Klinische relevantie van DNMT en HDAC Gene SNP op de respons op decitabinetherapie voor myelodysplastisch syndroom

Deze studie zal de patiënten die het toestemmingsformulier hebben ondertekend, betrekken bij de patiënten met MDS die waren uitgekozen om met Decitabine te worden behandeld (Deel I), plus nog eens 140 MDS-patiënten als historische controle (Deel II). Er zullen ongeveer 68 patiënten worden opgenomen die voldoen aan de volgende inclusie- en exclusiecriteria in het deel I-onderzoek.

Prospectieve verzameling van DNA uit perifeer bloed zal worden uitgevoerd bij de patiënten met MDS vóór aanvang van de behandeling met decitabine. We zullen de werkzaamheid van decitabine-therapie volgens de DNMT- of HDAC-gen-SNP's evalueren in termen van de volgende parameters: 1) hematolotische respons (HR) of verbetering (HI), of vereiste van decitabine-dosis om HR of HI te bereiken, 2) volledige (CR ) of gedeeltelijke respons (PR), of vereiste decitabinedosis om CR of PR te bereiken, en 3) tijd tot terugval of progressie van MDS.

Genotypering zal worden uitgevoerd met behulp van het Sequenom® iPLEX-platform™, volgens de instructies van de fabrikant (www.sequenom.com; Sequenom Inc, San Diego, CA, VS). Volbloedmonsters zullen worden verkregen volgens de verklaring van Helsinki. DNA zal worden geëxtraheerd met behulp van de Puregene DNA-zuiveringskit (Gentra Systems Inc, Minneapolis, MN, VS). De detectie van SNP's zal worden uitgevoerd door de analyse van primerverlengingsproducten gegenereerd uit eerder geamplificeerd genomisch DNA met behulp van een Sequenom-chipgebaseerd matrix-geassisteerde laserdesorptie / ionisatie time-of-flight (MALDI-TOF) massaspectrometrieplatform. Multiplex SNP-assays zullen worden ontworpen met behulp van SpectroDesigner-software (Sequenom). Zesennegentig-putjesplaten met 2,5 ng DNA in elk putje zullen worden geamplificeerd door PCR volgens de specificaties van Sequenom. Niet-geïntegreerde nucleotiden in het PCR-product worden gedeactiveerd met behulp van alkalische fosfatase uit garnalen. Allelonderscheidingsreacties zullen worden uitgevoerd door toevoeging van de extensieprimer(s), DNA-polymerase en een cocktailmengsel van deoxynucleotidetrifosfaten en di-deoxynucleotidetrifosfaten aan elk putje. MassExtend schone hars (Sequenom) wordt aan het mengsel toegevoegd om vreemde zouten te verwijderen die de MALDI-TOF-analyse zouden kunnen verstoren. De primerverlengingsproducten worden vervolgens gereinigd en op een SpectroChip gespot. Genotypes zullen worden bepaald door een aliquot van elk monster op een 384 SpectroChip (Sequenom) te spotten, die vervolgens wordt gelezen door de MALDI-TOF massaspectrometer.

Alle statistische tests zijn tweezijdig waarbij het significantieniveau is ingesteld op 0,05, tenzij anders vermeld. De statistische gegevens worden verkregen met behulp van een SAS-versie 9.1 (SAS Institute, Cary NC, VS). De volgende punten zijn de eindpunten voor het onderzoek.

1. Evaluatiegegevens van het primaire eindpunt

   • Responspercentage: er wordt een responspercentage verkregen en het geschatte betrouwbaarheidsinterval wordt geëvalueerd door middel van een chikwadraattoets. Als de belangrijkste eindpunten die van invloed kunnen zijn op de eindevaluatie gecontroleerd moeten worden, zal een gestratificeerde analyse (Cochran-Mantel-Haenzel, enz.) worden uitgevoerd. Als alle kenmerkende eindpunten van de proefpersonen moeten worden gecontroleerd, wordt het logistische regressiemodel gebruikt voor analyse.

2. Secundaire eindpuntevaluatiegegevens

   • Algehele overleving: de overleving wordt geëvalueerd vanaf de registratiedag tot overlijden via de Kaplan-Meier-methode.
   • Progressievrije overleving: : de tijd van progressie van MDS naar AML en overlijden door welke oorzaak dan ook. Progressievrije overleving zal worden geanalyseerd via de Kaplan-Meier-methode.