DNMT- ja HDAC-geenin SNP:n kliininen merkitys desitabiinihoitovasteessa myelodysplastisen oireyhtymän hoidossa

Tämä tutkimus sisältää potilaat, jotka allekirjoittivat tietoisen suostumuslomakkeen, niiden MDS-potilaiden joukossa, jotka valittiin desitabiinilla hoidettaviksi (osa I), sekä lisäksi 140 MDS-potilasta historiallisena kontrollina (osa II). Osa I -tutkimukseen otetaan mukaan noin 68 potilasta, jotka täyttävät seuraavat sisällyttämis- ja poissulkemiskriteerit.

MDS-potilaille suoritetaan mahdollinen DNA:n kerääminen ääreisverestä ennen desitabiinihoidon aloittamista. Arvioimme desitabiinihoidon tehokkuutta DNMT- tai HDAC-geenin SNP:iden mukaisesti seuraavien parametrien perusteella: 1) hematoloottinen vaste (HR) tai paraneminen (HI) tai desitabiiniannoksen tarve HR:n tai HI:n saavuttamiseksi, 2) täydellinen (CR) ) tai osittainen vaste (PR) tai desitabiiniannoksen vaatimus CR:n tai PR:n saavuttamiseksi, ja 3) aika MDS:n uusiutumiseen tai etenemiseen.

Genotyypitys suoritetaan käyttämällä Sequenom® iPLEX platform™ -alustaa valmistajan ohjeiden mukaisesti (www.sequenom.com; Sequenom Inc, San Diego, CA, USA). Kokoverinäytteet otetaan Helsingin julistuksen mukaisesti. DNA uutetaan käyttämällä Puregene DNA -puhdistussarjaa (Gentra Systems Inc, Minneapolis, MN, USA). SNP:iden havaitseminen suoritetaan analysoimalla aiemmin monistetusta genomisesta DNA:sta tuotettuja alukepidennystuotteita käyttämällä Sequenom-siruun perustuvaa matriisiavusteista laserdesorptio-/ionisaatioaikalento- (MALDI-TOF) -massaspektrometria-alustaa. Multiplex SNP -määritykset suunnitellaan käyttämällä SpectroDesigner-ohjelmistoa (Sequenom). 96-kuoppaiset levyt, jotka sisältävät 2,5 ng DNA:ta kussakin kuopassa, monistetaan PCR:llä noudattaen Sequenomin spesifikaatioita. PCR-tuotteen sisältämättömät nukleotidit deaktivoidaan käyttämällä katkarapujen alkalista fosfataasia. Alleelierottelureaktiot suoritetaan lisäämällä pidennysalukkeita, DNA-polymeraasia ja deoksinukleotiditrifosfaattien ja di-deoksinukleotiditrifosfaattien sekoitusseosta kuhunkin kuoppaan. MassExtend puhdasta hartsia (Sequenom) lisätään seokseen poistamaan ylimääräiset suolat, jotka voivat häiritä MALDI-TOF-analyysiä. Tämän jälkeen pohjamaalin pidennystuotteet puhdistetaan ja laitetaan SpectroChipille. Genotyypit määritetään ottamalla jokaisesta näytteestä alikvootti 384 SpectroChipiin (Sequenom), joka luetaan myöhemmin MALDI-TOF-massaspektrometrillä.

Kaikki tilastolliset testit ovat kaksipuolisia ja merkitsevyystasoksi asetetaan 0,05, ellei toisin mainita. Tilastotiedot saadaan käyttämällä SAS-versiota 9.1 (SAS Institute, Cary NC, USA). Seuraavat ovat tutkimuksen päätepisteet.

1. Ensisijaiset päätepisteen arviointitiedot

   • Vasteprosentti: Vastausprosentti saadaan ja sen luottamusväli arvioidaan khin neliötestin avulla. Jos pääasiallisia päätepisteitä, jotka voivat vaikuttaa lopulliseen arviointiin, on valvottava, tehdään kerrostettu analyysi (Cochran-Mantel-Haenzel jne.). Jos kaikkia koehenkilöille ominaisia ​​päätepisteitä on kontrolloitava, analyysissä käytetään logistista regressiomallia.

2. Toissijaisen päätepisteen arviointitiedot

   • Kokonaiseloonjääminen: eloonjäämistä arvioidaan rekisteröintipäivästä kuolemaan Kaplan-Meier-menetelmällä.
   • Etenemisvapaa eloonjääminen: : Aika, jolloin eteneminen MDS:stä AML:ään ja mistä tahansa syystä johtuva kuolema. Etenemisvapaata eloonjäämistä analysoidaan Kaplan-Meier-menetelmällä.