A légúti mikrobióta jellemzése a vírusos légúti fertőzésekre való fogékonyságban (RESPIBIOTE)

A nasopharyngealis nyálkahártya mikrobiótájának szerepe a közelmúltban hangsúlyossá vált a légúti betegségekben. A közelmúltban jelent meg az a hipotézis, hogy a légúti fertőzések az orrgarat mikrobiótájának egyensúlyhiányához kapcsolódnak, és egyes tanulmányok összefüggést mutatnak ki a légúti mikrobiota, a vírusos légúti fertőzésekre való fogékonyság és az indukált súlyosság között. A légúti mikrobióta 225 betegből és 48 kontrollcsoportból végzett előzetes munkája során a kutatók a légúti vírusfertőzésben szenvedő betegek orrgarat mikrobiótájának gazdagságának és biodiverzitásának csökkenését, valamint a légúti flórájuk patogén baktériumokkal való gazdagodását tapasztalták.

Érdekes módon az elmúlt években a qPCR kifejlesztése a vírusdiagnózisra a tünetmentes vírushordozók jelentős részét mutatta, ami arra utal, hogy a nasopharyngealis mikrobiota kritikus szerepet játszhat a vírusos légúti fertőzés kialakulásában és klinikai kifejeződésében, megkérdőjelezve Koch feltevését.

A tanulmány fő célja a légúti mikrobióta összehasonlítása a légúti vírusfertőzésben szenvedő, tünetmentes betegek és a tünetmentes vírushordozó között. A cél a vírus klinikai kifejeződését befolyásoló vírusos légúti fertőzések előfordulásával összefüggő légúti mikrobióta profilok megléte, valamint a légúti mikrobióta szerepének meghatározása a bakteriális felülfertőződés előfordulásában, amely indokolja a korai antibiotikus kezelést.

A kutatók között 35 tüneti, légúti vírusfertőzésben szenvedő, légúti vírusra (influenza A vagy B, RSV, rhinovírus, metapneumovírus) pozitív qPCR-t mutató beteg, 35 légúti vírusra pozitív qPCR-vel rendelkező tünetmentes beteg és 30 egészséges alany (kontroll) vesz majd részt. Minden betegnél garat- és orrtampon mintát vesznek. Az összes mintát kulturomikai és metagenomikai elemzésnek vetik alá. A Culturomic egy nagy áteresztőképességű tenyésztési stratégia, amely a tenyésztési feltételek megsokszorozásán alapul, és a baktériumok gyors azonosításával párosul MALDI-TOF (Matrix-Assisted Laser Desorption / Ionization-Time-Of-Flight) tömegspektrometriával. A Metagenomics egy nagy áteresztőképességű szekvenálás. és a Miseq (Illumina technológia) segítségével hajtják végre, amely a 16S RNS gén V3-V4 hipervariábilis régióit célozza meg.

A vírusos légúti fertőzésben szenvedő betegek légúti mikrobiótájának pontos jellemzése még mindig nem teljes. Munkánk eredeti, mert a kulturomika és a metagenomika innovatív és egymást kiegészítő technikáit ötvözi majd a légúti vírusos betegségekhez kapcsolódó légúti mikrobióta kimerítő vizsgálatához.