Karakterisering av det intratumorale mikrobiomet i gastrisk adenokarsinom: til en personlig medisin (MICROGAS)

Gastrisk adenokarsinom er hovedsakelig knyttet til Helicobacter pylori-infeksjon, og denne bakterien er klassifisert som et klasse 1 karsinogen av WHO. Infeksjon med denne bakterien alene er imidlertid ikke tilstrekkelig for utvikling av gastrisk adenokarsinom. Det er nå anerkjent at miljøfaktorer som fordøyelsesmikrobiota påvirker karsinogenesen. Forbedrede sekvenseringsteknikker har vist at noen svulster inneholder intracellulære bakterier og at disse er spesifikke for opprinnelsen til svulsten. En studie som beskrev eksistensen av intratumorale bakterier ble utført på 7 forskjellige tumortyper unntatt magekreft. Gastrisk adenokarsinom er en kreft med dårlig prognose, behandling, hovedsakelig basert på kirurgi kombinert med konvensjonell kjemoterapi, er lite effektiv med en 5-års overlevelse på mindre enn 20 %. Bortsett fra Her2+ tilfeller er det ingen spesifikk behandling. Det er derfor nå viktig å utvikle målrettede og effektive behandlinger.

Målet med dette prosjektet er å definere om det finnes intratumorale bakterier i magekreft.

For å oppnå dette vil svulster og tilstøtende frisk slimhinne fra pasienter med magekreft samles inn og analyseres i INSERM U1312 laboratorium. Det biologiske materialet som studeres består kun av rester av biopsier av gastriske svulster og tilstøtende friskt vev, som ikke er nødvendig i patologilaboratoriet, fra pasienter som gjennomgår gastrektomi som en del av kreftbehandlingen. To blodrør for isolering av mulige sirkulerende tumorceller vil også samles inn. Fra disse materialene vil tilstedeværelsen av intratumorale bakterier bli bestemt ved immunhistokjemi som målretter komponenter av bakterieveggen, ved RNAscope® målrettet mot 16S ribosomalt RNA (16S rRNA) og ved sanntids kvantitativ PCR målrettet mot 16S rDNA. Karakterisering av den intratumorale mikrobiotaen vil bli utført ved å sekvensere 16S rDNA-genet. Det innsamlede blodet vil bli testet for tilstedeværelse av CSCs, og hvis CSCs oppdages, vil mikrobiotaen bli testet og karakterisert ved å bruke de samme teknikkene beskrevet ovenfor.

Det primære endepunktet vil være beviset på en intratumoral mikrobiota og dens taksonomiske beskrivelse.