Charakterizace respirační mikrobioty v náchylnosti k virovým respiračním infekcím (RESPIBIOTE)

V poslední době je u respiračních onemocnění zdůrazňována úloha mikrobioty nosohltanové sliznice. Nedávno se objevila hypotéza, že respirační infekce jsou spojeny s nerovnováhou nazofaryngeální mikroflóry a některé studie ukazují souvislost mezi respirační mikroflórou, náchylností k virovým respiračním infekcím a vyvolanou závažností. V předběžné práci na respirační mikrobiotě od 225 pacientů a 48 kontrol výzkumníci zjistili snížení bohatosti a biodiverzity nazofaryngeální mikrobioty u pacientů s respirační virovou infekcí a také obohacení jejich respirační flóry patogenními bakteriemi.

Je zajímavé, že v těchto posledních letech vývoj qPCR pro diagnostiku virů ukázal podstatnou část asymptomatických nosičů virů, což naznačuje, že nasofaryngeální mikrobiota může hrát kritickou roli v genezi a klinické expresi virové respirační infekce, což zpochybňuje Kochův postulát.

Hlavním cílem této studie je porovnat respirační mikrobiotu mezi symptomatickými pacienty s respirační virovou infekcí a asymptomatickým nosičem viru. Cílem je zjistit existenci profilů respirační mikroflóry související s výskytem virových respiračních infekcí ovlivňujících klinickou expresi viru a určit roli respirační mikroflóry při výskytu bakteriální superinfekce, která odůvodní včasnou antibiotickou léčbu.

Vyšetřovatelé budou zahrnovat 35 symptomatických pacientů s virovou respirační infekcí s pozitivní qPCR na respirační virus (chřipka A nebo B, RSV, rhinovirus, metapneumovirus), 35 asymptomatických pacientů s pozitivní qPCR na respirační virus a 30 zdravých subjektů (kontrol). U každého pacienta budou provedeny výtěry z hltanu a nosu. Všechny vzorky budou analyzovány kulturomicky a metagenomicky. Culturomic je vysoce výkonná kultivační strategie založená na multiplikaci kultivačních podmínek ve spojení s rychlou identifikací bakterií pomocí MALDI-TOF (Matrix-Assisted Laser Desorption / Ionization-Time-Of-Flight) hmotnostní spektrometrie. Metagenomika je vysoce výkonné sekvenování a bude prováděna s použitím Miseq (technologie Illumina) zacílením na hypervariabilní oblasti V3-V4 genu 16S RNA.

Přesná charakterizace respirační mikroflóry u pacientů s virovými respiračními infekcemi je stále neúplná. Naše práce je originální, protože kombinuje inovativní a komplementární techniky kulturomiky a metagenomiky pro vyčerpávající studium respirační mikrobioty spojené s respiračním virovým onemocněním.