Ta strona została przetłumaczona automatycznie i dokładność tłumaczenia nie jest gwarantowana. Proszę odnieść się do angielska wersja za tekst źródłowy.

Badanie genetycznych i środowiskowych przyczyn autyzmu: badanie wieloośrodkowe (ASD-Omics-TR)

24 października 2024 zaktualizowane przez: Research and Treatment Society of Genetic Disorders

Wieloośrodkowe, wieloomiczne podejście do badania mechanizmów genetycznych i epigenetycznych w zaburzeniach ze spektrum autyzmu

Celem tego badania obserwacyjnego jest zbadanie mechanizmów genetycznych i epigenetycznych, które mogą przyczyniać się do rozwoju zaburzeń ze spektrum autyzmu (ASD) u osób w różnych grupach wiekowych. Celem badania jest zbadanie, w jaki sposób warianty genetyczne i czynniki środowiskowe oddziałują na ryzyko ASD.

Główne pytania, na które ma odpowiedzieć, to:

  • Które warianty genetyczne są najsilniej powiązane z rozwojem ASD?
  • W jaki sposób czynniki środowiskowe, takie jak narażenie prenatalne, wpływają na ryzyko genetyczne?
  • Czy połączenie danych genetycznych i epigenetycznych może usprawnić wczesne wykrywanie lub strategie interwencji w przypadku ASD?

Uczestnicy będą:

  • Dostarczanie próbek biologicznych do analizy genetycznej i epigenetycznej.
  • Wypełnij szczegółowe kwestionariusze dotyczące narażenia środowiskowego i historii rodziny.
  • Weź udział w ocenach klinicznych w celu oceny nasilenia objawów ASD.

Naukowcy porównają dane genetyczne i środowiskowe osób z ASD i osób bez tego zaburzenia, aby zrozumieć, w jaki sposób te czynniki mogą przyczyniać się do ryzyka ASD. To wieloośrodkowe badanie zostanie przeprowadzone na kilku uniwersytetach i szpitalach w Turcji i skupi się na potencjalnej interakcji między dziedzicznymi czynnikami genetycznymi a wpływami środowiska.

Przegląd badań

Status

Jeszcze nie rekrutacja

Warunki

Szczegółowy opis

Wprowadzenie do projektu Projekt stanowi innowacyjne, wieloośrodkowe badanie, którego celem jest zbadanie genetycznych, epigenetycznych i środowiskowych podstaw zaburzeń ze spektrum autyzmu (ASD). ASD to złożone zaburzenie neurorozwojowe, które zwykle objawia się we wczesnym dzieciństwie i wpływa na jednostki na różne sposoby, szczególnie w komunikacji społecznej i zachowaniu. Zaburzenie charakteryzuje się znaczną zmiennością w nasileniu i prezentacji objawów u poszczególnych osób. Pomimo lat badań mechanizmy molekularne odpowiedzialne za początek i postęp ASD pozostają nieuchwytne, co utrudnia diagnozę i leczenie.

Niniejsze badanie ma na celu wypełnienie tej luki poprzez zastosowanie podejścia multiomicznego w celu lepszego zrozumienia czynników biologicznych, genetycznych i środowiskowych przyczyniających się do ASD. Poprzez integrację danych genomicznych, epigenomicznych i transkryptomicznych projekt ma na celu odkrycie sygnatur molekularnych i interakcji, które mogłyby wyjaśnić zmienność w prezentacji i nasileniu ASD. Ponadto badanie ma na celu identyfikację potencjalnych biomarkerów, które mogą prowadzić do wcześniejszej diagnozy, lepszego rokowania i bardziej spersonalizowanych opcji leczenia.

Badanie zostanie przeprowadzone w wielu ośrodkach badawczych, przy zastosowaniu zorganizowanego i dobrze skoordynowanego podejścia do gromadzenia danych, przetwarzania próbek i analizy. Ten wielodyscyplinarny projekt łączy szeroką wiedzę specjalistyczną, w tym genetykę, bioinformatykę, psychiatrię kliniczną i naukę o danych, zapewniając podejście do wszystkich aspektów badań z naukową dyscypliną i precyzją. Analizując próbki od osób z ASD, projekt zapewni nowy wgląd w czynniki genetyczne i epigenetyczne związane z ASD, jednocześnie badając potencjalny wpływ czynników środowiskowych.

Struktura wielowydziałowa i integralność projektu Projekt jest podzielony na wiele wyspecjalizowanych działów, z których każdy pełni określoną rolę w utrzymywaniu integralności badania i zapewnianiu, że wszystkie działania badawcze są prowadzone zgodnie z najwyższymi standardami. Taka struktura pozwala na płynną współpracę między działami i zapewnia, że ​​wszystkie dane są gromadzone, przetwarzane i analizowane z najwyższą dokładnością.

Ogólna koordynacja i nadzór Na najwyższym szczeblu projektem zarządza ogólny koordynator, który nadzoruje wszystkie aspekty badań. Koordynator dba o to, aby każdy wydział dotrzymywał celów i harmonogramu projektu, ułatwiając komunikację między zespołami i ułatwiając integrację danych klinicznych, genetycznych i epigenetycznych. Koordynacja gwarantuje, że wszelkie wyzwania pojawiające się w trakcie badania zostaną szybko rozwiązane i że projekt pozostanie na dobrej drodze do osiągnięcia swoich celów.

Rola ogólnego koordynatora ma kluczowe znaczenie dla zapewnienia integracji danych multiomicznych z różnych ośrodków badawczych. Koordynator odgrywa również kluczową rolę w interpretacji danych, ściśle współpracując z zespołami zajmującymi się analizą danych, aby zapewnić spójność i znaczenie wniosków. Regularne aktualizacje są udostępniane pomiędzy wydziałami, aby zachować zgodność z nadrzędnymi celami badawczymi projektu.

Operacje kliniczne: oddziały dla dorosłych i dzieci Działalność kliniczna projektu jest podzielona na dwa główne sektory: osoby dorosłe i dzieci. Każdym sektorem zarządza dedykowany zespół, który nadzoruje ośrodki kliniczne odpowiedzialne za gromadzenie danych. Te ośrodki kliniczne są zlokalizowane w różnych regionach, co umożliwiło zebranie w ramach projektu szerokiego i zróżnicowanego zakresu danych klinicznych od osób, u których zdiagnozowano ASD.

Każde centrum kliniczne postępuje zgodnie ze standardowymi protokołami gromadzenia danych, zapewniając, że wszystkie dane pacjentów są gromadzone w jednolity i spójny sposób. Proces gromadzenia danych obejmuje wykorzystanie uznanych na całym świecie narzędzi diagnostycznych, w tym Harmonogramu Obserwacji Diagnostycznej Autyzmu (ADOS) i Kwestionariusza Komunikacji Społecznej (SCQ). Narzędzia te są niezbędne do diagnozowania ASD i oceny nasilenia objawów.

Operacje kliniczne obejmują również gromadzenie danych socjodemograficznych, historii rozwoju i informacji o chorobach współistniejących. Dane te są gromadzone za pomocą kwestionariuszy i wywiadów klinicznych prowadzonych przez przeszkolonych pracowników służby zdrowia. Gromadzenie tego obszernego zbioru danych ma kluczowe znaczenie dla zrozumienia klinicznej heterogeniczności ASD i powiązania objawów klinicznych z danymi genetycznymi i środowiskowymi.

Działy Genetyki i Omiki Działy Genetyki i Omiki stanowią rdzeń projektu, dostarczając danych molekularnych, które zostaną wykorzystane do odkrycia mechanizmów genetycznych i epigenetycznych odpowiedzialnych za ASD. Oddział nadzoruje pobieranie, przetwarzanie i analizę próbek biologicznych, do których zaliczają się krew żylna i wymazy z nosa pobrane od uczestników badania.

Pobieranie i przetwarzanie próbek Próbki biologiczne pobrane od uczestników poddawane są rygorystycznemu i ustandaryzowanemu procesowi ekstrakcji kwasów nukleinowych. Proces ten, zarządzany przez zespoły ds. ekstrakcji i oczyszczania kwasów nukleinowych, polega na izolowaniu wysokiej jakości DNA i RNA z próbek krwi i wymazów z nosa. Próbki te są niezbędne do dalszego sekwencjonowania i analiz. Jakość wyekstrahowanego DNA i RNA ma kluczowe znaczenie, ponieważ wszelkie zanieczyszczenia lub degradacja mogą mieć wpływ na dokładność analiz genetycznych i epigenetycznych.

Po ekstrakcji próbki DNA i RNA poddawane są wielokrotnym kontrolom jakości. Kontrole te są nadzorowane przez zespoły kontroli jakości i przechowywania, które zapewniają, że kwasy nukleinowe spełniają wymagane standardy sekwencjonowania. Próbki, które przeszły kontrolę jakości, są przechowywane w optymalnych warunkach, co pozwala zachować ich integralność do czasu, aż będą gotowe do sekwencjonowania.

Analiza genomowa Analiza genomowa próbek DNA rozpoczyna się od sekwencjonowania całego genomu (WGS), kompleksowej techniki umożliwiającej badaczom zbadanie całego kodu genetycznego każdego uczestnika. WGS umożliwia identyfikację szerokiego zakresu wariantów genetycznych, w tym polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP), zmian liczby kopii (CNV), insercji i delecji (InDels) oraz wariantów strukturalnych. Warianty te są oceniane w celu określenia ich potencjalnego wpływu na ASD.

Jedną z głównych analiz przeprowadzanych w ramach podziału genomu jest badanie asocjacyjne całego genomu (GWAS). GWAS służy do identyfikacji wariantów genetycznych, które są w istotny sposób powiązane z ASD, poprzez porównanie częstości występowania wariantów u osób z ASD i osób bez tego zaburzenia. Analiza ta jest szczególnie przydatna do identyfikacji powszechnych wariantów genetycznych, które mogą przyczyniać się do ryzyka ASD.

Oprócz GWAS w ramach projektu przeprowadzana jest także analiza locus cech ilościowych (QTL). Analiza QTL bada, w jaki sposób warianty genetyczne wpływają na cechy ilościowe związane z ASD, takie jak nasilenie objawów, funkcjonowanie poznawcze lub kamienie milowe w rozwoju. Ten rodzaj analizy pomaga wyjaśnić podłoże genetyczne zmienności fenotypowej w ASD i zidentyfikować konkretne warianty, które mogą przyczyniać się do różnic w prezentacji objawów.

Analiza epigenetyczna Epigenetyczny komponent projektu skupia się na tym, jak czynniki środowiskowe wpływają na ekspresję genów i przyczyniają się do ryzyka ASD. Metylacja DNA to jeden z kluczowych mechanizmów epigenetycznych badanych w ramach tego projektu. Wykorzystując sekwencjonowanie wodorosiarczynem całego genomu (WGBS), badacze analizują wzorce metylacji DNA w całym genomie. WGBS jest uważany za złoty standard analizy metylacji DNA o wysokiej rozdzielczości, umożliwiający identyfikację zmian metylacji związanych z ASD.

Regiony różnicowo metylowane (DMR) to regiony genomu, w których poziomy metylacji różnią się u osób z ASD i zdrowych osób kontrolnych. Identyfikując te DMR, badacze mogą wskazać konkretne regiony genomu, w których czynniki środowiskowe mogą wpływać na ekspresję genów u osób z ASD.

Dodatkowo w tym badaniu badana jest metylacja specyficzna dla alleli (ASM). Analiza ASM bada, w jaki sposób wzorce metylacji różnią się między dwiema kopiami genu odziedziczonego od każdego z rodziców. Analiza ta pomaga badaczom zrozumieć, w jaki sposób czynniki genetyczne i epigenetyczne oddziałują na siebie, wpływając na ekspresję genów i przyczyniając się do ryzyka ASD.

W ramach analizy epigenetycznej przeprowadzona zostanie analiza m-QTL (loci ilościowych cech metylacji) w celu zbadania związku między wariantami genetycznymi a wzorami metylacji DNA w całym genomie. m-QTL to loci genomowe, w których różnice w sekwencji DNA są powiązane z różnicami w poziomach metylacji DNA. Identyfikując te loci, projekt ma na celu odkrycie, w jaki sposób zmienność genetyczna wpływa na regulację epigenetyczną, a następnie w jaki sposób te interakcje mogą przyczyniać się do ryzyka rozwoju ASD. Analiza ta dostarczy cennych informacji na temat wzajemnego oddziaływania czynników genetycznych i epigenetycznych, pomagając w wyjaśnieniu mechanizmów molekularnych leżących u podstaw ASD. Ponadto m-QTL mogą służyć jako potencjalne biomarkery do zrozumienia środowiskowej modulacji podatności genetycznej u osób z ASD.

Dane epigenetyczne są również integrowane z danymi genetycznymi w celu przeprowadzenia badań asocjacyjnych całego epigenomu (EWAS). EWAS bada, w jaki sposób wzorce metylacji DNA korelują z ASD, mając na celu identyfikację znaczników metylacji, które mogłyby służyć jako biomarkery choroby. Analizy te są niezbędne do zrozumienia, w jaki sposób narażenie środowiskowe, takie jak stres prenatalny, toksyny lub zdrowie matki, może wpływać na ryzyko ASD poprzez mechanizmy epigenetyczne.

Analiza transkryptomiczna Analiza transkryptomiczna koncentruje się na zrozumieniu różnic w ekspresji genów u osób z ASD i osób bez tego zaburzenia. Sekwencjonowanie RNA (RNA-seq) służy do pomiaru poziomu ekspresji genów zarówno w próbkach krwi, jak i wymazów z nosa. RNA-seq zapewnia kompleksowy obraz transkryptomu, który reprezentuje pełny zestaw transkryptów RNA obecnych w komórce lub tkance w danym czasie.

Dane dotyczące sekwencji RNA wykorzystuje się do przeprowadzenia analizy różnicowej ekspresji genów (DGE), która identyfikuje geny, których ekspresja jest zwiększona lub obniżona u osób z ASD. Analiza ta pomaga odkryć szlaki molekularne, które są zakłócane w przypadku ASD i podkreśla potencjalne biomarkery, które można wykorzystać do wczesnej diagnozy lub leczenia.

Oprócz identyfikacji genów ulegających różnej ekspresji dane transkryptomiczne wykorzystuje się do przeprowadzenia analizy szlaku. Analiza szlaków bada, jak zmiany w ekspresji genów wpływają na procesy biologiczne i funkcje komórkowe. Analiza ta może zidentyfikować kluczowe ścieżki, które mogą zostać zakłócone w przypadku ASD, zapewniając wgląd w mechanizmy biologiczne leżące u podstaw zaburzenia.

Porównując profile ekspresji genów z próbek krwi i wymazów z nosa, badacze mogą zidentyfikować wzorce ekspresji specyficzne dla tkanki. Porównanie to zapewnia bardziej szczegółowe zrozumienie różnic molekularnych między tkankami i może ujawnić biomarkery specyficzne dla tkanki ASD.

Analiza eQTL (wyrażenie ilościowe loci cech).

Oprócz analizy m-QTL zintegrowanie analizy eQTL (loci ilościowych cech ekspresji) umożliwi w ramach projektu identyfikację wariantów genetycznych wpływających na poziom ekspresji genów. eQTL to loci, w których zmiany genetyczne są skorelowane ze zmianami w ekspresji genów. Analizując eQTL, w badaniu można sprawdzić, w jaki sposób określone warianty genetyczne wpływają na transkrypcję genów związanych z ASD. Takie podejście pomaga odkryć szlaki regulacyjne i sieci genów, które przyczyniają się do zmienności objawów ASD. Integracja analizy eQTL z danymi transkryptomicznymi (takimi jak RNA-Seq) zapewnia szczegółowe zrozumienie, w jaki sposób genetyczne czynniki ryzyka zmieniają ekspresję genów, ostatecznie wpływając na fenotypową manifestację ASD.

Analiza epitranskryptomiczna

Oprócz badania DNA i RNA za pomocą genomiki i transkryptomiki, epitranskryptomika bada potranskrypcyjne modyfikacje RNA, takie jak N6-metyloadenozyna (m6A). Te modyfikacje RNA mogą wpływać na stabilność mRNA, składanie, transport i translację, wpływając w ten sposób na produkcję białek i funkcję komórki. Włączenie analizy epitranskryptomicznej do procesu RNA-Seq umożliwi wgląd w różnice w modyfikacjach RNA u pacjentów z ASD, zapewniając dodatkową warstwę regulacji genów, która przyczynia się do złożoności ASD. To badanie może odkryć nowe biomarkery epitranskryptomiczne dla ASD, pogłębiając analizę regulacji genów na poziomie RNA.

Integracja danych i bioinformatyka Integracja danych genomicznych, epigenomicznych i transkryptomicznych jest kluczowym elementem projektu. Zespoły bioinformatyki i analizy danych są odpowiedzialne za przetwarzanie i analizę ogromnych ilości danych generowanych przez działy omiki. Wiąże się to z wykorzystaniem zaawansowanych narzędzi bioinformatycznych i modeli statystycznych w celu integracji danych i odkrycia znaczących wzorców.

Zintegrowany zbiór danych poddano wieloczynnikowym modelom regresji, które badają interakcje między wariantami genetycznymi, modyfikacjami epigenetycznymi i poziomami ekspresji genów. Modele te służą do określenia, w jaki sposób te czynniki wspólnie przyczyniają się do ryzyka ASD i nasilenia objawów. Uwzględniając dane genetyczne i środowiskowe, modele mogą również badać interakcje gen-środowisko, które mogą odgrywać rolę w rozwoju ASD.

Analiza sieci to kolejne kluczowe narzędzie wykorzystywane przez zespół bioinformatyki. Technika ta wizualizuje interakcje między genami, białkami i elementami regulatorowymi, umożliwiając naukowcom identyfikację kluczowych genów i szlaków, które mogą być zaangażowane w ASD. Analiza sieci pomaga również odkryć sieci regulacyjne genów, które mogą zostać zakłócone u osób z ASD, zapewniając wgląd w mechanizmy molekularne prowadzące do zaburzenia.

W projekcie wykorzystano także algorytmy uczenia maszynowego (ML) i sztucznej inteligencji (AI) do analizy danych. Te modele predykcyjne mają pomóc klinicystom w podejmowaniu spersonalizowanych decyzji dotyczących leczenia w oparciu o profil molekularny każdego pacjenta. Na przykład modele sztucznej inteligencji można wykorzystać do przewidywania nasilenia objawów ASD w oparciu o dane genetyczne, epigenetyczne i kliniczne, co pozwala na bardziej ukierunkowane interwencje.

Analiza Hi-C i In-Silico:

Podczas gdy tradycyjna analiza Hi-C często wykorzystuje środki sieciujące do wychwytywania interakcji chromatyny dalekiego zasięgu, w tym projekcie przyjęto odmienne podejście, rezygnując ze stosowania środków sieciujących do łączenia określonych fragmentów DNA. Zamiast tego zostaną uzyskane dane dotyczące interakcji chromatyny i ponownie sprawdzone in silico po integracji danych. Analizując obliczeniowo architekturę chromatyny 3D, projekt będzie miał na celu identyfikację przestrzennych interakcji chromatyny, które przyczyniają się do regulacji genów związanych z ASD.

To podejście postintegracyjne pozwala na identyfikację elementów regulacyjnych, takich jak wzmacniacze i promotory, które oddziałują z odległymi regionami genomu w kontekście ASD. Dane wygenerowane z analiz genomicznych, epigenomicznych i transkryptomicznych zostaną zintegrowane w celu ujawnienia wzorców interakcji chromatyny, które wpływają na ekspresję genów, szczególnie tych związanych z patologią ASD. Strategia ta umożliwi bardziej elastyczne i wyrafinowane zrozumienie organizacji genomu 3D bez ograniczeń narzuconych przez metody oparte na sieciujących.

Analiza epigenetyczna ChIP-Seq i In-Silico:

Oprócz mapowania interakcji chromatyny dane ChIP-Seq zostaną wykorzystane do analizy epigenetycznej patogenezy. Przeprowadzając analizę in silico wyników ChIP-Seq, w ramach projektu zidentyfikowane zostaną modyfikacje histonów i miejsca wiązania czynników transkrypcyjnych, które biorą udział w regulacji ekspresji genów w ASD. Technika ta pomoże wyjaśnić rolę określonych cech epigenetycznych, takich jak acetylacja i metylacja histonów, w rozregulowaniu genów związanych z ASD.

Integracja danych ChIP-Seq z innymi danymi omicznymi, w tym profilami metylacji DNA (WGBS) i ekspresji RNA-Seq, zapewni kompleksowy obraz sieci regulacyjnych napędzających ASD. Umożliwi to naukowcom wskazanie konkretnych mechanizmów regulacyjnych, takich jak zmieniona aktywność czynników transkrypcyjnych lub zmiany w dostępności chromatyny, które mogą przyczyniać się do wystąpienia lub nasilenia objawów ASD. Analiza in silico wyników ChIP-Seq posłuży zatem jako potężne narzędzie do zrozumienia krajobrazu epigenetycznego związanego z patogenezą ASD.

Uczestnicy projektu mogą dodatkowo ulepszyć swoją analizę poprzez obliczenie wskaźników ryzyka wielogenowego (PRS), które określają ilościowo skumulowany wpływ licznych wariantów genetycznych o niewielkim wpływie na ryzyko rozwoju ASD. Agregując dane z tysięcy wariantów genetycznych, PRS może przewidzieć ogólną predyspozycję genetyczną danej osoby do ASD. Wyniki te można następnie skorelować z danymi klinicznymi i fenotypowymi, aby lepiej zrozumieć, w jaki sposób ryzyko genetyczne przekłada się na obserwowalne objawy. PRS można także zintegrować z danymi środowiskowymi i epigenetycznymi, aby zbadać interakcje gen-środowisko, oferując kompleksowy model podatności na ASD.

Kontrola jakości i zgodność Utrzymanie integralności projektu jest sprawą najwyższej wagi, a osiąga się to poprzez rygorystyczne środki kontroli jakości i kompleksowe ramy zgodności. W projekcie uczestniczy kilka działów zajmujących się zapewnieniem zgodności wszystkich działań badawczych z wytycznymi etycznymi i standardami regulacyjnymi.

Dział zarządzania ryzykiem odgrywa kluczową rolę w identyfikowaniu i łagodzeniu potencjalnych ryzyk, które mogłyby zagrozić integralności badania. Dział ten ściśle współpracuje z zespołami audytu wewnętrznego i zgodności z etyką, aby zapewnić, że cała działalność badawcza jest zgodna ze standardami etycznymi, takimi jak Deklaracja Helsińska i krajowe przepisy dotyczące ochrony danych osobowych.

Zespoły kontroli jakości są odpowiedzialne za monitorowanie jakości próbek biologicznych i zapewnienie, że wszystkie dane są dokładne i wiarygodne. Zespoły te przeprowadzają regularne audyty i wdrażają działania korygujące i zapobiegawcze (CAPA), jeśli jest to konieczne, aby rozwiązać wszelkie problemy pojawiające się w trakcie badania.

Dział dokumentacji i archiwizacji jest odpowiedzialny za zarządzanie całą dokumentacją projektu, w tym raportami z audytów, dziennikami transferu danych i zapisami dotyczącymi zgodności. Dział ten dba o to, aby cała dokumentacja związana z projektem była bezpiecznie przechowywana i łatwo dostępna do wglądu, co ułatwia przejrzystość i rozliczalność.

W projekcie uczestniczy także zespół zarządzający zaopatrzeniem i łańcuchem dostaw, który jest odpowiedzialny za zapewnienie terminowego zakupu wszystkich niezbędnych materiałów, sprzętu i odczynników. Zespół ten zarządza logistyką transferów materiałów i dba o to, aby wszystkie dostawy spełniały wymagane standardy jakościowe.

Względy etyczne i bezpieczeństwo uczestników Bezpieczeństwo i prywatność uczestników są najważniejsze w prowadzeniu badania. Wszystkie dane uczestników są anonimizowane i bezpiecznie przechowywane, aby chronić ich poufność. Projekt przestrzega zarówno krajowych, jak i międzynarodowych przepisów dotyczących ochrony danych osobowych, zapewniając stałe przestrzeganie praw uczestników.

Od wszystkich uczestników uzyskuje się świadomą zgodę przed włączeniem ich do badania. Uczestnicy otrzymują szczegółowe informacje na temat celów badania, procedur i potencjalnych zagrożeń. Są także informowani o prawie do wycofania się z badania w dowolnym momencie bez żadnych konsekwencji.

Badanie uzyskało zgodę etyczną odpowiednich krajowych komisji etycznych, co gwarantuje, że wszystkie działania badawcze są zgodne z ustalonymi wytycznymi etycznymi. Przeprowadzane są regularne audyty, aby zapewnić prawidłowe przestrzeganie wszystkich procedur i szybkie rozwiązywanie wszelkich problemów etycznych.

Integracja i wizualizacja danych Po zakończeniu badania wszystkie dane z analiz genomicznych, epigenomicznych i transkryptomicznych zostaną zintegrowane i wizualizowane przy użyciu najnowocześniejszych narzędzi bioinformatycznych. Zintegrowany zbiór danych zapewni kompleksowy obraz mechanizmów molekularnych leżących u podstaw ASD, umożliwiając naukowcom identyfikację kluczowych biomarkerów i potencjalnych celów terapeutycznych.

Zintegrowane dane zostaną zaprezentowane za pomocą różnych technik wizualizacji, takich jak mapy cieplne, mapy sieci i diagramy ścieżek. Wizualizacje te pomogą badaczom zinterpretować dane i wyciągnąć znaczące wnioski na temat procesów biologicznych związanych z ASD.

Wnioski Ten projekt jest przełomowym badaniem w dziedzinie badań nad ASD, wykorzystującym podejście multiomiczne w celu odkrycia czynników genetycznych, epigenetycznych i środowiskowych przyczyniających się do powstania tego zaburzenia. Multidyscyplinarna struktura projektu, w skład której wchodzą zespoły zajmujące się operacjami klinicznymi, analizą danych, kontrolą jakości i zgodnością, zapewnia prowadzenie badań z zachowaniem najwyższego poziomu rygoru naukowego.

Integrując dane genomiczne, epigenomiczne i transkryptomiczne, projekt ma na celu dostarczenie nowych informacji na temat mechanizmów molekularnych leżących u podstaw ASD oraz identyfikację potencjalnych biomarkerów na potrzeby diagnostyki i leczenia. Wyniki tego badania mogą utorować drogę do medycyny spersonalizowanej w leczeniu ASD, poprawiając jakość życia osób dotkniętych tym zaburzeniem.

Typ studiów

Obserwacyjny

Zapisy (Szacowany)

3000

Kontakty i lokalizacje

Ta sekcja zawiera dane kontaktowe osób prowadzących badanie oraz informacje o tym, gdzie badanie jest przeprowadzane.

Kontakt w sprawie studiów

Kopia zapasowa kontaktu do badania

Lokalizacje studiów

  • Indyk
      • Afyonkarahisar, Indyk
        • Afyonkarahisar University of Health Sciences, Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Kontakt:
        • Kontakt:
          • Aziz Kara, MD.
      • Ankara, Indyk
        • Ankara Başkent University, Department of Psychiatry
        • Kontakt:
        • Kontakt:
          • Yasemin Hoşgören Alıcı, MD.
      • Ankara, Indyk
        • Ankara Gazi Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Kontakt:
        • Kontakt:
          • Yasemin Taş Torun, MD.
      • Ankara, Indyk
        • Ankara SBÜ Gülhane Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Kontakt:
        • Kontakt:
          • Mehmet Ayhan Cöngöloğlu, MD.
      • Bursa, Indyk
        • Bursa Uludağ University, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Kontakt:
        • Kontakt:
          • Caner Mutlu, MD.
      • Denizli, Indyk
        • Denizli Pamukkale University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Kontakt:
        • Kontakt:
          • Bürge Kabukçu Başay, MD.
      • Erzurum, Indyk
        • Erzurum Atatürk University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Kontakt:
        • Kontakt:
          • Esen Yıldırım Demirdöğen, MD.
      • Gaziantep, Indyk
        • Gaziantep University, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Kontakt:
        • Kontakt:
          • Mehmet Karadağ, MD.
      • Giresun, Indyk
        • Giresun University, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Kontakt:
        • Kontakt:
          • Bedia Sultan Önal, MD.
      • Istanbul, Indyk
        • Istanbul Cerrahpasa Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Kontakt:
        • Kontakt:
          • Mahmut Cem Tarakçıoğlu, MD.
      • Istanbul, Indyk
        • Istanbul Medeniyet University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Kontakt:
        • Kontakt:
          • Alperen Bıkmazer, MD.
      • Istanbul, Indyk
        • Istanbul Medeniyet University, Department of Psychiatry
        • Kontakt:
        • Kontakt:
          • Aynur Görmez, MD.
      • Istanbul, Indyk
        • Istanbul Çam and Sakura City Hospital, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Kontakt:
        • Kontakt:
          • Yasin Çalışkan, MD.
      • Izmir, Indyk
        • Izmir Katip Çelebi Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Kontakt:
        • Kontakt:
          • Gonca Özyurt, MD.
      • Konya, Indyk
        • Konya Necmettin Erbakan University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Kontakt:
        • Kontakt:
          • Ömer Faruk Akça, MD.
      • Konya, Indyk
        • Konya Selcuk University Faculty of Medicine, Department of Medical Genetics
        • Kontakt:
        • Kontakt:
        • Kontakt:
          • ÖZKAN BAĞCI, Ph.D.
        • Kontakt:
          • Ali TORABI, MD.,Ph.D.
        • Kontakt:
          • EBRU MARZİOĞLU ÖZDEMİR, MD.
      • Trabzon, Indyk
        • Trabzon Karadeniz Technical University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Kontakt:
        • Kontakt:
          • Esra Hoşoğlu, MD.
      • Şanlıurfa, Indyk
        • Şanlıurfa Harran University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Kontakt:
        • Kontakt:
          • Fethiye Kılıçaslan, MD.
    • Selçuklu
      • Konya, Selçuklu, Indyk, 42250
        • Konya Selcuk University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
        • Kontakt:
        • Kontakt:
          • Hasan Ali Güler, MD.
      • Konya, Selçuklu, Indyk, 42250
        • Konya Selcuk University Faculty of Medicine, Department of Psychiatry
        • Kontakt:
        • Kontakt:
          • ALİ KANDEĞER, MD.

Kryteria uczestnictwa

Badacze szukają osób, które pasują do określonego opisu, zwanego kryteriami kwalifikacyjnymi. Niektóre przykłady tych kryteriów to ogólny stan zdrowia danej osoby lub wcześniejsze leczenie.

Kryteria kwalifikacji

Wiek uprawniający do nauki

  • Dziecko
  • Dorosły
  • Starszy dorosły

Akceptuje zdrowych ochotników

Tak

Metoda próbkowania

Próbka bez prawdopodobieństwa

Badana populacja

Badaną populację stanowić będą osoby, u których zdiagnozowano zaburzenia ze spektrum autyzmu (ASD) lub wykazujące cechy autystyczne, wybrane z ośrodków klinicznych specjalizujących się w zaburzeniach neurorozwojowych. Populacja będzie również obejmować zdrową grupę kontrolną, dobraną pod względem wieku, płci i zmiennych społeczno-demograficznych, rekrutowaną z ogółu społeczności. Kohorta ASD obejmie uczestników na różnych poziomach funkcjonalnych, od autyzmu wysokofunkcjonującego do niskofunkcjonującego, a także osoby z profilami rozwojowymi i chorobami współistniejącymi. Kontrole nie będą uwzględniały diagnoz psychiatrycznych lub neurologicznych ani chorób przewlekłych.

Opis

- Kryteria włączenia: Zaburzenia ze spektrum autyzmu (ASD) lub cechy autystyczne: Osoby, u których zdiagnozowano ASD na podstawie kryteriów diagnostycznych DSM-5 lub osoby wykazujące istotne cechy autyzmu bez formalnej diagnozy.

Zdrowa grupa kontrolna: osoby dopasowane pod względem wieku, płci i socjodemografii, bez żadnych zaburzeń psychiatrycznych lub neurologicznych.

Osoby z ASD o różnym poziomie funkcjonalnym: Uczestnicy z ASD o szerokim zakresie zdolności funkcjonalnych, od autyzmu wysokofunkcjonującego do niskofunkcjonującego.

Choroby współistniejące: Włączenie wolontariuszy o profilach rozwojowych i schorzeniach współistniejących, takich jak ADHD i trudności w uczeniu się.

Świadoma zgoda: Pisemna świadoma zgoda uczestników w wieku powyżej 18 lat. W przypadku uczestników poniżej 18 roku życia, zgoda rodziców lub opiekunów prawnych.

- Kryteria wykluczenia: Ciężkie zaburzenia psychotyczne: Osoby, u których zdiagnozowano takie schorzenia jak schizofrenia lub zaburzenie schizoafektywne.

Znane zespoły genetyczne lub anomalie chromosomowe: Osoby z chorobami genetycznymi, takimi jak zespół Downa lub zespół łamliwego chromosomu X.

Historia terapii genetycznych lub eksperymentalnych: Uczestnicy, którzy przebyli wcześniej terapię genową lub komórkową, często przetaczali krew lub przeszczepiali szpik kostny.

Poważne zaburzenia komunikacji lub funkcji poznawczych: Uczestnicy z zaburzeniami komunikacji lub funkcji poznawczych, które utrudniają im udział w gromadzeniu danych, lub osoby z agresywnymi zaburzeniami zachowania.

Nieprzestrzeganie przepisów lub ograniczenia medyczne: osoby, które nie są w stanie przestrzegać procedur badawczych lub mają problemy zdrowotne uniemożliwiające pobranie próbek biologicznych.

- Grupa kontrolna: Osoby zdrowe: Uczestnicy bez zaburzeń autystycznych i zaburzeń psychiatrycznych lub neurologicznych.

Dopasowanie pod względem wieku i płci: Dopasowane do grupy ASD pod względem wieku, płci i statusu społeczno-demograficznego.

Brak historii zaburzeń genetycznych lub neurorozwojowych: osoby bez zespołów genetycznych, anomalii chromosomalnych lub zaburzeń neurorozwojowych.

Brak historii chorób przewlekłych: Uczestnicy bez historii chorób przewlekłych, takich jak rak, choroby autoimmunologiczne lub schorzenia metaboliczne.

Świadoma zgoda: Pisemna świadoma zgoda od osób powyżej 18 roku życia lub od rodziców/opiekunów prawnych w przypadku uczestników poniżej 18 roku życia.

Plan studiów

Ta sekcja zawiera szczegółowe informacje na temat planu badania, w tym sposób zaprojektowania badania i jego pomiary.

Jak projektuje się badanie?

Szczegóły projektu

Kohorty i interwencje

Grupa / Kohorta
Grupa przypadków ASD
Reprezentuje osoby, u których zdiagnozowano zaburzenia ze spektrum autyzmu (ASD), które zostaną poddane analizie genetycznej, epigenetycznej i transkryptomicznej.
Grupa Kontrolna
Reprezentuje osoby zdrowe, służąc jako grupa porównawcza do analiz genetycznych i molekularnych.
Grupa Biomarkerów Klastrów HOT
Reprezentuje uczestników wybranych na podstawie drugorzędowych wyników końcowych na podstawie analizy skupień HOT, którzy zostaną poddani testowi ELISA w celu zbadania potencjalnych biomarkerów pochodzących z analizy szlaku transkryptomu RNA.

Co mierzy badanie?

Podstawowe miary wyniku

Miara wyniku
Opis środka
Ramy czasowe
Zakończenie rekrutacji danych klinicznych
Ramy czasowe: Oczekuje się, że zakończy się w ciągu 24 miesięcy od rozpoczęcia badania.
Głównym rezultatem będzie rekrutacja osób, u których zdiagnozowano zaburzenia ze spektrum autyzmu (ASD) oraz zdrowych osób z grupy kontrolnej. Zostaną zgromadzone kompleksowe dane kliniczne, socjodemograficzne i fenotypowe, w tym oceny diagnostyczne przy użyciu standardowych narzędzi (np. ADOS, SCQ).
Oczekuje się, że zakończy się w ciągu 24 miesięcy od rozpoczęcia badania.

Miary wyników drugorzędnych

Miara wyniku
Opis środka
Ramy czasowe
Gromadzenie i uzupełnianie surowych danych genetycznych (WGS i WGBS)
Ramy czasowe: Oczekuje się, że ukończenie nastąpi w ciągu 30 miesięcy od rozpoczęcia badania
Drugi wynik koncentruje się na pozyskaniu surowych danych genetycznych z sekwencjonowania całego genomu (WGS) i sekwencjonowania wodorosiarczynem całego genomu (WGBS) z próbek krwi i wymazów z nosa. Dane sekwencjonowania zostaną wykorzystane do kolejnych analiz genetycznych i epigenetycznych w celu identyfikacji wariantów, zmian w metylacji i ich powiązań z ASD.
Oczekuje się, że ukończenie nastąpi w ciągu 30 miesięcy od rozpoczęcia badania
Integracja danych genetycznych
Ramy czasowe: Oczekuje się, że ukończenie nastąpi w ciągu 60 miesięcy od rozpoczęcia badania.
Wynik ten mierzy integrację sekwencjonowania całego genomu (WGS), sekwencjonowania wodorosiarczynem całego genomu (WGBS) i danych dotyczących sekwencji RNA w połączony zbiór danych na potrzeby kompleksowej analizy multiomicznej. Celem jest odkrycie genetycznych i epigenetycznych interakcji związanych z ASD.
Oczekuje się, że ukończenie nastąpi w ciągu 60 miesięcy od rozpoczęcia badania.

Inne miary wyników

Miara wyniku
Opis środka
Ramy czasowe
Kompletna (ostateczna) miara wyniku: związek między danymi klinicznymi i genetycznymi
Ramy czasowe: Oczekuje się, że w ciągu 66 miesięcy, po zakończeniu wszystkich etapów gromadzenia i analizy danych.
Ostateczny wynik pozwoli ocenić korelację między danymi genetycznymi, epigenetycznymi i transkryptomicznymi z fenotypami klinicznymi. Celem tego wyniku jest identyfikacja znaczących powiązań, które mogą wyjaśniać genetyczne podłoże zaburzeń ze spektrum autyzmu, przyczyniając się do powstania potencjalnych biomarkerów lub celów terapeutycznych.
Oczekuje się, że w ciągu 66 miesięcy, po zakończeniu wszystkich etapów gromadzenia i analizy danych.

Współpracownicy i badacze

Tutaj znajdziesz osoby i organizacje zaangażowane w to badanie.

Sponsor

Research and Treatment Society of Genetic Disorders

Współpracownicy

İnvitrotek A.Ş.
Konya Selcuk University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Konya Selcuk University Faculty of Medicine, Department of Psychiatry
Istanbul Cerrahpasa Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Istanbul Medeniyet University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Ankara SBÜ Gülhane Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Ankara Gazi Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Izmir Katip Çelebi Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Şanlıurfa Harran University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Erzurum Atatürk University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Trabzon Karadeniz Technical University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Denizli Pamukkale University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Gaziantep University, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Afyonkarahisar University of Health Sciences, Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Bursa Uludağ University, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Giresun University, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Ankara Başkent University, Department of Psychiatry
Istanbul Medeniyet University, Department of Psychiatry
Konya Necmettin Erbakan University Faculty of Medicine, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Istanbul Çam and Sakura City Hospital, Department of Child and Adolescent Psychiatry
Konya Selcuk University Faculty of Medicine, Department of Medical Genetics

Śledczy

  • Krzesło do nauki: Ali Torabi, MD.,Ph.D., Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı
  • Dyrektor Studium: Ali Kandeğer, MD., RUH SAĞLIĞI VE HASTALIKLARI Uzmanı / Konya Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi- Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı Anabilim Dalı
  • Dyrektor Studium: Ömer Faruk Akça, MD., Çocuk Ve Ergen Ruh Sağlığı Ve Hastalıkları Uzmanı /Konya Necmettin Erbakan Üniversitesi Tıp Fakültesi- Çocuk ve Ergen Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı
  • Dyrektor Studium: Nadir Koçak, MD, Tıbbi Genetik Uzmanı / Konya Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi- Tıbbi Genetik Anabilim Dalı ve Genetik Hastaliklar Araştırma ve Tedavi Derneği(RTSGD) Yönetim kurulu üyesi
  • Dyrektor Studium: Ebru Marzioğlu Özdemir, MD, Tıbbi Genetik Uzmanı / Konya Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi- Tıbbi Genetik Anabilim Dalı ve Genetik Hastaliklar Araştırma ve Tedavi Derneği(RTSGD) Yönetim kurulu üyesi
  • Dyrektor Studium: Özkan Bağcı, Ph.D., Tıbbi Genetik Uzmanı / Konya Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi- Tıbbi Genetik Anabilim Dalı ve Genetik Hastaliklar Araştırma ve Tedavi Derneği(RTSGD) Yönetim kurulu üyesi

Publikacje i pomocne linki

Osoba odpowiedzialna za wprowadzenie informacji o badaniu dobrowolnie udostępnia te publikacje. Mogą one dotyczyć wszystkiego, co jest związane z badaniem.

Publikacje ogólne

Daty zapisu na studia

Daty te śledzą postęp w przesyłaniu rekordów badań i podsumowań wyników do ClinicalTrials.gov. Zapisy badań i zgłoszone wyniki są przeglądane przez National Library of Medicine (NLM), aby upewnić się, że spełniają określone standardy kontroli jakości, zanim zostaną opublikowane na publicznej stronie internetowej.

Główne daty studiów

Rozpoczęcie studiów (Szacowany)

27 grudnia 2025

Zakończenie podstawowe (Szacowany)

27 grudnia 2027

Ukończenie studiów (Szacowany)

27 maja 2028

Daty rejestracji na studia

Pierwszy przesłany

24 października 2024

Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości

24 października 2024

Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)

29 października 2024

Aktualizacje rekordów badań

Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)

29 października 2024

Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości

24 października 2024

Ostatnia weryfikacja

1 października 2024

Więcej informacji

Terminy związane z tym badaniem

Słowa kluczowe

Dodatkowe istotne warunki MeSH

Inne numery identyfikacyjne badania

  • ERC2025SYG-TR-ASD-MultiOmics (Inny identyfikator: Horizon European Research Council Synergy Grants(HORIZON-ERC-SYG))
  • HRU.24/16/37 (Inny identyfikator: Turkish Medicines and Medical Devices Agency Ethics Committee-HARRAN ÜNİVERSİTESİ KLİNİK ARAŞTIRMALAR ETİK KURULU)

Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)

Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?

NIEZDECYDOWANY

Opis planu IPD

Na chwilę obecną decyzja o udostępnieniu danych poszczególnych uczestników (IPD) nie została jeszcze podjęta. Po zakończeniu badania decyzja zostanie poddana przeglądowi i sfinalizowana zgodnie z obowiązującymi wytycznymi regulacyjnymi i etycznymi. Ostateczna decyzja będzie uzależniona od uzyskania zgody Tureckiej Agencji Leków i Wyrobów Medycznych (TİTCK), Komisji ds. Etyki oraz tureckiego Ministerstwa Zdrowia. Plan udostępniania zapewni ścisłe przestrzeganie wszystkich przepisów dotyczących ochrony danych i prywatności oraz zostaną podjęte odpowiednie kroki w celu ochrony poufności uczestników.

Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze

Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA

Nie

Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA

Nie

produkt wyprodukowany i wyeksportowany z USA

Nie

Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .

Subskrybuj