Metagenomische sequentiebepaling bij klinische infectieziekten

Vooruitgang in de diagnose van infectieuze pathogenen hangt af van de ontwikkeling van effectieve methoden en de ontdekking van geschikte biomarkers. Er zijn verschillende soorten methoden die zijn gebruikt bij de diagnose van verschillende pathogenen, zoals microscopisch onderzoek, kweek, serologische diagnose of moleculaire benaderingen, enz. Deze methoden hebben echter vergelijkbare beperkingen, namelijk de enkele detectie van reagentia. Wat nog belangrijker is, is dat artsen zelden denken aan infecties met zeldzame ziekteverwekkers. Recent ontwikkelde metagenomische next-generation sequencing (mNGS) heeft de mogelijkheid om de beperkingen van traditionele diagnostische tests te overwinnen. Deze nieuwe technologie zou alle ziekteverwekkers rechtstreeks uit het monster kunnen identificeren met een enkele run op een hypothesevrije en cultuuronafhankelijke manier. Studies hebben aangetoond dat mNGS gevoeliger is dan de traditionele kweekmethode bij klinische aandoeningen zoals bloedbaan-, luchtweg- en algemene infecties. Wat nog belangrijker is, is dat mNGS door onbevooroordeelde bemonstering theoretisch in staat is om niet alleen bekende maar ook onverwachte ziekteverwekkers te identificeren of zelfs nieuwe organismen te ontdekken. Opgemerkt moet worden dat mNGS ook enkele beperkingen heeft, zoals besmetting van het menselijk genoom en mogelijk microbiële besmetting van het milieu. De overgrote meerderheid van de reads in mNGS is afkomstig van een menselijke gastheer. Dit zou de algehele analytische gevoeligheid van mNGS voor de detectie van ziekteverwekkers belemmeren. Methoden voor het uitputten van de gastheer of gerichte sequencing kunnen dit nadeel gedeeltelijk helpen verminderen. Aangezien mNGS op zichzelf niet kon bepalen of de gedetecteerde microbe de veroorzakende ziekteverwekker of het omgevingsmicro-organisme is, is een multidisciplinaire discussie door clinici, microbiologen en de laboratoriumtechnici vereist om het resultaat te interpreteren.