L'effetto del microbioma sulla risposta dell'inibitore del checkpoint immunitario nei pazienti con melanoma

Accessorio-correlativo (questionario, raccolta campioni, TC)

I pazienti completano un FFQ al basale, si sottopongono alla raccolta di campioni di feci al basale, entro 2 giorni dall'inizio del trattamento con corticosteroidi (se applicabile), quando viene richiesto un campione di controllo e a 12 settimane, e si sottopongono alla raccolta di campioni di sangue e TC al basale e 12 settimane.

Altro: Analisi dei biomarcatori di laboratorio

Studi correlati

Procedura: Tomografia computerizzata

Sottoponiti a CT

Altri nomi:

• CT
• GATTO
• TAC
• Tomografia assiale computerizzata
• Tomografia computerizzata
• tomografia

Altro: Amministrazione del questionario

Questionario completo

Procedura: Raccolta di campioni biologici

Sottoponiti al prelievo di sangue e feci

Altri nomi:

• Raccolta di campioni biologici

Diversità alfa del microbioma al basale nei responder rispetto ai (rispetto ai) non responder

Questa analisi seguirà una struttura di regressione logistica. La variabile dipendente, la risposta al trattamento, sarà valutata utilizzando criteri standardizzati (Response Evaluation Criteria in Solid Tumors [RECIST] versione [v] 1.1). Ogni paziente sarà classificato come "risposta", "stabile" o "progressione" come variabile categoriale e quindi binarizzato, con "rispondi" o "stabile" nella categoria "rispondenti" e "progressione" nella categoria "non -responder". Le variabili indipendenti saranno la diversità alfa. Ulteriori covariate saranno incluse nel modello per controllare le differenze di età, sesso, indice di massa corporea (BMI), indice dietetico del Food Frequency Questionnaire (FFQ) e storia dei farmaci.

Diversità alfa del microbioma al basale nei pazienti a cui sono stati prescritti corticosteroidi rispetto a quelli a cui non sono stati prescritti corticosteroidi

Questa analisi seguirà una struttura di regressione logistica. La variabile dipendente, la tossicità, sarà valutata mediante prescrizione di corticosteroidi. Le variabili dipendenti, inclusa la diversità alfa oi singoli microbi, saranno variabili indipendenti.

Tassi di reclutamento per la raccolta longitudinale di campioni biologici, comprese le feci, nei pazienti con melanoma

I tassi di reclutamento saranno definiti come la frazione di adulti sottoposti a screening che sono idonei e accettano di partecipare all'interno della Clinica di oncologia cutanea, con un reclutamento stimato del 30%. Traccerà la raccolta mensile di dati e i motivi documentati per la mancata data di raccolta programmata. Il tasso di reclutamento verrà utilizzato in combinazione con la varianza dei dati del biocampione nei calcoli di potenza per stimare la dimensione del campione necessaria per le prove future.

Tassi di conformità per la raccolta longitudinale di campioni biologici, comprese le feci, nei pazienti con melanoma

La conformità sarà definita come il 90% del basale, dell'endpoint e della raccolta di corticosteroidi. Traccerà la raccolta mensile di dati e i motivi documentati per la mancata data di raccolta programmata. Il tasso di conformità verrà utilizzato in combinazione con la varianza dei dati del biocampione nei calcoli di potenza per stimare la dimensione del campione necessaria per le prove future.

Microbi come predittori significativi nelle regressioni logistiche in cui i risultati sono binari (risposta clinica o tossicità del trattamento che richiedono corticosteroidi), con gli input come abbondanza relativa di singoli microbi

Le abbondanze relative dei singoli microbi saranno confrontate tra responder e non responder con filtri aggiuntivi per adattarsi alla scarsità della matrice di dati del microbioma. Nello specifico verranno confrontati i microbi più abbondanti, oltre ad essere presenti in più del 50% dei campioni. Una trasformazione della radice dell'arcoseno verrà applicata alle abbondanze relative del microbo per approssimare una distribuzione gaussiana, e quindi verrà applicato un modello lineare generalizzato dove ''risposta'' è la variabile di risposta ei singoli microbi sono le variabili predittive.

I P-value saranno corretti con il metodo di Bonferroni e quindi visualizzati tramite vulcano plot. I microbi e le covariate ritenuti più significativi nel modello saranno combinati in un unico modello per stimare la varianza percentuale spiegabile da questi predittori. Le analisi verranno eseguite in R utilizzando il pacchetto stats.