臨床感染症におけるメタゲノム配列決定

感染性病原体の診断の進歩は、効果的な方法の開発と適切なバイオマーカーの発見にかかっています。 顕微鏡検査、培養、血清学的診断、分子的アプローチなど、さまざまな病原体の診断に使用されてきたいくつかの種類の方法があります。 ただし、これらの方法には、試薬の単一検出という同様の制限があります。 さらに重要なことに、医師はまれな病原体による感染症をめったに考慮しません。 最近開発されたメタゲノム次世代シーケンス (mNGS) には、従来の診断テストの限界を克服する機能があります。 この新しい技術は、仮説に依存せず、文化に依存しない方法で、単一の実行でサンプルから直接すべての病原体を特定できます。 研究によると、mNGS は、血流、呼吸器、および一般的な感染症などの臨床状態において、従来の培養法よりも感度が高いことが示されています。 さらに重要なことは、偏りのないサンプリングにより、mNGS は理論的に既知の病原体だけでなく、予期しない病原体を特定したり、新しい生物を発見したりすることもできます。 mNGS には、ヒトゲノム汚染や環境微生物汚染の可能性など、いくつかの制限もあります。 mNGS の読み取りの大部分は、人間の宿主に由来します。 これは、病原体検出のための mNGS の全体的な分析感度を妨げます。 ホストの枯渇方法またはターゲット シーケンスは、この欠点を部分的に軽減するのに役立つ場合があります。 mNGS だけでは、検出された微生物が原因病原体であるか環境微生物であるかを定義できなかったため、結果を解釈するには、臨床医、微生物学者、ラボ技術者による学際的な議論が必要です。