Pertinence clinique des SNP des gènes DNMT et HDAC sur la réponse au traitement par la décitabine pour le syndrome myélodysplasique

Cette étude inclura les patients qui ont signé le formulaire de consentement éclairé du sujet parmi les patients atteints de SMD qui ont été choisis pour être traités par la décitabine (Partie I), ainsi que 140 autres patients atteints de SMD comme témoin historique (Partie II). Environ 68 patients seront inclus qui satisfont aux critères d'inclusion et d'exclusion suivants dans la partie I de l'étude.

Une collecte prospective d'ADN à partir du sang périphérique sera effectuée chez les patients atteints de SMD avant le début du traitement par la décitabine. Nous évaluerons l'efficacité de la thérapie par la décitabine en fonction des SNP des gènes DNMT ou HDAC en fonction des paramètres suivants : 1) réponse hématolotique (HR) ou amélioration (HI), ou exigence de dose de décitabine pour atteindre HR ou HI, 2) réponse complète (CR ) ou réponse partielle (RP), ou exigence d'une dose de décitabine pour obtenir une RC ou une RP, et 3) le délai avant la rechute ou la progression du SMD.

Le génotypage sera réalisé à l'aide de la plateforme Sequenom® iPLEX™, selon les instructions du fabricant (www.sequenom.com ; Sequenom Inc, San Diego, Californie, États-Unis). Les échantillons de sang total seront obtenus conformément à la déclaration d'Helsinki. L'ADN sera extrait à l'aide du kit de purification d'ADN Puregene (Gentra Systems Inc, Minneapolis, MN, USA). La détection des SNP sera effectuée par l'analyse des produits d'extension d'amorce générés à partir d'ADN génomique préalablement amplifié à l'aide d'une plateforme de spectrométrie de masse à désorption laser assistée par matrice / ionisation à temps de vol (MALDI-TOF) basée sur une puce Sequenom. Les dosages SNP multiplex seront conçus à l'aide du logiciel SpectroDesigner (Sequenom). Quatre-vingt-seize plaques de puits contenant 2,5 ng d'ADN dans chaque puits seront amplifiées par PCR selon les spécifications de Sequenom. Les nucléotides non incorporés dans le produit PCR seront désactivés à l'aide de la phosphatase alcaline de crevette. Les réactions de discrimination allélique seront conduites en ajoutant la ou les amorces d'extension, l'ADN polymérase et un mélange cocktail de désoxynucléotides triphosphates et de didésoxynucléotides triphosphates dans chaque puits. La résine propre MassExtend (Sequenom) sera ajoutée au mélange pour éliminer les sels étrangers qui pourraient interférer avec l'analyse MALDI-TOF. Les produits d'extension d'amorce seront ensuite nettoyés et déposés sur un SpectroChip. Les génotypes seront déterminés en déposant une aliquote de chaque échantillon sur une puce SpectroChip 384 (Sequenom), qui sera ensuite lue par le spectromètre de masse MALDI-TOF.

Tous les tests statistiques seront bilatéraux avec un niveau de signification fixé à 0,05, sauf indication contraire. Les données statistiques seront obtenues à l'aide d'un SAS version 9.1 (SAS Institute, Cary NC, USA). Les points suivants sont les points finaux de l'étude.

1. Données d'évaluation du critère principal

   • Taux de réponse : Un taux de réponse sera obtenu et son intervalle de confiance estimé pour être évalué par le test du chi carré. Si les principaux critères pouvant influencer l'évaluation finale doivent être contrôlés, une analyse stratifiée (Cochran-Mantel-Haenzel, etc.) sera réalisée. Si tous les paramètres caractéristiques des sujets doivent être contrôlés, le modèle de régression logistique sera utilisé pour l'analyse.

2. Données d'évaluation des critères secondaires

   • Survie globale : la survie sera évaluée du jour de l'enregistrement au décès par la méthode de Kaplan-Meier.
   • Survie sans progression : : le temps de progression du SMD à la LAM et au décès quelle qu'en soit la cause. La survie sans progression sera analysée par la méthode de Kaplan-Meier.