Метагеномное секвенирование при клинических инфекционных заболеваниях

Прогресс в диагностике инфекционных возбудителей зависит от разработки эффективных методов и открытия подходящих биомаркеров. Существует несколько видов методов, которые использовались для диагностики различных патогенов, таких как микроскопическое исследование, посев, серологическая диагностика или молекулярные подходы и т. д. Однако эти методы имеют схожие ограничения, то есть однократное обнаружение реагентов. Что еще более важно, врачи редко принимают во внимание инфекции, вызванные редкими патогенами. Недавно разработанное метагеномное секвенирование нового поколения (mNGS) способно преодолеть ограничения традиционных диагностических тестов. Эта новая технология может идентифицировать все патогенные микроорганизмы непосредственно из образца за один прогон, без гипотез и независимо от культуры. Исследования показали, что mNGS более чувствителен, чем традиционный культуральный метод, в клинических условиях, таких как кровоток, респираторные и общие инфекции. Что еще более важно, благодаря беспристрастной выборке mNGS теоретически способна идентифицировать не только известные, но и неожиданные патогены или даже обнаружить новые организмы. Следует отметить, что mNGS также имеет некоторые ограничения, такие как загрязнение генома человека и, возможно, микробное загрязнение окружающей среды. Подавляющее большинство прочтений в mNGS происходит от человека-хозяина. Это может снизить общую аналитическую чувствительность mNGS для обнаружения патогенов. Методы истощения хозяина или целевое секвенирование могут помочь частично смягчить этот недостаток. Поскольку mNGS не может сам по себе определить, является ли обнаруженный микроб возбудителем или микроорганизмом окружающей среды, для интерпретации результата требуется междисциплинарное обсуждение с участием клиницистов, микробиологов, а также лаборантов.