Effekten av mikrobiomet på immunkontrollpunkthemmerrespons hos melanompasienter

Hjelpe-korrelativ (spørreskjema, prøveinnsamling, CT)

Pasienter fullfører en FFQ ved baseline, gjennomgår innsamling av avføringsprøver ved baseline, innen 2 dager etter start av kortikosteroidbehandling (hvis aktuelt), når de blir bedt om en kontrollprøve, og ved 12 uker, og gjennomgår innsamling av blodprøver og CT ved baseline og 12 uker.

Annen: Laboratoriebiomarkøranalyse

Korrelative studier

Fremgangsmåte: Computertomografi

Gjennomgå CT

Andre navn:

• CT
• KATT
• CAT-skanning
• Datastyrt aksialtomografi
• Datastyrt tomografi
• CT skann
• tomografi

Annen: Spørreskjemaadministrasjon

Fullfør spørreskjema

Fremgangsmåte: Bioprøvesamling

Gjennomgå innsamling av blod og avføring

Andre navn:

• Biologisk prøvesamling

Baseline mikrobiom alfa-diversitet hos respondere versus (vs) ikke-respondere

Denne analysen vil følge en logistisk regresjonsstruktur. Den avhengige variabelen, respons på behandling, vil bli evaluert ved å bruke standardiserte kriterier (Responsevalueringskriterier i solide svulster [RECIST] versjon [v] 1.1). Hver pasient vil bli klassifisert som "respons", "stabil" eller "progresjon" som en kategorisk variabel og deretter binarisert, med "respons" eller "stabil" i kategorien "responders", og "progresjon" i kategorien "ikke". -respondere". Uavhengige variabler vil være alfa-diversitet. Ytterligere kovariater vil bli inkludert i modellen for å kontrollere for forskjeller i alder, kjønn, kroppsmasseindeks (BMI), kostholdsindeks (FFQ) og medisinhistorie.

Baseline mikrobiom alfa-diversitet hos pasienter som ble foreskrevet kortikosteroider kontra de som ikke ble foreskrevet kortikosteroider

Denne analysen vil følge en logistisk regresjonsstruktur. Den avhengige variabelen, toksisitet, vil bli evaluert ved forskrivning av kortikosteroider. Avhengige variabler inkludert alfa-diversitet eller individuelle mikrober vil være uavhengige variabler.

Rekrutteringsrater for longitudinell innsamling av bioprøver, inkludert avføring, hos melanompasienter

Rekrutteringsrater vil bli definert som andelen av screenede voksne som er kvalifisert og samtykker til å delta i Cutaneous Oncology Clinic, med en estimert rekruttering på 30 %. Vil spore den månedlige innsamlingen av data og dokumenterte årsaker til manglende planlagte innsamlingsdatoer. Rekrutteringsraten vil bli brukt i kombinasjon med variansen til bioprøvedataene i kraftberegninger for å estimere prøvestørrelsen som trengs for fremtidige forsøk.

Samsvarsrater for longitudinell innsamling av bioprøver, inkludert avføring, hos melanompasienter

Samsvar vil bli definert som 90 % av baseline, endepunkt og kortikosteroidinnsamling. Vil spore den månedlige innsamlingen av data og dokumenterte årsaker til manglende planlagte innsamlingsdatoer. Samsvarsraten vil bli brukt i kombinasjon med variansen til bioprøvedataene i kraftberegninger for å estimere prøvestørrelsen som trengs for fremtidige forsøk.

Mikrober som signifikante prediktorer i logistiske regresjoner der resultatene er binære (klinisk respons eller behandlingstoksisitet som krever kortikosteroider), med inngangene som relative mengder av individuelle mikrober

Individuelle mikrobe relative forekomster vil bli sammenlignet mellom respondere og ikke-respondere med ekstra filtrering for å imøtekomme sparsomheten til mikrobiomdatamatrisen. Spesifikt vil mikrober sammenlignes som er de mest tallrike, i tillegg til å være tilstede i mer enn 50 % av prøvene. En arcsine rottransformasjon vil bli brukt på mikrobens relative overflod for å tilnærme en Gauss-fordeling, og deretter brukes en generalisert lineær modell der ''respons'' er responsvariabelen og individuelle mikrober er prediktorvariablene.

P-verdier vil bli korrigert ved Bonferroni-metoden og deretter visualisert ved vulkanplott. Mikrober og kovariater som er funnet å være mest signifikante i modellen vil bli kombinert til en enkelt modell for å estimere den prosentvise variansen som kan forklares av disse prediktorene. Analyser vil bli utført i R ved å bruke statistikkpakken.