Effekten av mikrobiomet på immunkontrollpunktsinhibitorrespons hos melanompatienter

Underordnad-korrelativ (frågeformulär, provinsamling, CT)

Patienterna slutför en FFQ vid baslinjen, genomgår insamling av avföringsprov vid baslinjen, inom 2 dagar efter påbörjad kortikosteroidbehandling (om tillämpligt), när de tillfrågas om ett kontrollprov, och vid 12 veckor, och genomgår insamling av blodprov och CT vid baslinjen och 12 veckor.

Övrig: Laboratoriebiomarköranalys

Korrelativa studier

Procedur: Datortomografi

Genomgå CT

Andra namn:

• CT
• KATT
• Datortomografi
• Datoriserad axialtomografi
• tomografi

Övrig: Enkätadministration

Fyll i frågeformuläret

Procedur: Bioprovsamling

Genomgå insamling av blod och avföring

Andra namn:

• Biologisk provsamling

Baslinjemikrobiom alfa-diversitet i responders kontra (vs) non-responders

Denna analys kommer att följa en logistisk regressionsstruktur. Den beroende variabeln, respons på behandling, kommer att utvärderas med hjälp av standardiserade kriterier (Response Evaluation Criteria in Solid Tumors [RECIST] version [v] 1.1). Varje patient kommer att klassificeras som "svara", "stabil" eller "progression" som en kategorisk variabel och sedan binariseras, med "svara" eller "stabil" i kategorin "svarare" och "progression" i kategorin "icke" -svarare". Oberoende variabler kommer att vara alfa-diversitet. Ytterligare kovariater kommer att inkluderas i modellen för att kontrollera för skillnader i ålder, kön, body mass index (BMI), Food Frequency Questionnaire (FFQ) kostindex och medicinhistorik.

Baslinjemikrobiom alfa-diversitet hos patienter som ordinerats kortikosteroider jämfört med de som inte ordinerats kortikosteroider

Denna analys kommer att följa en logistisk regressionsstruktur. Den beroende variabeln, toxicitet, kommer att utvärderas genom kortikosteroidrecept. Beroende variabler inklusive alfa-diversitet eller individuella mikrober kommer att vara oberoende variabler.

Rekryteringsfrekvenser för longitudinell bioprovtagning, inklusive avföring, hos melanompatienter

Rekryteringsgraden kommer att definieras som andelen av screenade vuxna som är kvalificerade och samtycker till att delta inom den kutan onkologiska kliniken, med en beräknad rekrytering på 30 %. Kommer att spåra den månatliga insamlingen av data och dokumenterade orsaker till att eventuella schemalagda insamlingsdatum saknas. Rekryteringsgraden kommer att användas i kombination med variansen av bioprovdata i effektberäkningar för att uppskatta den provstorlek som behövs för framtida försök.

Överensstämmelsegrad för longitudinell bioprovtagning, inklusive avföring, hos melanompatienter

Överensstämmelse kommer att definieras som 90 % av insamlingen av baslinje, effektmått och kortikosteroider. Kommer att spåra den månatliga insamlingen av data och dokumenterade orsaker till att eventuella schemalagda insamlingsdatum saknas. Överensstämmelsegraden kommer att användas i kombination med variansen av bioprovdata i effektberäkningar för att uppskatta den provstorlek som behövs för framtida försök.

Mikrober som signifikanta prediktorer i logistiska regressioner där utfallen är binära (klinisk respons eller behandlingstoxicitet som kräver kortikosteroider), med indata som relativa mängder individuella mikrober

Individuella mikrobers relativa överflöd kommer att jämföras mellan responders och icke-responders med ytterligare filtrering för att tillgodose glesheten i mikrobiomdatamatrisen. Specifikt kommer mikrober att jämföras som är vanligast, samt att de finns i mer än 50 % av proverna. En arcsine rottransformation kommer att tillämpas på mikrobernas relativa överflöd för att approximera en Gaussisk fördelning, och sedan tillämpas en generaliserad linjär modell där ''respons'' är svarsvariabeln och individuella mikrober är prediktorvariablerna.

P-värden kommer att korrigeras med Bonferroni-metoden och sedan visualiseras med vulkanplot. Mikrober och kovariater som befunnits vara mest signifikanta i modellen kommer att kombineras till en enda modell för att uppskatta den procentuella variansen som kan förklaras av dessa prediktorer. Analyser kommer att utföras i R med hjälp av statistikpaketet.