Istniejące wcześniej mutacje domeny kinazowej w białaczkach z dodatnim wynikiem

Tło Pojedyncze lub wielokrotne mutacje punktowe w domenie kinazy tyrozynowej (TKD) genu fuzyjnego BCR-ABL1 w przewlekłej białaczce szpikowej (CML) i ostrej białaczce limfoblastycznej z chromosomem Ph stanowią najważniejszy znany mechanizm oporności na inhibitory kinazy tyrozynowej (TKI) ). Można sobie wyobrazić, że istniejące wcześniej mutacje punktowe w komórkach macierzystych CML, które można przypisać niestabilności genomowej nadawanej przez białko fuzyjne BCR-ABL1, powodują wzrost opornych subklonów i początek choroby niewrażliwej na leczenie pod presją selekcyjną terapii TKI. Wczesne wykrycie takich subklonów może zatem mieć znaczenie prognostyczne i terapeutyczne. Niedawno opublikowany immunofenotyp komórek macierzystych CML (Hermann i in. Blood 2014) oraz nasz niedawny raport na temat metody opartej na NGS (sekwencjonowanie nowej generacji), ułatwiającej czułe wykrywanie i ilościowe monitorowanie subklonów BCR-ABL1 niosących pojedyncze lub złożone mutacje (Kastner i in. European Journal of Cancer 2014) ułatwiają badania przesiewowe pod kątem istotnych klinicznie zmutowanych subklonów w komórkach macierzystych lub wczesnych komórkach progenitorowych.

Hipoteza Wykrywanie zmutowanych subklonów w obrębie komórek macierzystych lub wczesnych kompartmentów progenitorowych w momencie rozpoznania lub na wczesnym etapie leczenia białaczek z dodatnim wynikiem badania i monitorowanie kinetyki ich proliferacji pozwala na wczesne przewidywanie oporności choroby w ramach trwającego leczenia TKI.

Podejście eksperymentalne Próbki szpiku kostnego (BM) i krwi obwodowej (PB) będą pobierane za świadomą zgodą od pacjentów z białaczką Ph-dodatnią w chwili rozpoznania (BM+PB), a następnie w odstępach 3-miesięcznych (PB;BM w zależności od dostępności) podczas pierwszy rok terapii opartej lub obejmującej TKI. Izolacja komórek CD (klaster różnicowania) 34+ niosących dodatkowe markery fenotypowe charakteryzujące komórki macierzyste lub wczesne komórki progenitorowe (CD38-/CD25+/CD26+ w CML, CD19 w Ph-ALL) zostanie przeprowadzona metodą sortowania przepływowego. Cała domena kinazy tyrozynowej BCR-ABL1 (TKD) zostanie zamplifikowana z cDNA (komplementarnego DNA) lub określonych egzonów DNA będących przedmiotem zainteresowania zgodnie z ustalonymi protokołami, a dwukierunkowe sekwencjonowanie zostanie przeprowadzone przez bardzo głębokie sekwencjonowanie przy użyciu NGS. Zmutowane subklony zidentyfikowane podczas diagnozy lub po usunięciu większości wrażliwego na leczenie obciążenia białaczką na wczesnym etapie leczenia (punkt czasowy 3 miesiące) będą monitorowane przez NGS do 12 miesiąca terapii. Transkrypty BCR-ABL1 będą równolegle monitorowane zgodnie z Międzynarodową Skalą (IS). DNA wyizolowane z wycinków paznokci zostanie użyte jako kontrola linii zarodkowej dla ABL1 TKD. Testy zostaną przeprowadzone w sposób zaślepiony, aby zapobiec dostosowaniu leczenia zgodnie z danymi eksperymentalnymi.