplan-Meier.