Charakterystyka mikroflory układu oddechowego w podatności na wirusowe infekcje dróg oddechowych (RESPIBIOTE)

Rola mikrobioty błony śluzowej nosogardzieli została ostatnio podkreślona w chorobach układu oddechowego. Niedawno pojawiła się hipoteza, że ​​infekcje dróg oddechowych są związane z zaburzeniem równowagi mikroflory nosowo-gardłowej, a niektóre badania wykazują związek między mikrobiomem oddechowym, podatnością na wirusowe infekcje dróg oddechowych i ich ciężkością. We wstępnej pracy nad mikroflorą oddechową 225 pacjentów i 48 osób z grupy kontrolnej badacze stwierdzili spadek bogactwa i różnorodności biologicznej mikroflory nosowo-gardłowej u pacjentów z wirusową infekcją dróg oddechowych, a także wzbogacenie ich flory oddechowej w bakterie chorobotwórcze.

Co ciekawe, w ostatnich latach rozwój qPCR do diagnostyki wirusów wykazał znaczny odsetek bezobjawowych nosicieli wirusów, co sugeruje, że mikroflora nosowo-gardłowa może odgrywać kluczową rolę w genezie i klinicznej ekspresji wirusowej infekcji dróg oddechowych, podważając postulat Kocha.

Głównym celem tego badania jest porównanie mikroflory oddechowej między objawowymi pacjentami z wirusową infekcją dróg oddechowych a bezobjawowymi nosicielami wirusa. Celem pracy jest określenie istnienia profili mikrobiomu oddechowego związanych z występowaniem wirusowych infekcji dróg oddechowych wpływających na kliniczną ekspresję wirusa oraz określenie roli mikrobiomu oddechowego w powstawaniu nadkażeń bakteryjnych uzasadniających wczesną antybiotykoterapię.

Badacze obejmą 35 objawowych pacjentów z wirusową infekcją dróg oddechowych z dodatnim wynikiem qPCR w kierunku wirusa oddechowego (grypa A lub B, RSV, rinowirus, metapneumowirus), 35 pacjentów bez objawów z dodatnim wynikiem qPCR w kierunku wirusa oddechowego i 30 zdrowych osób (grupa kontrolna). U każdego pacjenta zostanie wykonany wymaz z gardła i nosa. Wszystkie próbki zostaną przeanalizowane metodą kulturomiki i metagenomiki. Culturomic to wysokowydajna strategia hodowli oparta na multiplikacji warunków hodowli w połączeniu z szybką identyfikacją bakterii za pomocą spektrometrii mas MALDI-TOF (desorpcja laserowa wspomagana matrycą / jonizacja-czas przelotu). Metagenomika to wysokowydajne sekwencjonowanie i zostanie przeprowadzony przy użyciu technologii Miseq (technologia Illumina), celując w regiony hiperzmienne V3-V4 genu 16S RNA.

Dokładna charakterystyka mikroflory dróg oddechowych u pacjentów z wirusowymi infekcjami dróg oddechowych jest wciąż niepełna. Nasza praca jest oryginalna, ponieważ połączy innowacyjne i uzupełniające się techniki kulturomiki i metagenomiki w celu wyczerpującego badania mikrobiomu oddechowego związanego z wirusowymi chorobami układu oddechowego.