O efeito do microbioma na resposta do inibidor do checkpoint imunológico em pacientes com melanoma

Auxiliar-correlativo (questionário, coleta de amostras, CT)

Os pacientes completam um QFA no início do estudo, são submetidos à coleta de amostras de fezes no início, dentro de 2 dias após o início do tratamento com corticosteroides (se aplicável), quando solicitado uma amostra de controle e em 12 semanas, e são submetidos à coleta de amostras de sangue e TC no início e 12 semanas.

Outro: Análise laboratorial de biomarcadores

Estudos correlativos

Procedimento: Tomografia Computadorizada

Submeter-se a TC

Outros nomes:

• TC
• GATO
• Tomografia
• Tomografia Axial Computadorizada
• Tomografia computadorizada
• tomografia

Outro: Administração do Questionário

Questionário completo

Procedimento: Coleta de bioespécimes

Realizar coleta de sangue e fezes

Outros nomes:

• Coleta de Amostras Biológicas

Diversidade alfa do microbioma de linha de base em respondedores versus (vs) não respondedores

Esta análise seguirá uma estrutura de regressão logística. A variável dependente, resposta ao tratamento, será avaliada por meio de critérios padronizados (Response Evaluation Criteria in Solid Tumours [RECIST] versão [v] 1.1). Cada paciente será classificado como "responder", "estável" ou "progressão" como uma variável categórica e, em seguida, binarizado, com "responder" ou "estável" na categoria "respondedores" e "progressão" na categoria "não -responsáveis". Variáveis ​​independentes serão alfa-diversidade. Covariáveis ​​adicionais serão incluídas no modelo para controlar diferenças em idade, sexo, índice de massa corporal (IMC), índice alimentar do Questionário de Frequência Alimentar (FFQ) e histórico de medicamentos.

Diversidade alfa do microbioma basal em pacientes prescritos com corticosteroides versus aqueles que não receberam corticosteroides

Esta análise seguirá uma estrutura de regressão logística. A variável dependente, toxicidade, será avaliada pela prescrição de corticosteroide. Variáveis ​​dependentes, incluindo diversidade alfa ou micróbios individuais, serão variáveis ​​independentes.

Taxas de recrutamento para coleta longitudinal de bioamostras, incluindo fezes, em pacientes com melanoma

As taxas de recrutamento serão definidas como a fração de adultos rastreados que são elegíveis e concordam em participar da Clínica de Oncologia Cutânea, com um recrutamento estimado de 30%. Acompanhará a coleta mensal de dados e os motivos documentados para a perda de qualquer data de coleta programada. A taxa de recrutamento será usada em combinação com a variação dos dados do bioespécime nos cálculos de poder para estimar o tamanho da amostra necessária para ensaios futuros.

Taxas de conformidade para coleta longitudinal de bioamostras, incluindo fezes, em pacientes com melanoma

A conformidade será definida como 90% da linha de base, ponto final e coleta de corticosteroides. Acompanhará a coleta mensal de dados e os motivos documentados para a perda de qualquer data de coleta programada. A taxa de conformidade será usada em combinação com a variação dos dados do bioespécime nos cálculos de poder para estimar o tamanho da amostra necessária para ensaios futuros.

Micróbios como preditores significativos em regressões logísticas em que os resultados são binários (resposta clínica ou toxicidade do tratamento que requer corticosteróides), com as entradas como abundâncias relativas de micróbios individuais

As abundâncias relativas de micróbios individuais serão comparadas entre respondedores e não respondedores com filtragem adicional para acomodar a dispersão da matriz de dados do microbioma. Especificamente, serão comparados os micróbios que são os mais abundantes, além de estarem presentes em mais de 50% das amostras. Uma transformação de raiz arcsine será aplicada às abundâncias relativas de micróbios para aproximar uma distribuição gaussiana e, em seguida, um modelo linear generalizado aplicado onde ''resposta'' é a variável de resposta e micróbios individuais são as variáveis ​​preditoras.

Os valores de P serão corrigidos pelo método de Bonferroni e então visualizados pelo vulcan plot. Os micróbios e covariáveis ​​considerados mais significativos no modelo serão combinados em um único modelo para estimar a variação percentual explicável por esses preditores. As análises serão realizadas em R utilizando o pacote stats.