Znaczenie kliniczne SNP genu DNMT i HDAC w odpowiedzi na terapię decytabiną zespołu mielodysplastycznego

Badanie to obejmie pacjentów, którzy podpisali formularz świadomej zgody wśród pacjentów z MDS, których wybrano do leczenia decytabiną (Część I), oraz dodatkowych 140 pacjentów z MDS jako kontrolę historyczną (Część II). Do części I badania zostanie włączonych około 68 pacjentów, którzy spełniają następujące kryteria włączenia i wyłączenia.

Przed rozpoczęciem leczenia decytabiną u pacjentów z MDS zostanie przeprowadzone prospektywne pobranie DNA z krwi obwodowej. Skuteczność terapii decytabiną ocenimy na podstawie SNP genu DNMT lub HDAC pod kątem następujących parametrów: 1) odpowiedź hematolotyczna (HR) lub poprawa (HI) lub zapotrzebowanie na dawkę decytabiny do osiągnięcia HR lub HI, 2) całkowita (CR ) lub częściową odpowiedź (PR) lub wymaganie dawki decytabiny do osiągnięcia CR lub PR oraz 3) czas do nawrotu lub progresji MDS.

Genotypowanie zostanie przeprowadzone przy użyciu platformy Sequenom® iPLEX™, zgodnie z instrukcjami producenta (www.sequenom.com; Sequenom Inc, San Diego, Kalifornia, USA). Próbki krwi pełnej będą pobierane zgodnie z deklaracją helsińską. DNA zostanie wyekstrahowane przy użyciu zestawu do oczyszczania DNA Puregene (Gentra Systems Inc, Minneapolis, MN, USA). Detekcja SNP zostanie przeprowadzona poprzez analizę produktów wydłużania starterów wygenerowanych z wcześniej zamplifikowanego genomowego DNA przy użyciu platformy spektrometrii mas opartej na chipie Sequenom wspomaganej desorpcją laserową / jonizacją czasu przelotu (MALDI-TOF). Testy Multiplex SNP zostaną zaprojektowane przy użyciu oprogramowania SpectroDesigner (Sequenom). Płytki z 96 dołkami zawierające 2,5 ng DNA w każdym dołku zostaną zamplifikowane metodą PCR zgodnie ze specyfikacjami Sequenom. Niewbudowane nukleotydy w produkcie PCR zostaną zdezaktywowane przy użyciu fosfatazy alkalicznej krewetek. Reakcje rozróżniania alleli zostaną przeprowadzone przez dodanie do każdego dołka startera(-ów) przedłużającego, polimerazy DNA i mieszaniny koktajli trifosforanów dezoksynukleotydów i trifosforanów di-deoksynukleotydów. Czysta żywica MassExtend (Sequenom) zostanie dodana do mieszaniny w celu usunięcia obcych soli, które mogłyby zakłócać analizę MALDI-TOF. Produkty do przedłużania podkładu zostaną następnie oczyszczone i naniesione na SpectroChip. Genotypy zostaną określone przez naniesienie porcji każdej próbki na 384 SpectroChip (Sequenom), który jest następnie odczytywany przez spektrometr masowy MALDI-TOF.

Wszystkie testy statystyczne będą dwustronne z poziomem istotności ustalonym na 0,05, chyba że zaznaczono inaczej. Dane statystyczne zostaną uzyskane przy użyciu SAS w wersji 9.1 (SAS Institute, Cary NC, USA). Poniżej przedstawiono punkty końcowe badania.

1. Podstawowe dane oceny punktu końcowego

   • Wskaźnik odpowiedzi: zostanie uzyskany wskaźnik odpowiedzi i oszacowany przedział ufności, który zostanie oceniony za pomocą testu chi-kwadrat. Jeśli główne punkty końcowe, które mogą mieć wpływ na ostateczną ocenę, muszą być kontrolowane, zostanie przeprowadzona analiza warstwowa (Cochran-Mantel-Haenzel itp.). Jeśli konieczne jest kontrolowanie wszystkich charakterystycznych punktów końcowych badanych, do analizy zostanie wykorzystany model regresji logistycznej.

2. Dane oceny drugorzędnego punktu końcowego

   • Całkowite przeżycie: przeżycie zostanie ocenione od dnia rejestracji do śmierci metodą Kaplana-Meiera.
   • Przeżycie wolne od progresji choroby: Czas progresji od MDS do AML i zgonu z dowolnej przyczyny. Przeżycie wolne od progresji będzie analizowane metodą Kaplana-Meiera.