Klinisk relevans av DNMT- och HDAC-gen-SNP på svaret på decitabinterapi för myelodysplastiskt syndrom

Denna studie kommer att inkludera de patienter som undertecknat formuläret för informerat samtycke bland patienter med MDS som valdes ut att behandlas med Decitabine (del I), plus ytterligare 140 MDS-patienter som en historisk kontroll (del II). Ungefär 68 patienter kommer att inkluderas som uppfyller följande inklusions- och uteslutningskriterier i del I-studien.

Prospektiv insamling av DNA från perifert blod kommer att utföras hos patienter med MDS innan decitabinbehandlingen påbörjas. Vi kommer att utvärdera effekten av decitabinterapi enligt DNMT- eller HDAC-genens SNP:er i termer av följande parametrar: 1) hematolotiskt svar (HR) eller förbättring (HI), eller krav på decitabindos för att uppnå HR eller HI, 2) komplett (CR) ) eller partiell respons (PR), eller krav på decitabindos för att uppnå CR eller PR, och 3) tid till återfall eller progression av MDS.

Genotypning kommer att utföras med Sequenom® iPLEX platform™, enligt tillverkarens instruktioner (www.sequenom.com; Sequenom Inc, San Diego, CA, USA). Helblodsprov kommer att tas enligt Helsingforsdeklarationen. DNA kommer att extraheras med hjälp av Puregene DNA-reningskit (Gentra Systems Inc, Minneapolis, MN, USA). Detektionen av SNP:er kommer att utföras genom analys av primerförlängningsprodukter genererade från tidigare amplifierat genomiskt DNA med hjälp av en Sequenom-chip-baserad matrisassisterad laserdesorption/joniseringstid-of-flight (MALDI-TOF) masspektrometriplattform. Multiplexa SNP-analyser kommer att utformas med programvaran SpectroDesigner (Sequenom). Nittiosex brunnsplattor som innehåller 2,5 ng DNA i varje brunn kommer att amplifieras med PCR enligt specifikationerna för Sequenom. Oinkorporerade nukleotider i PCR-produkten kommer att deaktiveras med användning av alkaliskt fosfatas från räkor. Alleldiskrimineringsreaktioner kommer att utföras genom tillsats av förlängningsprimer(arna), DNA-polymeras och en cocktailblandning av deoxinukleotidtrifosfater och di-deoxinukleotidtrifosfater till varje brunn. MassExtend rent harts (Sequenom) kommer att läggas till blandningen för att avlägsna främmande salter som kan störa MALDI-TOF-analys. Primerförlängningsprodukterna kommer sedan att rengöras och placeras på ett SpectroChip. Genotyper kommer att bestämmas genom att placera en alikvot av varje prov på en 384 SpectroChip (Sequenom), som sedan avläses av MALDI-TOF-masspektrometern.

Alla statistiska test kommer att vara dubbelsidiga med signifikansnivån satt till 0,05 om inte annat anges. De statistiska uppgifterna kommer att erhållas med en SAS version 9.1 (SAS Institute, Cary NC, USA). Följande är slutpunkterna för studien.

1. Utvärderingsdata för primär endpoint

   • Svarsfrekvens: En svarsfrekvens kommer att erhållas och dess konfidensintervall beräknas för att utvärderas genom chi-kvadrattest. Om de huvudsakliga effektmåtten som kan påverka den slutliga utvärderingen måste kontrolleras kommer stratifierad analys (Cochran-Mantel-Haenzel, etc.) att genomföras. Om alla försökspersoners karakteristiska effektmått måste kontrolleras kommer den logistiska regressionsmodellen att användas för analys.

2. Sekundär endpoint utvärderingsdata

   • Total överlevnad: överlevnad kommer att utvärderas från registreringsdagen till döden genom Kaplan-Meier-metoden.
   • Progressionsfri överlevnad: : Tidpunkten för progression från MDS till AML och död oavsett orsak. Progressionsfri överlevnad kommer att analyseras genom Kaplan-Meier-metoden.