Deze pagina is automatisch vertaald en de nauwkeurigheid van de vertaling kan niet worden gegarandeerd. Raadpleeg de Engelse versie voor een brontekst.

Onderzoek naar de genetische en omgevingsoorzaken van autisme: een multicenteronderzoek (ASD-Omics-TR)

24 oktober 2024 bijgewerkt door: Research and Treatment Society of Genetic Disorders

Een multi-center multi-omics-aanpak voor het onderzoeken van genetische en epigenetische mechanismen bij autismespectrumstoornissen

Het doel van deze observationele studie is het onderzoeken van de genetische en epigenetische mechanismen die kunnen bijdragen aan de ontwikkeling van autismespectrumstoornis (ASS) bij individuen van verschillende leeftijdsgroepen. Het onderzoek heeft tot doel te onderzoeken hoe genetische varianten en omgevingsfactoren op elkaar inwerken om het risico op ASS te beïnvloeden.

De belangrijkste vragen die het wil beantwoorden zijn:

  • Welke genetische varianten zijn het sterkst geassocieerd met de ontwikkeling van ASS?
  • Hoe beïnvloeden omgevingsfactoren, zoals prenatale blootstelling, deze genetische risico's?
  • Kan de combinatie van genetische en epigenetische gegevens de vroege detectie- of interventiestrategieën voor ASS verbeteren?

Deelnemers zullen:

  • Zorg voor biologische monsters voor genetische en epigenetische analyse.
  • Vul gedetailleerde vragenlijsten in over blootstelling aan het milieu en familiegeschiedenis.
  • Neem deel aan klinische beoordelingen om de ernst van ASS-symptomen te evalueren.

Onderzoekers zullen genetische en omgevingsgegevens vergelijken tussen individuen met ASS en mensen zonder de stoornis om te begrijpen hoe deze factoren kunnen bijdragen aan het risico op ASS. Deze multicentrische studie zal plaatsvinden aan verschillende universiteiten en ziekenhuizen in Türkiye, waarbij de nadruk zal liggen op de mogelijke wisselwerking tussen erfelijke genetische factoren en omgevingsinvloeden.

Studie Overzicht

Toestand

Nog niet aan het werven

Conditie

Gedetailleerde beschrijving

Inleiding tot het project Het project vertegenwoordigt een innovatieve, multicentrische studie gericht op het onderzoeken van de genetische, epigenetische en omgevingsonderbouwing van autismespectrumstoornis (ASS). ASS is een complexe neurologische ontwikkelingsstoornis die zich doorgaans in de vroege kinderjaren manifesteert en individuen op verschillende manieren treft, vooral in sociale communicatie en gedrag. De stoornis wordt gekenmerkt door aanzienlijke variabiliteit in de ernst en presentatie van de symptomen tussen individuen. Ondanks jaren van onderzoek blijven de moleculaire mechanismen die het ontstaan ​​en de progressie van ASS aansturen ongrijpbaar, wat diagnose en behandeling uitdagend maakt.

Dit onderzoek heeft tot doel deze leemte op te vullen door een multi-omics-aanpak te gebruiken om de biologische, genetische en omgevingsfactoren die bijdragen aan ASS beter te begrijpen. Door de integratie van genomische, epigenomische en transcriptomische gegevens probeert het project moleculaire kenmerken en interacties bloot te leggen die de variabiliteit in de presentatie en de ernst van ASS kunnen verklaren. Bovendien heeft de studie tot doel potentiële biomarkers te identificeren die kunnen leiden tot een eerdere diagnose, betere prognose en meer gepersonaliseerde behandelingsopties.

Het onderzoek zal worden uitgevoerd in meerdere onderzoekscentra, met een gestructureerde en goed gecoördineerde aanpak van gegevensverzameling, monsterverwerking en analyse. Dit multidisciplinaire project brengt een scala aan expertise samen, waaronder genetica, bio-informatica, klinische psychiatrie en datawetenschap, en zorgt ervoor dat alle aspecten van het onderzoek met wetenschappelijke nauwkeurigheid en precisie worden benaderd. Door monsters van personen met ASS te analyseren, zal het project nieuwe inzichten verschaffen in de genetische en epigenetische factoren die betrokken zijn bij ASS, terwijl ook de potentiële invloed van omgevingsfactoren wordt onderzocht.

Multidepartementale structuur en projectintegriteit Het project is georganiseerd in meerdere gespecialiseerde afdelingen, elk met een specifieke rol bij het handhaven van de integriteit van het onderzoek en het garanderen dat alle onderzoeksactiviteiten volgens de hoogste normen worden uitgevoerd. Deze structuur maakt een naadloze samenwerking tussen afdelingen mogelijk en zorgt ervoor dat alle gegevens met de grootst mogelijke nauwkeurigheid worden verzameld, verwerkt en geanalyseerd.

Algemene coördinatie en toezicht Op het hoogste niveau wordt het project beheerd door een algemene coördinator die toezicht houdt op alle aspecten van het onderzoek. Deze coördinator zorgt ervoor dat elke afdeling zich houdt aan de doelstellingen en tijdlijn van het project, waardoor de communicatie tussen teams wordt bevorderd en de integratie van klinische, genetische en epigenetische gegevens wordt vergemakkelijkt. Coördinatie zorgt ervoor dat eventuele uitdagingen die zich in de loop van het onderzoek voordoen, snel worden aangepakt en dat het project op koers blijft om zijn doelstellingen te bereiken.

De rol van de algemene coördinator is van cruciaal belang om de integratie van de multi-omics-gegevens van de verschillende onderzoekscentra te garanderen. De coördinator speelt ook een sleutelrol bij de interpretatie van gegevens en werkt nauw samen met de data-analyseteams om ervoor te zorgen dat de bevindingen samenhangend en betekenisvol zijn. Regelmatige updates worden tussen afdelingen gedeeld om de afstemming op de overkoepelende onderzoeksdoelen van het project te behouden.

Klinische activiteiten: eenheden voor volwassenen en kinderen De klinische activiteiten van het project zijn verdeeld in twee hoofdsectoren: volwassenen en kinderen. Elke sector wordt beheerd door een toegewijd team dat toezicht houdt op de klinische centra die verantwoordelijk zijn voor de gegevensverzameling. Deze klinische centra bevinden zich verspreid over verschillende regio's, waardoor het project een breed en divers scala aan klinische gegevens kan verzamelen van personen met de diagnose ASS.

Elk klinisch centrum volgt gestandaardiseerde protocollen voor het verzamelen van gegevens, zodat alle patiëntgegevens op een uniforme en consistente manier worden verzameld. Het gegevensverzamelingsproces omvat het gebruik van internationaal erkende diagnostische hulpmiddelen, waaronder het Autism Diagnostic Observation Schedule (ADOS) en de Social Communication Questionnaire (SCQ). Deze hulpmiddelen zijn essentieel voor het diagnosticeren van ASS en voor het evalueren van de ernst van de symptomen.

De klinische operaties omvatten ook het verzamelen van sociaaldemografische gegevens, ontwikkelingsgeschiedenissen en informatie over comorbide aandoeningen. Deze gegevens worden verzameld door middel van vragenlijsten en klinische interviews, uitgevoerd door opgeleide beroepsbeoefenaren in de gezondheidszorg. Het verzamelen van deze uitgebreide dataset is van cruciaal belang voor het begrijpen van de klinische heterogeniteit van ASS en voor het correleren van klinische symptomen met genetische en omgevingsgegevens.

Genetische en omics-afdelingen De genetische en omics-afdelingen vormen de kern van het project en leveren de moleculaire gegevens die zullen worden gebruikt om de genetische en epigenetische mechanismen bloot te leggen die ASS aandrijven. De divisie houdt toezicht op de verzameling, verwerking en analyse van biologische monsters, waaronder veneus bloed en neusuitstrijkjes verkregen van studiedeelnemers.

Monsterverzameling en -verwerking De biologische monsters verzameld van deelnemers ondergaan een rigoureus en gestandaardiseerd proces van nucleïnezuurextractie. Dit proces, beheerd door de nucleïnezuurextractie- en zuiveringsteams, omvat het isoleren van hoogwaardig DNA en RNA uit de bloed- en neusuitstrijkjes. Deze monsters zijn essentieel voor stroomafwaartse sequencing en analyses. De kwaliteit van het geëxtraheerde DNA en RNA is van cruciaal belang, omdat eventuele onzuiverheden of degradatie de nauwkeurigheid van de genetische en epigenetische analyses kunnen beïnvloeden.

Eenmaal geëxtraheerd worden de DNA- en RNA-monsters onderworpen aan meerdere kwaliteitscontroles. Op deze controles wordt toezicht gehouden door de kwaliteitscontrole- en opslagteams, die ervoor zorgen dat de nucleïnezuren voldoen aan de vereiste normen voor sequencing. Monsters die de kwaliteitscontroles doorstaan, worden onder optimale omstandigheden opgeslagen, waarbij hun integriteit behouden blijft totdat ze klaar zijn om te worden gesequenced.

Genomische analyse De genomische analyse van DNA-monsters begint met Whole Genome Sequencing (WGS), een uitgebreide techniek waarmee onderzoekers de volledige genetische code van elke deelnemer kunnen onderzoeken. WGS maakt de identificatie mogelijk van een breed scala aan genetische varianten, waaronder single nucleotide polymorphisms (SNPs), copy number variaties (CNVs), inserties en deleties (InDels) en structurele varianten. Deze varianten worden geëvalueerd om hun potentiële bijdrage aan ASS te bepalen.

Een van de belangrijkste analyses die binnen de genomische divisie wordt uitgevoerd, is de genoombrede associatiestudie (GWAS). GWAS wordt gebruikt om genetische varianten te identificeren die significant geassocieerd zijn met ASS, door de frequentie van varianten te vergelijken tussen individuen met ASS en mensen zonder de stoornis. Deze analyse is vooral nuttig voor het identificeren van veel voorkomende genetische varianten die kunnen bijdragen aan het ASS-risico.

Naast GWAS voert het project ook kwantitatieve trait locus (QTL)-analyse uit. QTL-analyse onderzoekt hoe genetische varianten kwantitatieve kenmerken beïnvloeden die verband houden met ASS, zoals de ernst van de symptomen, cognitief functioneren of ontwikkelingsmijlpalen. Dit type analyse helpt de genetische basis voor fenotypische variabiliteit bij ASS op te helderen en identificeert specifieke varianten die kunnen bijdragen aan verschillen in symptoompresentatie.

Epigenetische analyse De epigenetische component van het project richt zich op de manier waarop omgevingsfactoren de genexpressie beïnvloeden en bijdragen aan het risico op ASS. DNA-methylatie is een van de belangrijkste epigenetische mechanismen die in dit project worden bestudeerd. Met behulp van Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) analyseren onderzoekers DNA-methylatiepatronen over het hele genoom. WGBS wordt beschouwd als de gouden standaard voor DNA-methylatieanalyse met hoge resolutie, waardoor de identificatie van methylatieveranderingen mogelijk is die verband houden met ASS.

Differentieel gemethyleerde regio's (DMR's) zijn genomische regio's waar de methyleringsniveaus verschillen tussen individuen met ASS en niet-aangetaste controles. Door deze DMR's te identificeren, kunnen onderzoekers specifieke genomische regio's lokaliseren waar omgevingsfactoren de genexpressie bij personen met ASS kunnen beïnvloeden.

Bovendien wordt in deze studie allelspecifieke methylering (ASM) onderzocht. ASM-analyse onderzoekt hoe methylatiepatronen verschillen tussen de twee kopieën van een gen dat van elke ouder is geërfd. Deze analyse helpt onderzoekers begrijpen hoe genetische en epigenetische factoren op elkaar inwerken om de genexpressie te beïnvloeden en bij te dragen aan het ASS-risico.

Als onderdeel van de epigenetische analyse zal m-QTL-analyse (methylation kwantitatieve trait loci) worden uitgevoerd om de relatie tussen genetische varianten en DNA-methylatiepatronen over het hele genoom te onderzoeken. m-QTL's zijn genomische loci waar variaties in de DNA-sequentie geassocieerd zijn met verschillen in DNA-methylatieniveaus. Door deze loci te identificeren, wil het project ontdekken hoe genetische variatie de epigenetische regulatie beïnvloedt en, vervolgens, hoe deze interacties kunnen bijdragen aan het risico op het ontwikkelen van ASS. Deze analyse zal waardevolle inzichten opleveren in de wisselwerking tussen genetische en epigenetische factoren, waardoor de moleculaire mechanismen die ten grondslag liggen aan ASS kunnen worden opgehelderd. Bovendien kunnen m-QTL's dienen als potentiële biomarkers voor het begrijpen van de omgevingsmodulatie van genetische gevoeligheid bij personen met ASS.

De epigenetische gegevens worden ook geïntegreerd met genetische gegevens om epigenoombrede associatiestudies (EWAS) uit te voeren. EWAS onderzoekt hoe DNA-methylatiepatronen correleren met ASS, met als doel methylatiekenmerken te identificeren die zouden kunnen dienen als biomarkers voor de stoornis. Deze analyses zijn essentieel om te begrijpen hoe blootstelling aan het milieu, zoals prenatale stress, toxines of de gezondheid van moeders, het risico op ASS kan beïnvloeden via epigenetische mechanismen.

Transcriptomische analyse De transcriptomische analyse richt zich op het begrijpen hoe genexpressie verschilt tussen individuen met ASS en mensen zonder de stoornis. RNA-sequencing (RNA-seq) wordt gebruikt om de niveaus van genexpressie in zowel bloed- als neusuitstrijkjes te meten. RNA-seq biedt een uitgebreid overzicht van het transcriptoom, dat de volledige reeks RNA-transcripten vertegenwoordigt die op een bepaald moment in een cel of weefsel aanwezig zijn.

De RNA-seq-gegevens worden gebruikt om differentiële genexpressie (DGE)-analyse uit te voeren, die genen identificeert die ofwel opgereguleerd ofwel gedownreguleerd zijn bij personen met ASS. Deze analyse helpt bij het blootleggen van de moleculaire routes die verstoord zijn bij ASS en benadrukt potentiële biomarkers die kunnen worden gebruikt voor vroege diagnose of behandeling.

Naast het identificeren van differentieel tot expressie gebrachte genen, worden de transcriptomische gegevens gebruikt om routeanalyse uit te voeren. Pathway-analyse onderzoekt hoe veranderingen in genexpressie biologische processen en cellulaire functies beïnvloeden. Deze analyse kan belangrijke trajecten identificeren die mogelijk verstoord zijn bij ASS, waardoor inzicht wordt verkregen in de biologische mechanismen die ten grondslag liggen aan de stoornis.

Door de genexpressieprofielen van zowel bloed- als neusuitstrijkjes te vergelijken, kunnen onderzoekers weefselspecifieke expressiepatronen identificeren. Deze vergelijking biedt een genuanceerder inzicht in de moleculaire verschillen tussen weefsels en kan weefselspecifieke biomarkers voor ASS aan het licht brengen.

eQTL-analyse (Expression Quantitative Trait Loci).

Naast m-QTL-analyse zal de integratie van eQTL-analyse (expression kwantitatieve trait loci) het project in staat stellen genetische varianten te identificeren die de genexpressieniveaus beïnvloeden. eQTL's zijn loci waar genetische variaties gecorreleerd zijn met veranderingen in genexpressie. Door eQTLs te analyseren kan de studie onderzoeken hoe specifieke genetische varianten de transcriptie van genen gerelateerd aan ASS beïnvloeden. Deze aanpak helpt bij het blootleggen van regulerende routes en gennetwerken die bijdragen aan de variabiliteit in ASS-symptomen. De integratie van eQTL-analyse met transcriptomische gegevens (zoals RNA-Seq) biedt een genuanceerd inzicht in hoe genetische risicofactoren de genexpressie veranderen en uiteindelijk de fenotypische manifestatie van ASS beïnvloeden.

Epitranscriptomische analyse

Naast de studie van DNA en RNA door middel van genomica en transcriptomics, onderzoekt epitranscriptomics post-transcriptionele modificaties van RNA, zoals N6-methyladenosine (m6A). Deze RNA-modificaties kunnen de stabiliteit, splitsing, transport en translatie van mRNA beïnvloeden, waardoor de eiwitproductie en celfunctie worden beïnvloed. Het opnemen van epitranscriptomische analyse als onderdeel van de RNA-Seq-workflow zal inzicht bieden in hoe RNA-modificaties verschillen bij ASS-patiënten, waardoor een extra laag van genregulatie ontstaat die bijdraagt ​​aan de complexiteit van ASS. Dit onderzoek zou nieuwe epitranscriptomische biomarkers voor ASS kunnen blootleggen, wat diepte zou toevoegen aan de verkenning van genregulatie op RNA-niveau.

Data-integratie en bio-informatica De integratie van de genomische, epigenomische en transcriptomische gegevens is een sleutelcomponent van het project. De bio-informatica- en data-analyseteams zijn verantwoordelijk voor het verwerken en analyseren van de enorme hoeveelheden gegevens die door de omics-divisies worden gegenereerd. Dit omvat het gebruik van geavanceerde bio-informatica-instrumenten en statistische modellen om de gegevens te integreren en betekenisvolle patronen bloot te leggen.

De geïntegreerde dataset wordt onderworpen aan multivariate regressiemodellen, die de interacties tussen genetische varianten, epigenetische modificaties en genexpressieniveaus onderzoeken. Deze modellen worden gebruikt om te identificeren hoe deze factoren gezamenlijk bijdragen aan het risico op ASS en de ernst van de symptomen. Door zowel genetische als omgevingsgegevens te integreren, kunnen de modellen ook gen-omgevingsinteracties onderzoeken die een rol kunnen spelen bij de ontwikkeling van ASS.

Netwerkanalyse is een ander belangrijk hulpmiddel dat door het bio-informaticateam wordt gebruikt. Deze techniek visualiseert de interacties tussen genen, eiwitten en regulerende elementen, waardoor onderzoekers belangrijke genen en routes kunnen identificeren die mogelijk betrokken zijn bij ASS. Netwerkanalyse helpt ook om genregulerende netwerken bloot te leggen die mogelijk verstoord zijn bij personen met ASS, waardoor inzicht wordt verkregen in de moleculaire mechanismen die de stoornis aandrijven.

Het project maakt ook gebruik van machine learning (ML) en kunstmatige intelligentie (AI)-algoritmen om de gegevens te analyseren. Deze voorspellende modellen zijn ontworpen om artsen te helpen bij het nemen van gepersonaliseerde behandelbeslissingen op basis van het moleculaire profiel van elke patiënt. AI-modellen kunnen bijvoorbeeld worden gebruikt om de ernst van ASS-symptomen te voorspellen op basis van genetische, epigenetische en klinische gegevens, waardoor meer gerichte interventies mogelijk zijn.

Hi-C- en in-silico-analyse:

Terwijl traditionele Hi-C-analyse vaak gebruik maakt van crosslinkers om chromatine-interacties over lange afstand vast te leggen, zal dit project een aparte aanpak volgen door af te zien van het gebruik van crosslinkers om specifieke DNA-fragmenten te koppelen. In plaats daarvan zullen de chromatine-interactiegegevens worden afgeleid en opnieuw worden bekeken in-silico post-data-integratie. Door de 3D-chromatine-architectuur computationeel te analyseren, zal het project tot doel hebben ruimtelijke chromatine-interacties te identificeren die bijdragen aan de regulatie van ASS-geassocieerde genen.

Deze post-integratiebenadering maakt de identificatie mogelijk van regulerende elementen, zoals versterkers en promoters, die interageren met verre genomische regio's in de context van ASS. De gegevens gegenereerd uit de genomische, epigenomische en transcriptomische analyses zullen worden geïntegreerd om chromatine-interactiepatronen te onthullen die de genexpressie beïnvloeden, met name die geassocieerd met ASS-pathologie. Deze strategie zal een flexibeler en verfijnder begrip van de 3D-genoomorganisatie mogelijk maken zonder de beperkingen die worden opgelegd door op crosslinker gebaseerde methoden.

ChIP-Seq en in-Silico epigenetische pathogeneseanalyse:

Naast het in kaart brengen van chromatine-interacties zullen ChIP-Seq-gegevens worden gebruikt voor analyse van epigenetische pathogenese. Door in-silico-analyse van ChIP-Seq-resultaten uit te voeren, zal het project histon-modificaties en transcriptiefactor-bindingsplaatsen identificeren die betrokken zijn bij de regulatie van genexpressie bij ASS. Deze techniek zal helpen bij het ophelderen van de rol van specifieke epigenetische kenmerken, zoals histonacetylering en methylering, in de ontregeling van ASS-geassocieerde genen.

De integratie van ChIP-Seq-gegevens met andere omics-gegevens, waaronder DNA-methylatie (WGBS) en RNA-Seq-expressieprofielen, zal een uitgebreid beeld geven van de regulerende netwerken die ASS aansturen. Hierdoor kunnen onderzoekers specifieke regulerende mechanismen opsporen, zoals veranderde transcriptiefactoractiviteit of veranderingen in de toegankelijkheid van chromatine, die kunnen bijdragen aan het ontstaan ​​of de ernst van ASS-symptomen. In-silico-analyse van de ChIP-Seq-resultaten zal dus dienen als een krachtig hulpmiddel voor het begrijpen van het epigenetische landschap dat geassocieerd is met ASS-pathogenese.

Het project kan zijn analyse verder verbeteren door polygene risicoscores (PRS) te berekenen, die het cumulatieve effect van talrijke genetische varianten met kleine effecten op het risico op het ontwikkelen van ASS kwantificeren. Door gegevens uit duizenden genetische varianten samen te voegen, kan PRS de algehele genetische aanleg van een individu voor ASS voorspellen. Deze scores kunnen vervolgens worden gecorreleerd met klinische en fenotypische gegevens om beter te begrijpen hoe genetisch risico zich vertaalt in waarneembare symptomen. PRS kan ook worden geïntegreerd met omgevings- en epigenetische gegevens om de interacties tussen genen en omgeving te onderzoeken, waardoor een alomvattend model van gevoeligheid voor ASS ontstaat.

Kwaliteitscontrole en naleving Het handhaven van de integriteit van het project is van het allergrootste belang, en dit wordt bereikt door middel van strenge kwaliteitscontrolemaatregelen en een alomvattend nalevingskader. Het project omvat verschillende afdelingen die ervoor moeten zorgen dat alle onderzoeksactiviteiten voldoen aan ethische richtlijnen en wettelijke normen.

De afdeling risicobeheer speelt een cruciale rol bij het identificeren en beperken van potentiële risico's die de integriteit van het onderzoek in gevaar kunnen brengen. Deze afdeling werkt nauw samen met de interne audit- en ethische compliance-teams om ervoor te zorgen dat alle onderzoeksactiviteiten voldoen aan ethische normen, zoals de Verklaring van Helsinki en nationale regelgeving voor de bescherming van persoonsgegevens.

De kwaliteitscontroleteams zijn verantwoordelijk voor het bewaken van de kwaliteit van de biologische monsters en zorgen ervoor dat alle gegevens accuraat en betrouwbaar zijn. Deze teams voeren regelmatig audits uit en implementeren indien nodig corrigerende en preventieve acties (CAPA) om eventuele problemen aan te pakken die zich tijdens het onderzoek voordoen.

De documentatie- en archiveringsafdeling is verantwoordelijk voor het beheer van alle projectgegevens, inclusief auditrapporten, logboeken voor gegevensoverdracht en nalevingsgegevens. Deze afdeling zorgt ervoor dat alle projectgerelateerde documentatie veilig wordt opgeslagen en gemakkelijk toegankelijk is voor beoordeling, wat transparantie en verantwoording mogelijk maakt.

Het project omvat ook een inkoop- en supply chain managementteam, dat ervoor verantwoordelijk is dat alle benodigde materialen, apparatuur en reagentia tijdig worden aangeschaft. Dit team beheert de logistiek van de materiaaloverdrachten en zorgt ervoor dat alle leveringen aan de vereiste kwaliteitsnormen voldoen.

Ethische overwegingen en veiligheid van deelnemers De veiligheid en privacy van deelnemers zijn van cruciaal belang bij de uitvoering van het onderzoek. Alle deelnemersgegevens worden geanonimiseerd en veilig opgeslagen om de vertrouwelijkheid ervan te beschermen. Het project houdt zich aan zowel nationale als internationale regelgeving met betrekking tot de bescherming van persoonsgegevens en zorgt ervoor dat de rechten van deelnemers te allen tijde worden gerespecteerd.

Van alle deelnemers wordt geïnformeerde toestemming verkregen voordat zij aan het onderzoek deelnemen. Deelnemers krijgen gedetailleerde informatie over de doelstellingen, procedures en potentiële risico's van het onderzoek. Ze worden ook geïnformeerd over hun recht om zich op elk moment en zonder boete terug te trekken uit het onderzoek.

Het onderzoek heeft ethische goedkeuring gekregen van de relevante nationale ethische commissies, waardoor wordt gegarandeerd dat alle onderzoeksactiviteiten voldoen aan de vastgestelde ethische richtlijnen. Er worden regelmatig audits uitgevoerd om ervoor te zorgen dat alle procedures correct worden gevolgd en dat eventuele ethische problemen onmiddellijk worden aangepakt.

Gegevensintegratie en visualisatie Na voltooiing van het onderzoek zullen alle gegevens van de genomische, epigenomische en transcriptomische analyses worden geïntegreerd en gevisualiseerd met behulp van de modernste bio-informatica-instrumenten. De geïntegreerde dataset zal een uitgebreid beeld geven van de moleculaire mechanismen die ten grondslag liggen aan ASS, waardoor onderzoekers belangrijke biomarkers en potentiële therapeutische doelen kunnen identificeren.

De geïntegreerde gegevens zullen worden gepresenteerd via verschillende visualisatietechnieken, zoals heatmaps, netwerkkaarten en trajectdiagrammen. Deze visualisaties zullen onderzoekers helpen de gegevens te interpreteren en betekenisvolle conclusies te trekken over de biologische processen die betrokken zijn bij ASS.

Conclusie Dit project is een baanbrekend onderzoek op het gebied van ASS-onderzoek, waarbij gebruik wordt gemaakt van een multi-omics-benadering om de genetische, epigenetische en omgevingsfactoren bloot te leggen die bijdragen aan de stoornis. De multidisciplinaire structuur van het project, met toegewijde teams voor klinische operaties, data-analyse, kwaliteitscontrole en compliance, zorgt ervoor dat het onderzoek wordt uitgevoerd met het hoogste niveau van wetenschappelijke nauwkeurigheid.

Door genomische, epigenomische en transcriptomische gegevens te integreren, wil het project nieuwe inzichten verschaffen in de moleculaire mechanismen die ten grondslag liggen aan ASS en potentiële biomarkers voor diagnose en behandeling identificeren. De bevindingen uit dit onderzoek kunnen de weg vrijmaken voor gepersonaliseerde geneeskundebenaderingen van ASS, waardoor de levenskwaliteit van personen die door de stoornis getroffen zijn, verbetert.

Studietype

Observationeel

Inschrijving (Geschat)

3000

Contacten en locaties

In dit gedeelte vindt u de contactgegevens van degenen die het onderzoek uitvoeren en informatie over waar dit onderzoek wordt uitgevoerd.

Studiecontact

Studie Contact Back-up

Studie Locaties

  • Kalkoen
      • Afyonkarahisar, Kalkoen
        • Afyonkarahisar University of Health Sciences, Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Contact:
        • Contact:
          • Aziz Kara, MD.
      • Ankara, Kalkoen
        • Ankara Başkent University, Department of Psychiatry
        • Contact:
        • Contact:
          • Yasemin Hoşgören Alıcı, MD.
      • Ankara, Kalkoen
        • Ankara Gazi Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Contact:
        • Contact:
          • Yasemin Taş Torun, MD.
      • Ankara, Kalkoen
        • Ankara SBÜ Gülhane Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Contact:
        • Contact:
          • Mehmet Ayhan Cöngöloğlu, MD.
      • Bursa, Kalkoen
        • Bursa Uludağ University, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Contact:
        • Contact:
          • Caner Mutlu, MD.
      • Denizli, Kalkoen
        • Denizli Pamukkale University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Contact:
        • Contact:
          • Bürge Kabukçu Başay, MD.
      • Erzurum, Kalkoen
        • Erzurum Atatürk University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Contact:
        • Contact:
          • Esen Yıldırım Demirdöğen, MD.
      • Gaziantep, Kalkoen
        • Gaziantep University, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Contact:
        • Contact:
          • Mehmet Karadağ, MD.
      • Giresun, Kalkoen
        • Giresun University, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Contact:
        • Contact:
          • Bedia Sultan Önal, MD.
      • Istanbul, Kalkoen
        • Istanbul Cerrahpasa Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Contact:
        • Contact:
          • Mahmut Cem Tarakçıoğlu, MD.
      • Istanbul, Kalkoen
        • Istanbul Medeniyet University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Contact:
        • Contact:
          • Alperen Bıkmazer, MD.
      • Istanbul, Kalkoen
        • Istanbul Medeniyet University, Department of Psychiatry
        • Contact:
        • Contact:
          • Aynur Görmez, MD.
      • Istanbul, Kalkoen
        • Istanbul Çam and Sakura City Hospital, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Contact:
        • Contact:
          • Yasin Çalışkan, MD.
      • Izmir, Kalkoen
        • Izmir Katip Çelebi Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Contact:
        • Contact:
          • Gonca Özyurt, MD.
      • Konya, Kalkoen
        • Konya Necmettin Erbakan University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Contact:
        • Contact:
          • Ömer Faruk Akça, MD.
      • Konya, Kalkoen
        • Konya Selcuk University Faculty of Medicine, Department of Medical Genetics
        • Contact:
        • Contact:
        • Contact:
          • ÖZKAN BAĞCI, Ph.D.
        • Contact:
          • Ali TORABI, MD.,Ph.D.
        • Contact:
          • EBRU MARZİOĞLU ÖZDEMİR, MD.
      • Trabzon, Kalkoen
        • Trabzon Karadeniz Technical University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Contact:
        • Contact:
          • Esra Hoşoğlu, MD.
      • Şanlıurfa, Kalkoen
        • Şanlıurfa Harran University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Contact:
        • Contact:
          • Fethiye Kılıçaslan, MD.
    • Selçuklu
      • Konya, Selçuklu, Kalkoen, 42250
        • Konya Selcuk University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Contact:
        • Contact:
          • Hasan Ali Güler, MD.
      • Konya, Selçuklu, Kalkoen, 42250
        • Konya Selcuk University Faculty of Medicine, Department of Psychiatry
        • Contact:
        • Contact:
          • ALİ KANDEĞER, MD.

Deelname Criteria

Onderzoekers zoeken naar mensen die aan een bepaalde beschrijving voldoen, de zogenaamde geschiktheidscriteria. Enkele voorbeelden van deze criteria zijn iemands algemene gezondheidstoestand of eerdere behandelingen.

Geschiktheidscriteria

Leeftijden die in aanmerking komen voor studie

  • Kind
  • Volwassen
  • Oudere volwassene

Accepteert gezonde vrijwilligers

Ja

Bemonsteringsmethode

Niet-waarschijnlijkheidssteekproef

Studie Bevolking

De onderzoekspopulatie zal bestaan ​​uit personen bij wie de diagnose autismespectrumstoornis (ASS) is gesteld of die autisme-achtige kenmerken vertonen, geselecteerd uit klinische centra die gespecialiseerd zijn in neurologische ontwikkelingsstoornissen. De populatie zal ook een gezonde controlegroep omvatten, afgestemd op leeftijd, geslacht en sociaal-demografische variabelen, gerekruteerd uit de algemene gemeenschap. Het ASS-cohort zal deelnemers omvatten op een reeks functionele niveaus, van hoogfunctionerend tot laagfunctionerend autisme, evenals mensen met ontwikkelingsprofielen en comorbide aandoeningen. De controles zullen vrij zijn van psychiatrische of neurologische diagnoses en chronische aandoeningen.

Beschrijving

- Inclusiecriteria: Autismespectrumstoornis (ASS) of autisme-achtige kenmerken: Individuen bij wie de diagnose ASS is gesteld op basis van diagnostische criteria uit de DSM-5, of personen die significante autismekenmerken vertonen zonder een formele diagnose.

Gezonde controlegroep: op leeftijd, geslacht en sociaal-demografisch gematchte individuen zonder enige psychiatrische of neurologische stoornis.

Mensen met ASS met verschillende functionele niveaus: Deelnemers met ASS met een breed scala aan functionele vaardigheden, van hoogfunctionerend tot laagfunctionerend autisme.

Comorbide aandoeningen: Inclusie van vrijwilligers met ontwikkelingsprofielen en comorbide aandoeningen zoals ADHD en leerstoornissen.

Geïnformeerde toestemming: Schriftelijke geïnformeerde toestemming van deelnemers ouder dan 18 jaar. Voor deelnemers jonger dan 18 jaar: toestemming van ouders of wettelijke voogden.

- Uitsluitingscriteria: Ernstige psychotische stoornissen: personen bij wie aandoeningen als schizofrenie of schizoaffectieve stoornis zijn vastgesteld.

Bekende genetische syndromen of chromosomale afwijkingen: personen met genetische aandoeningen zoals het syndroom van Down of het fragiele X-syndroom.

Geschiedenis van genetische of experimentele therapieën: deelnemers met eerdere gen- of celtherapie, frequente bloedtransfusies of beenmergtransplantaties.

Ernstige communicatie- of cognitieve beperkingen: deelnemers met communicatie- of cognitieve stoornissen die hun vermogen om deel te nemen aan het verzamelen van gegevens zouden belemmeren, of deelnemers met agressieve gedragsstoornissen.

Niet-naleving of medische beperkingen: Individuen die niet in staat zijn om te voldoen aan onderzoeksprocedures of aan medische aandoeningen die het verzamelen van biologische monsters verhinderen.

- Controlegroep: gezonde individuen: deelnemers zonder ASS of psychiatrische of neurologische stoornissen.

Matching van leeftijd en geslacht: Matcht met de ASS-groep in termen van leeftijd, geslacht en sociaal-demografische status.

Geen geschiedenis van genetische of neurologische ontwikkelingsstoornissen: personen zonder genetische syndromen, chromosomale afwijkingen of neurologische ontwikkelingsstoornissen.

Geen geschiedenis van chronische ziekten: Deelnemers zonder geschiedenis van chronische ziekten zoals kanker, auto-immuunziekten of stofwisselingsziekten.

Geïnformeerde toestemming: Schriftelijke geïnformeerde toestemming van personen ouder dan 18 jaar of van ouders/wettelijke voogden voor deelnemers jonger dan 18 jaar.

Studie plan

Dit gedeelte bevat details van het studieplan, inclusief hoe de studie is opgezet en wat de studie meet.

Hoe is de studie opgezet?

Ontwerpdetails

Cohorten en interventies

Groep / Cohort
ASS Casegroep
Vertegenwoordigt personen met de diagnose autismespectrumstoornis (ASS), die genetische, epigenetische en transcriptomische analyse zullen ondergaan.
Controlegroep
Vertegenwoordigt niet-getroffen individuen en dient als vergelijkingsgroep voor genetische en moleculaire analyses.
HOT Cluster Biomarkergroep
Vertegenwoordigt deelnemers die zijn geselecteerd op basis van secundaire uitkomstresultaten op basis van HOT-clusteranalyse, die ELISA zullen ondergaan om potentiële biomarkers te bestuderen die zijn afgeleid van RNA-transcriptoomrouteanalyse.

Wat meet het onderzoek?

Primaire uitkomstmaten

Uitkomstmaat
Maatregel Beschrijving
Tijdsspanne
Afronding van de werving van klinische gegevens
Tijdsspanne: Naar verwachting voltooid binnen 24 maanden na start van de studie.
Het primaire resultaat zal de rekrutering zijn van personen met de diagnose autismespectrumstoornis (ASS) en niet-getroffen controles. Er zullen uitgebreide klinische, sociodemografische en fenotypische gegevens worden verzameld, inclusief diagnostische beoordelingen met behulp van gestandaardiseerde hulpmiddelen (bijv. ADOS, SCQ).
Naar verwachting voltooid binnen 24 maanden na start van de studie.

Secundaire uitkomstmaten

Uitkomstmaat
Maatregel Beschrijving
Tijdsspanne
Verzameling en voltooiing van genetische ruwe gegevens (WGS en WGBS)
Tijdsspanne: Naar verwachting voltooid binnen 30 maanden na aanvang van de studie
De secundaire uitkomst richt zich op de verwerving van ruwe genetische gegevens uit gehele genoomsequencing (WGS) en gehele genoombisulfietsequencing (WGBS) uit bloed- en neusuitstrijkjes. De sequentiegegevens zullen worden gebruikt voor daaropvolgende genetische en epigenetische analyses om varianten, methyleringsveranderingen en hun associaties met ASS te identificeren.
Naar verwachting voltooid binnen 30 maanden na aanvang van de studie
Integratie van genetische gegevens
Tijdsspanne: Naar verwachting voltooid binnen 60 maanden na aanvang van de studie.
Deze uitkomst meet de integratie van hele genoomsequencing (WGS), hele genoombisulfietsequencing (WGBS) en RNA-seq-gegevens in een gecombineerde dataset voor uitgebreide multi-omics-analyse. Het doel is om genetische en epigenetische interacties gerelateerd aan ASS bloot te leggen.
Naar verwachting voltooid binnen 60 maanden na aanvang van de studie.

Andere uitkomstmaten

Uitkomstmaat
Maatregel Beschrijving
Tijdsspanne
Volledige (eind) uitkomstmaat: associatie tussen klinische en genetische gegevens
Tijdsspanne: Verwacht binnen 66 maanden, nadat alle fasen van gegevensverzameling en analyse zijn voltooid.
Het uiteindelijke resultaat zal de correlatie beoordelen tussen genetische, epigenetische en transcriptomische gegevens met klinische fenotypes. Deze uitkomst heeft tot doel significante associaties te identificeren die de genetische onderbouwing van een autismespectrumstoornis kunnen verklaren en kunnen bijdragen aan potentiële biomarkers of therapeutische doelen.
Verwacht binnen 66 maanden, nadat alle fasen van gegevensverzameling en analyse zijn voltooid.

Medewerkers en onderzoekers

Hier vindt u mensen en organisaties die betrokken zijn bij dit onderzoek.

Sponsor

Research and Treatment Society of Genetic Disorders

Medewerkers

İnvitrotek A.Ş.
Konya Selcuk University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Konya Selcuk University Faculty of Medicine, Department of Psychiatry
Istanbul Cerrahpasa Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Istanbul Medeniyet University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Ankara SBÜ Gülhane Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Ankara Gazi Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Izmir Katip Çelebi Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Şanlıurfa Harran University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Erzurum Atatürk University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Trabzon Karadeniz Technical University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Denizli Pamukkale University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Gaziantep University, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Afyonkarahisar University of Health Sciences, Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Bursa Uludağ University, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Giresun University, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Ankara Başkent University, Department of Psychiatry
Istanbul Medeniyet University, Department of Psychiatry
Konya Necmettin Erbakan University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Istanbul Çam and Sakura City Hospital, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Konya Selcuk University Faculty of Medicine, Department of Medical Genetics

Onderzoekers

  • Studie stoel: Ali Torabi, MD.,Ph.D., Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı
  • Studie directeur: Ali Kandeğer, MD., RUH SAĞLIĞI VE HASTALIKLARI Uzmanı / Konya Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi- Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı Anabilim Dalı
  • Studie directeur: Ömer Faruk Akça, MD., Çocuk Ve Ergen Ruh Sağlığı Ve Hastalıkları Uzmanı /Konya Necmettin Erbakan Üniversitesi Tıp Fakültesi- Çocuk ve Ergen Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı
  • Studie directeur: Nadir Koçak, MD, Tıbbi Genetik Uzmanı / Konya Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi- Tıbbi Genetik Anabilim Dalı ve Genetik Hastaliklar Araştırma ve Tedavi Derneği(RTSGD) Yönetim kurulu üyesi
  • Studie directeur: Ebru Marzioğlu Özdemir, MD, Tıbbi Genetik Uzmanı / Konya Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi- Tıbbi Genetik Anabilim Dalı ve Genetik Hastaliklar Araştırma ve Tedavi Derneği(RTSGD) Yönetim kurulu üyesi
  • Studie directeur: Özkan Bağcı, Ph.D., Tıbbi Genetik Uzmanı / Konya Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi- Tıbbi Genetik Anabilim Dalı ve Genetik Hastaliklar Araştırma ve Tedavi Derneği(RTSGD) Yönetim kurulu üyesi

Publicaties en nuttige links

De persoon die verantwoordelijk is voor het invoeren van informatie over het onderzoek stelt deze publicaties vrijwillig ter beschikking. Dit kan gaan over alles wat met het onderzoek te maken heeft.

Algemene publicaties

Studie record data

Deze datums volgen de voortgang van het onderzoeksdossier en de samenvatting van de ingediende resultaten bij ClinicalTrials.gov. Studieverslagen en gerapporteerde resultaten worden beoordeeld door de National Library of Medicine (NLM) om er zeker van te zijn dat ze voldoen aan specifieke kwaliteitscontrolenormen voordat ze op de openbare website worden geplaatst.

Bestudeer belangrijke data

Studie start (Geschat)

27 december 2025

Primaire voltooiing (Geschat)

27 december 2027

Studie voltooiing (Geschat)

27 mei 2028

Studieregistratiedata

Eerst ingediend

24 oktober 2024

Eerst ingediend dat voldeed aan de QC-criteria

24 oktober 2024

Eerst geplaatst (Werkelijk)

29 oktober 2024

Updates van studierecords

Laatste update geplaatst (Werkelijk)

29 oktober 2024

Laatste update ingediend die voldeed aan QC-criteria

24 oktober 2024

Laatst geverifieerd

1 oktober 2024

Meer informatie

Termen gerelateerd aan deze studie

Trefwoorden

Aanvullende relevante MeSH-voorwaarden

Andere studie-ID-nummers

  • ERC2025SYG-TR-ASD-MultiOmics (Andere identificatie: Horizon European Research Council Synergy Grants(HORIZON-ERC-SYG))
  • HRU.24/16/37 (Andere identificatie: Turkish Medicines and Medical Devices Agency Ethics Committee-HARRAN ÜNİVERSİTESİ KLİNİK ARAŞTIRMALAR ETİK KURULU)

Plan Individuele Deelnemersgegevens (IPD)

Bent u van plan om gegevens van individuele deelnemers (IPD) te delen?

ONBESLIST

Beschrijving IPD-plan

Op dit moment is het besluit om individuele deelnemersgegevens (IPD) te delen nog niet definitief. Na voltooiing van het onderzoek wordt het besluit beoordeeld en afgerond in overeenstemming met de toepasselijke wettelijke en ethische richtlijnen. De uiteindelijke beslissing zal afhankelijk zijn van het verkrijgen van toestemming van het Turkse Agentschap voor Geneesmiddelen en Medische Hulpmiddelen (TİTCK), de Ethische Commissie en het Turkse Ministerie van Volksgezondheid. Het deelplan zal ervoor zorgen dat alle gegevensbeschermings- en privacyregels strikt worden nageleefd, en er zullen passende stappen worden ondernomen om de vertrouwelijkheid van de deelnemers te waarborgen.

Informatie over medicijnen en apparaten, studiedocumenten

Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd geneesmiddel

Nee

Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd apparaatproduct

Nee

product vervaardigd in en geëxporteerd uit de V.S.

Nee

Deze informatie is zonder wijzigingen rechtstreeks van de website clinicaltrials.gov gehaald. Als u verzoeken heeft om uw onderzoeksgegevens te wijzigen, te verwijderen of bij te werken, neem dan contact op met register@clinicaltrials.gov. Zodra er een wijziging wordt doorgevoerd op clinicaltrials.gov, wordt deze ook automatisch bijgewerkt op onze website .

Abonneren