Klinický význam DNMT a HDAC genu SNP na odpověď na léčbu decitabinem u myelodysplastického syndromu

Tato studie bude zahrnovat pacienty, kteří podepsali formulář informovaného souhlasu subjektu mezi pacienty s MDS, kteří byli vybráni k léčbě decitabinem (část I), plus dalších 140 pacientů s MDS jako historickou kontrolu (část II). Do studie části I bude zahrnuto přibližně 68 pacientů, kteří splňují následující kritéria pro zařazení a vyloučení.

U pacientů s MDS bude před zahájením léčby decitabinem proveden prospektivní odběr DNA z periferní krve. Budeme hodnotit účinnost terapie decitabinem podle SNP genu DNMT nebo HDAC z hlediska následujících parametrů: 1) hematologická odpověď (HR) nebo zlepšení (HI), nebo potřeba dávky decitabinu k dosažení HR nebo HI, 2) úplná (CR ) nebo částečná odpověď (PR), nebo požadavek na dávku decitabinu k dosažení CR nebo PR, a 3) čas do relapsu nebo progrese MDS.

Genotypizace bude provedena pomocí platformy Sequenom® iPLEX™ podle pokynů výrobce (www.sequenom.com; Sequenom Inc, San Diego, CA, USA). Vzorky plné krve budou odebrány podle Helsinské deklarace. DNA bude extrahována pomocí Puregene DNA purification Kit (Gentra Systems Inc, Minneapolis, MN, USA). Detekce SNP bude prováděna analýzou produktů prodloužení primeru generovaných z dříve amplifikované genomové DNA pomocí platformy hmotnostní spektrometrie založené na čipu Sequenom asistované laserové desorpce / ionizace s dobou letu (MALDI-TOF). Multiplexní testy SNP budou navrženy pomocí softwaru SpectroDesigner (Sequenom). Devadesát šest jamek obsahujících 2,5 ng DNA v každé jamce bude amplifikováno pomocí PCR podle specifikací Sequenom. Neinkorporované nukleotidy v produktu PCR budou deaktivovány pomocí alkalické fosfatázy z krevet. Alelové diskriminační reakce se provedou přidáním extenzního primeru (primerů), DNA polymerázy a koktejlové směsi deoxynukleotidtrifosfátů a di-deoxynukleotidtrifosfátů do každé jamky. Ke směsi bude přidána čistá pryskyřice MassExtend (Sequenom), aby se odstranily cizí soli, které by mohly interferovat s analýzou MALDI-TOF. Produkty pro prodloužení primeru budou poté vyčištěny a naneseny na SpectroChip. Genotypy budou určeny nanesením alikvotu každého vzorku na 384 SpectroChip (Sequenom), který je následně odečten hmotnostním spektrometrem MALDI-TOF.

Všechny statistické testy budou oboustranné s hladinou významnosti nastavenou na 0,05, pokud není uvedeno jinak. Statistická data budou získána pomocí SAS verze 9.1 (SAS Institute, Cary NC, USA). Následují koncové body studie.

1. Data hodnocení primárního koncového bodu

   • Četnost odezvy: Získá se četnost odezvy a odhadovaný interval spolehlivosti se vyhodnotí pomocí testu chí-kvadrát. Pokud musí být kontrolovány hlavní koncové body, které mohou ovlivnit konečné hodnocení, bude provedena stratifikovaná analýza (Cochran-Mantel-Haenzel atd.). Pokud musí být kontrolovány všechny charakteristické koncové body subjektů, bude pro analýzu použit model logistické regrese.

2. Data hodnocení sekundárního koncového bodu

   • Celkové přežití: přežití bude hodnoceno ode dne registrace do úmrtí pomocí Kaplan-Meierovy metody.
   • Přežití bez progrese: Doba progrese z MDS do AML a úmrtí z jakékoli příčiny. Přežití bez progrese bude analyzováno pomocí Kaplan-Meierovy metody.