Genetische analyses van niet-syndromale en syndromale doofheid in Pakistan

Doelstelling: Een van de doelstellingen van deze studie is het genetisch in kaart brengen en identificeren van gemuteerde genen voor menselijk erfelijk gehoorverlies. Een tweede doel is om met behulp van muismodellen de functie van deze genen in het gehoorsysteem te bestuderen. Menselijk erfelijk gehoorverlies is het gevolg van abnormale oorontwikkeling, abnormale oorfunctie of beide. Hoewel de genen voor talloze loci voor doofheid in kaart zijn gebracht en geïdentificeerd, zijn er nog steeds veel families die doofheid scheiden als een monogene eigenschap, maar een gemuteerd allel kan niet worden toegeschreven aan een van de momenteel gerapporteerde doofheidsgenen. Om nieuwe gemuteerde genen geassocieerd met gehoorverlies bij mensen in kaart te brengen en te identificeren, zullen we doorgaan met het vaststellen van grote families die syndromale en niet-syndromale doofheid scheiden als een monogene eigenschap.

Studiepopulatie: deze studie zal proefpersonen uit bloedverwante Pakistaanse families vaststellen die gehoorverlies scheiden dat bestaat uit zowel niet-syndromale als syndromale vormen van doofheid van genetische etiologie. Aangezien de meerderheid van de Pakistaanse huwelijken tussen neven en nichten is, brengt dit vaak dezelfde recessieve mutaties voor gehoorverlies samen met meerdere getroffen individuen binnen enkele familielijnen, wat een voordeel is voor deze genetische studie. Een paar jaar geleden zijn we gestopt met het vaststellen van families in India. We blijven zowel getroffen als onaangetaste Pakistaanse familieleden vanaf de leeftijd van 2 jaar vaststellen. Volwassenen geven geïnformeerde toestemming voor zowel zichzelf als hun kinderen die ermee instemmen om aan dit onderzoek deel te nemen. We zullen beide geslachten en alle Pakistaanse rassen en etniciteiten vaststellen.

Ontwerp: Onderwerpen worden gescreend en goedgekeurd door onze samenwerkende Associate Investigator in Pakistan. Na toestemming ondergaan de proefpersonen een anamnese en fysieke, audiologische beoordeling en testen, vestibulaire beoordeling en testen, en bloed- en urineanalysetests, samen met een bloedmonster of buccaal uitstrijkje dat zal worden gebruikt voor genomische DNA-extractie. Probands op het moment van vaststelling worden aanvankelijk verondersteld een vorm van niet-syndromale doofheid te hebben. Aanvullende tests kunnen worden uitgevoerd, afhankelijk van de geschiedenis of het fysieke van het individu of nadat het doofheidsgen is geïdentificeerd. Gegevens uit functionele onderzoeken in diermodellen kunnen ook wijzen op andere bijkomende klinische kenmerken naast gehoorverlies. Deze aanvullende tests kunnen bestaan ​​uit: foto's of videobanden van het lichaam en gezicht van een proefpersoon; oog- en gezichtsonderzoeken voor mensen met vermoedelijke of bekende problemen met het gezichtsvermogen die verband houden met hun genetische gehoorverliesmutaties, en ECG's en/of echocardiogrammen voor mensen met vermoedelijke of bekende hartproblemen die verband houden met hun genetische gehoorverliesmutaties. Urine- en bloedanalyses kunnen worden aangevraagd voor personen met genetische nefritische problemen of onvruchtbaarheid. Wanneer bijvoorbeeld bij een dove vrouw in een familie later wordt ontdekt dat ze het syndroom van Perrault heeft, een recessieve aandoening die wordt gekenmerkt door gehoorverlies (meestal de eerste manifestatie) en ovariële dysgenese/primaire amenorroe, zouden aanvullende evaluaties worden uitgevoerd voor een definitieve diagnose van Perrault-syndroom. Een dergelijke evaluatie omvat een echografie van het bekken en metingen van serumoestrogeen en gonadotropines. Evenzo kan in sommige van deze families aan slechthorende mannen worden gevraagd naar hun vruchtbaarheid, aangezien de mogelijkheid van mannelijke onvruchtbaarheid in families die het Perrault-syndroom scheiden, een open vraag blijft. Voor genetische analyses zal genomisch DNA geëxtraheerd uit een bloedmonster of een monduitstrijkje van aangetaste en niet-aangetaste leden van families die erfelijk gehoorverlies scheiden, genetisch worden gescreend met polymorfe markers (STR's of SNP's) voor koppeling met de bekende loci voor doofheid. Het gehoorfenotype van kinderen (> 2 jaar oud), adolescenten en volwassen proefpersonen zal worden toegewezen op basis van de prestaties van audiologische onderzoeken. Genomisch DNA van families waarvan is vastgesteld dat doofheid niet gekoppeld is aan de bekende loci voor doofheid, zal vervolgens worden gebruikt in genoombrede schermen met ongeveer 950.000 SNP-markers verdeeld over het gehele menselijke genoom om nieuwe loci voor doofheid te identificeren. Als alternatief zullen DNA-monsters van getroffen en niet-aangetaste individuen hele exome-sequencing (WES) of hele genoom-sequencing (WGS) ondergaan, met de nadruk op potentieel pathogene varianten die zich alleen in chromosomale gebieden van markers bevinden die genetisch zijn gekoppeld aan doofheid. Vervolgens zullen nieuwe doofheidsgenen positioneel worden geïdentificeerd en hun functies worden bestudeerd.

Uitkomstmaten: Nieuwe loci voor doofheid en genen geassocieerd met gehoorverlies zullen worden geïdentificeerd en zullen nieuwe inzichten verschaffen in de mechanismen die nodig zijn voor geluidstransductie bij mensen. Gegevens uit deze studie zullen waarschijnlijk de basis vormen van commercieel verkrijgbare tests voor vroege diagnose en tijdige erfelijkheidsadvisering voor paren die risico lopen, evenals de ontwikkeling van strategieën om het gehoor te behouden en gehoorverlies te voorkomen....