Karakterisering van respiratoire microbiota bij gevoeligheid voor virale luchtweginfecties (RESPIBIOTE)

De rol van de nasofaryngeale mucosale microbiota is onlangs benadrukt bij luchtwegaandoeningen. De hypothese dat luchtweginfecties verband houden met een onevenwichtigheid van de nasofaryngeale microbiota is onlangs naar voren gekomen en sommige onderzoeken tonen een verband aan tussen de luchtwegmicrobiota, de gevoeligheid voor virale luchtweginfecties en de geïnduceerde ernst. In een voorbereidend werk aan de respiratoire microbiota van 225 patiënten en 48 controles, vonden de onderzoekers een afname van de rijkdom en biodiversiteit van de nasofaryngeale microbiota bij patiënten met een respiratoire virale infectie, evenals een verrijking van hun respiratoire flora met pathogene bacteriën.

Interessant is dat de ontwikkeling van qPCR voor virusdiagnose de afgelopen jaren een aanzienlijk deel van asymptomatische dragers van virussen aantoonde, wat suggereert dat de nasofaryngeale microbiota een cruciale rol kan spelen bij het ontstaan ​​en de klinische expressie van virale luchtweginfecties, wat het postulaat van Koch in twijfel trekt.

De belangrijkste doelstellingen van deze studie zijn het vergelijken van de respiratoire microbiota tussen symptomatische patiënten met respiratoire virale infectie en asymptomatische drager van het virus. Het doel is om het bestaan ​​van profielen van de respiratoire microbiota vast te stellen die verband houden met het optreden van virale luchtweginfecties die de klinische expressie van het virus beïnvloeden en om de rol van de respiratoire microbiota in het optreden van bacteriële superinfectie te bepalen, wat een vroege antibioticabehandeling zal rechtvaardigen.

De onderzoekers omvatten 35 symptomatische patiënten met een virale luchtweginfectie met een positieve qPCR voor het luchtwegvirus (influenza A of B, RSV, rhinovirus, metapneumovirus), 35 asymptomatische patiënten met een positieve qPCR voor het luchtwegvirus en 30 gezonde proefpersonen (controles). Bij elke patiënt wordt een faryngeaal en een neusuitstrijkje gemaakt. Alle monsters zullen worden geanalyseerd door culturomics en metagenomics. Culturomic is een high-throughput kweekstrategie gebaseerd op de vermenigvuldiging van kweekomstandigheden in combinatie met de snelle identificatie van bacteriën door MALDI-TOF (Matrix-Assisted Laser Desorption / Ionization-Time-Of-Flight) massaspectrometrie. Metagenomics is een high-throughput sequencing en zal worden uitgevoerd met behulp van Miseq (Illumina-technologie) gericht op de V3-V4 hypervariabele regio's van het 16S RNA-gen.

De precieze karakterisering van de respiratoire microbiota bij patiënten met virale luchtweginfecties is nog onvolledig. Ons werk is origineel omdat het innovatieve en complementaire technieken van culturomics en metagenomics zal combineren voor de uitputtende studie van de respiratoire microbiota geassocieerd met respiratoire virale aandoeningen.