Klinische Relevanz des DNMT- und HDAC-Gens SNP für das Ansprechen auf die Decitabin-Therapie des myelodysplastischen Syndroms

Diese Studie umfasst die Patienten, die die Einverständniserklärung des Patienten unterschrieben haben, unter den Patienten mit MDS, die für die Behandlung mit Decitabin ausgewählt wurden (Teil I), plus weitere 140 MDS-Patienten als historische Kontrolle (Teil II). Ungefähr 68 Patienten werden eingeschlossen, die die folgenden Einschluss- und Ausschlusskriterien in die Teil-I-Studie erfüllen.

Bei Patienten mit MDS wird vor Beginn der Decitabin-Therapie eine prospektive Sammlung von DNA aus peripherem Blut durchgeführt. Wir werden die Wirksamkeit der Decitabin-Therapie gemäß den DNMT- oder HDAC-Gen-SNPs in Bezug auf die folgenden Parameter bewerten: 1) hämatolotisches Ansprechen (HR) oder Verbesserung (HI) oder Erfordernis einer Decitabin-Dosis zum Erreichen von HR oder HI, 2) vollständig (CR ) oder Partial Response (PR) oder Erfordernis einer Decitabin-Dosis, um CR oder PR zu erreichen, und 3) Zeit bis zum Rezidiv oder Fortschreiten des MDS.

Die Genotypisierung wird unter Verwendung der Sequenom® iPLEX-Plattform™ gemäß den Anweisungen des Herstellers durchgeführt (www.sequenom.com; Sequenom Inc, San Diego, CA, USA). Vollblutproben werden gemäß der Deklaration von Helsinki entnommen. Die DNA wird mit dem Puregene DNA Purification Kit (Gentra Systems Inc, Minneapolis, MN, USA) extrahiert. Der Nachweis von SNPs erfolgt durch die Analyse von Primer-Verlängerungsprodukten, die aus zuvor amplifizierter genomischer DNA unter Verwendung einer matrixgestützten Sequenom-Chip-basierten MALDI-TOF-Massenspektrometrieplattform (Laserdesorption/Ionisation Time-of-Flight) generiert wurden. Multiplex-SNP-Assays werden mit der SpectroDesigner-Software (Sequenom) entworfen. Platten mit 96 Vertiefungen, die 2,5 ng DNA in jeder Vertiefung enthalten, werden gemäß den Spezifikationen von Sequenom durch PCR amplifiziert. Nicht eingebaute Nukleotide im PCR-Produkt werden mit alkalischer Shrimp-Phosphatase deaktiviert. Allelunterscheidungsreaktionen werden durchgeführt, indem der/die Verlängerungsprimer, DNA-Polymerase und eine Cocktailmischung aus Desoxynukleotidtriphosphaten und Didesoxynukleotidtriphosphaten zu jeder Vertiefung hinzugefügt werden. MassExtend Clean Resin (Sequenom) wird der Mischung hinzugefügt, um Fremdsalze zu entfernen, die die MALDI-TOF-Analyse stören könnten. Die Primer-Verlängerungsprodukte werden dann gereinigt und auf einen SpectroChip aufgetragen. Die Genotypen werden bestimmt, indem ein Aliquot jeder Probe auf einen 384 SpectroChip (Sequenom) aufgetragen wird, der anschließend vom MALDI-TOF-Massenspektrometer gelesen wird.

Alle statistischen Tests sind zweiseitig mit einem Signifikanzniveau von 0,05, sofern nicht anders angegeben. Die statistischen Daten werden mit einer SAS Version 9.1 (SAS Institute, Cary NC, USA) gewonnen. Das Folgende sind die Endpunkte für die Studie.

1. Auswertungsdaten des primären Endpunkts

   • Rücklaufquote: Eine Rücklaufquote wird ermittelt und ihr Konfidenzintervall geschätzt, um durch einen Chi-Quadrat-Test bewertet zu werden. Wenn die wichtigsten Endpunkte, die die endgültige Bewertung beeinflussen können, kontrolliert werden müssen, wird eine stratifizierte Analyse (Cochran-Mantel-Haenzel usw.) durchgeführt. Wenn alle charakteristischen Endpunkte der Probanden kontrolliert werden müssen, wird das logistische Regressionsmodell zur Analyse verwendet.

2. Sekundäre Endpunktbewertungsdaten

   • Gesamtüberleben: Das Überleben wird vom Registrierungstag bis zum Tod durch die Kaplan-Meier-Methode bewertet.
   • Progressionsfreies Überleben: : Die Zeit der Progression von MDS zu AML und Tod jeglicher Ursache. Das progressionsfreie Überleben wird mit der Kaplan-Meier-Methode analysiert.